217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_2959 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_2959  transcriptional regulator protein-like protein  100 
 
 		 364 aa  705    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000346913  hitchhiker  0.00472926 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2249  putative transcriptional regulator protein  44.08 
 
 		 327 aa  224  2e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1501  transcriptional regulator  43.11 
 
 		 683 aa  224  2e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.634725  decreased coverage  0.0000677289 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2316  DeoR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 331 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000471902  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3091  hypothetical protein  40.96 
 
 		 359 aa  209  6e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.727496  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5862  transcriptional regulator protein-like protein  42.56 
 
 		 318 aa  204  3e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.167693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2610  transcriptional regulator-like  40.5 
 
 		 361 aa  204  3e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000080301  normal  0.16283 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3444  hypothetical protein  40.36 
 
 		 335 aa  199  7e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2472  hypothetical protein  40.88 
 
 		 326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2517  hypothetical protein  40.88 
 
 		 326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2509  hypothetical protein  41.57 
 
 		 326 aa  196  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.308334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1879  transcriptional regulator-like  41.62 
 
 		 352 aa  195  8.000000000000001e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4456  transcriptional regulator,-like protein  39.61 
 
 		 335 aa  194  3e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.427678  normal  0.167477 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12131  hypothetical protein  39.38 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000529286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2686  hypothetical protein  42.76 
 
 		 327 aa  189  5.999999999999999e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2367  hypothetical protein  41.92 
 
 		 330 aa  189  7e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0169669 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1826  transcriptional regulator protein-like protein  42.39 
 
 		 313 aa  186  5e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2434  hypothetical protein  38.35 
 
 		 361 aa  184  3e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21980  predicted transcriptional regulator  40.41 
 
 		 327 aa  178  1e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.143715  normal  0.382871 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1200  transcriptional regulator-like  42.77 
 
 		 315 aa  177  2e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.386828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2466  transcriptional regulator protein-like protein  40.6 
 
 		 331 aa  177  2e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0245457  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18560  predicted transcriptional regulator  38.17 
 
 		 361 aa  177  3e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.0049611  normal  0.0116825 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2249  hypothetical protein  42.01 
 
 		 330 aa  176  5e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.00588148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1783  transcriptional regulator protein-like protein  40.74 
 
 		 337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  unclonable  0.000000000261192  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1866  transcriptional regulator protein-like protein  37.39 
 
 		 354 aa  168  1e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00621522  normal  0.291628 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1771  transcriptional regulator  38.99 
 
 		 675 aa  167  2e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.193993  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2167  hypothetical protein  37.72 
 
 		 325 aa  161  1e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.175858  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2650  transcriptional regulator-like  37.94 
 
 		 323 aa  162  1e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.535773  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4872  hypothetical protein  39.32 
 
 		 401 aa  157  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.136813 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2057  transcriptional regulator-like protein  35.24 
 
 		 320 aa  150  5e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.090135  normal  0.188447 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13990  predicted transcriptional regulator  36.86 
 
 		 348 aa  149  1.0000000000000001e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0412748  normal  0.158003 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2181  transcriptional regulator-like protein  35.03 
 
 		 663 aa  142  9e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.117971  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1287  putative transcriptional regulator protein  36.07 
 
 		 334 aa  136  6.0000000000000005e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.271739  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1924  transcriptional regulator-like protein  32.84 
 
 		 663 aa  126  7e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000155311 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5753  putative DeoR-family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 369 aa  77  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16040  predicted transcriptional regulator  34.68 
 
 		 664 aa  77  0.0000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.32 
 
 		 315 aa  75.1  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.44 
 
 		 333 aa  72  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.68 
 
 		 317 aa  72.4  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  27.72 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  26.46 
 
 		 313 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.41 
 
 		 334 aa  68.9  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  31.49 
 
 		 317 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.49 
 
 		 317 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7049  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.74 
 
 		 233 aa  68.9  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.135487  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  27.64 
 
 		 313 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  32.78 
 
 		 228 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  27.14 
 
 		 313 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.49 
 
 		 317 aa  68.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  32.78 
 
 		 228 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.78 
 
 		 228 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0580  DeoR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 334 aa  67.4  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.97 
 
 		 228 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.97 
 
 		 228 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 231 aa  67  0.0000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.35 
 
 		 316 aa  67  0.0000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0623  DeoR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 335 aa  66.2  0.0000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.19 
 
 		 337 aa  66.2  0.0000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0607  putative DeoR-family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 334 aa  65.5  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0615  putative DeoR-family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 334 aa  65.1  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  32.11 
 
 		 323 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.63 
 
 		 327 aa  65.1  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.87 
 
 		 228 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.67 
 
 		 317 aa  64.3  0.000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2539  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.24 
 
 		 228 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  29.82 
 
 		 318 aa  63.9  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11950  predicted transcriptional regulator  33.62 
 
 		 699 aa  63.5  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.308253  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30 
 
 		 319 aa  63.2  0.000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.42 
 
 		 324 aa  62.8  0.000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.6 
 
 		 329 aa  62.4  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.05 
 
 		 317 aa  62  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.36 
 
 		 227 aa  62  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  30.22 
 
 		 237 aa  61.6  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 322 aa  61.2  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.54 
 
 		 319 aa  61.6  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5785  transcriptional regulator protein-like protein  30.08 
 
 		 687 aa  61.2  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  23.04 
 
 		 339 aa  60.5  0.00000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 337 aa  60.5  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.16 
 
 		 327 aa  60.5  0.00000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.17 
 
 		 230 aa  60.1  0.00000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4015  transcriptional regulator protein-like protein  27.76 
 
 		 512 aa  59.7  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.31 
 
 		 334 aa  59.3  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5754  hypothetical protein  32.88 
 
 		 351 aa  59.3  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.92 
 
 		 324 aa  58.9  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.42 
 
 		 321 aa  59.3  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 333 aa  59.3  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.22 
 
 		 339 aa  58.2  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  31.58 
 
 		 327 aa  58.5  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.26 
 
 		 335 aa  58.2  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.16 
 
 		 325 aa  58.2  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.19 
 
 		 237 aa  58.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  26.58 
 
 		 230 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  28.71 
 
 		 333 aa  58.5  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  26.58 
 
 		 230 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.78 
 
 		 230 aa  58.2  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  26.58 
 
 		 230 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.43 
 
 		 314 aa  57.8  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.52 
 
 		 242 aa  57  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.07 
 
 		 242 aa  57  0.0000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 318 aa  56.6  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>