123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3600 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_3600  beta-lactamase  100 
 
 
584 aa  1147    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4709  beta-lactamase  30.91 
 
 
377 aa  68.6  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4394  beta-lactamase  31.49 
 
 
377 aa  67  0.0000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04022  beta-lactamase/D-alanine carboxypeptidase  31.49 
 
 
377 aa  65.5  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3840  Beta-lactamase  31.49 
 
 
377 aa  65.9  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3594  beta-lactamase  27.63 
 
 
383 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03984  hypothetical protein  31.49 
 
 
377 aa  65.5  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3860  beta-lactamase  31.49 
 
 
377 aa  65.5  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.027383 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4682  beta-lactamase  31.49 
 
 
377 aa  65.1  0.000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5668  beta-lactamase  31.49 
 
 
377 aa  65.5  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.106194 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1795  beta-lactamase  28.4 
 
 
494 aa  65.1  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.478102  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4621  beta-lactamase  30.64 
 
 
377 aa  64.7  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0889352 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5167  beta-lactamase  30.33 
 
 
713 aa  62.4  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.619685  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10790  beta-lactamase  28.06 
 
 
397 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.199465  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0951  beta-lactamase  29.26 
 
 
345 aa  60.1  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0224352  decreased coverage  0.0053447 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3794  fibronectin type III domain-containing protein  40.34 
 
 
1973 aa  60.1  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0339  beta-lactamase  28.88 
 
 
385 aa  59.7  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  unclonable  0.00000286576 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3364  beta-lactamase  24.81 
 
 
385 aa  58.2  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4637  beta-lactamase  26.09 
 
 
491 aa  58.5  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2019  fmtA-like protein  22.87 
 
 
505 aa  57  0.0000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.15249  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0086  beta-lactamase  27.34 
 
 
409 aa  56.2  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.057609 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0089  beta-lactamase  27.34 
 
 
409 aa  56.2  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0743599 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0388  Beta-lactamase  25.65 
 
 
392 aa  55.8  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2273  beta-lactamase  25.9 
 
 
378 aa  55.8  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0504224 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0788  RagB/SusD domain protein  34.51 
 
 
603 aa  53.1  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0544  beta-lactamase  28.44 
 
 
578 aa  53.1  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.129057 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2481  beta-lactamase  23.95 
 
 
359 aa  52.8  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1775  beta-lactamase  25.46 
 
 
396 aa  52.8  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0348744 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2207  beta-lactamase  26.09 
 
 
404 aa  52.4  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124088  hitchhiker  0.00264676 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2143  beta-lactamase  28.5 
 
 
401 aa  52.4  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.559529  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0343  beta-lactamase  25.53 
 
 
482 aa  51.6  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2252  beta-lactamase  30.95 
 
 
460 aa  51.6  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  0.0203286 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3450  beta-lactamase  26.42 
 
 
401 aa  51.2  0.00005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2336  beta-lactamase  24.34 
 
 
359 aa  50.8  0.00006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0973  beta-lactamase  23.31 
 
 
514 aa  51.2  0.00006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2316  beta-lactamase  25.32 
 
 
467 aa  50.8  0.00006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0048462  decreased coverage  0.0000015739 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4638  beta-lactamase  25.96 
 
 
390 aa  50.4  0.00009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0984  beta-lactamase  27.01 
 
 
397 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00291811  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2905  beta-lactamase  27.43 
 
 
380 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.746622  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0097  beta-lactamase  24.23 
 
 
601 aa  49.7  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2602  beta-lactamase  23.17 
 
 
778 aa  50.1  0.0001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2876  beta-lactamase  28.19 
 
 
380 aa  49.7  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3749  beta-lactamase  25.34 
 
 
380 aa  49.3  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.794636  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1776  beta-lactamase  26.34 
 
 
390 aa  48.9  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1856  beta-lactamase  26.96 
 
 
498 aa  49.3  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5443  putative beta-lactamase  27.23 
 
 
364 aa  49.3  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.65256  normal  0.104935 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2813  beta-lactamase  28.19 
 
 
380 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.829117  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4727  beta-lactamase  23.79 
 
 
366 aa  48.9  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0772  beta-lactamase  35.53 
 
 
431 aa  48.9  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3476  beta-lactamase  26.79 
 
 
474 aa  48.5  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2758  beta-lactam binding protein AmpH  25 
 
 
388 aa  48.1  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000277431  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1447  beta-lactam binding protein AmpH  25 
 
 
383 aa  48.5  0.0004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000414942  normal  0.794569 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2836  beta-lactam binding protein AmpH  25 
 
 
388 aa  48.1  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2695  beta-lactamase  24.72 
 
 
385 aa  48.1  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00323  beta-lactamase/D-alanine carboxypeptidase  25.94 
 
 
385 aa  47.8  0.0005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1758  beta-lactamase  27.88 
 
 
387 aa  47.8  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.858626 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00327  hypothetical protein  25.94 
 
 
385 aa  47.8  0.0005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0375  beta-lactamase  27.06 
 
 
381 aa  47.8  0.0005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37770  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  26.34 
 
 
366 aa  47.8  0.0006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.269534  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3233  beta-lactamase  25.94 
 
 
385 aa  47.4  0.0007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2616  beta-lactamase  23.08 
 
 
353 aa  47.4  0.0007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0439  beta-lactam binding protein AmpH  25.94 
 
 
385 aa  47.4  0.0007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0398  beta-lactam binding protein AmpH  25.94 
 
 
385 aa  47.4  0.0007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.447104  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3256  beta-lactam binding protein AmpH  25.94 
 
 
385 aa  47.4  0.0007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.896265  normal  0.574239 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0404  beta-lactam binding protein AmpH  25.94 
 
 
385 aa  47.4  0.0007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0293  beta-lactam binding protein AmpH  25.94 
 
 
385 aa  47.4  0.0007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0448  beta-lactam binding protein AmpH  25.94 
 
 
385 aa  47.4  0.0007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1755  beta-lactamase  26.94 
 
 
450 aa  47.4  0.0008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3731  beta-lactamase  26.09 
 
 
603 aa  47  0.0009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.227339 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0193  beta-lactamase  25.85 
 
 
387 aa  47  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6103  beta-lactamase  26.09 
 
 
389 aa  47  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0500  beta-lactamase  27.49 
 
 
487 aa  47  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1783  cyclic peptide transporter  22.81 
 
 
1055 aa  47  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0903267  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1481  beta-lactamase  38.71 
 
 
405 aa  47  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.371018  normal  0.176782 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1364  beta-lactamase  24.24 
 
 
574 aa  46.6  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.185265  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4257  beta-lactamase  23.87 
 
 
464 aa  46.6  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.240658 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3723  beta-lactamase  26.32 
 
 
388 aa  45.8  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.111774  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1929  beta-lactamase  26.48 
 
 
407 aa  46.2  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1712  beta-lactamase  23.08 
 
 
477 aa  46.2  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.419371  normal  0.191124 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0627  beta-lactamase  25.37 
 
 
566 aa  46.2  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2539  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.09 
 
 
445 aa  46.2  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1664  beta-lactamase  37.04 
 
 
348 aa  45.8  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.15284 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0636  beta-lactam binding protein AmpH  24.78 
 
 
380 aa  46.2  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.259822  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6008  beta-lactamase  31.72 
 
 
389 aa  45.8  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1480  beta-lactamase  36.56 
 
 
387 aa  46.2  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0394716  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3422  beta-lactamase  25.63 
 
 
593 aa  45.8  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.126074  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4430  beta-lactamase  30.65 
 
 
434 aa  45.8  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.134179 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13238  penicillin-binding protein, putative  26.23 
 
 
431 aa  46.2  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.652866  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5714  beta-lactamase  22.47 
 
 
446 aa  45.8  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1311  beta-lactamase  24.53 
 
 
669 aa  46.2  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0335  hypothetical protein  27.27 
 
 
533 aa  45.4  0.003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4155  beta-lactamase  24.33 
 
 
378 aa  45.4  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.222212  normal  0.15208 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1301  beta-lactamase  24.35 
 
 
417 aa  45.4  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.207216  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2573  beta-lactamase  24.19 
 
 
476 aa  45.4  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.369136  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0468  beta-lactamase  29.51 
 
 
455 aa  45.4  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000926021 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4546  beta-lactamase  28.11 
 
 
740 aa  45.4  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207661  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3047  beta-lactamase  25.23 
 
 
464 aa  45.1  0.004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0708  beta-lactamase  25.33 
 
 
396 aa  45.1  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0410275  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5864  beta-lactamase  25 
 
 
389 aa  44.7  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35970  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  23.56 
 
 
582 aa  44.7  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.796833  normal  0.223324 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>