263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2958 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_2958  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  100 
 
 
244 aa  476  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0131  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  66.08 
 
 
251 aa  285  7e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.471911 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4816  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  61.34 
 
 
236 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322083  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0195  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  62.55 
 
 
243 aa  256  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0340  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  61.09 
 
 
237 aa  254  7e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0196979  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1799  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  61.36 
 
 
232 aa  251  5.000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.177098  normal  0.189047 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0387  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  61.93 
 
 
235 aa  251  6e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0333  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  62.66 
 
 
235 aa  250  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.44706  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0433  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  60.55 
 
 
235 aa  249  3e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1753  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  61.99 
 
 
230 aa  249  4e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1520  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  60 
 
 
232 aa  246  2e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.634391 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2629  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  60.85 
 
 
236 aa  246  2e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.168937 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0347  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  56.05 
 
 
231 aa  245  4.9999999999999997e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.150562  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1518  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  59.55 
 
 
232 aa  241  6e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.438965 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4588  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  55.26 
 
 
235 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2044  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  54.55 
 
 
293 aa  229  2e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0668079  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2128  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  54.55 
 
 
238 aa  228  5e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.303572  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3540  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  51.29 
 
 
232 aa  228  6e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0683  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  54.7 
 
 
235 aa  224  1e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0786  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  52.99 
 
 
241 aa  223  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.543978  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0357  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  58.82 
 
 
234 aa  219  1.9999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101317  normal  0.767481 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4774  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  53.39 
 
 
229 aa  218  5e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.715033  normal  0.564771 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4325  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  53.07 
 
 
235 aa  218  7e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1862  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  50.22 
 
 
240 aa  214  9e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0932459  normal  0.0318257 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1688  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  50.22 
 
 
240 aa  214  9.999999999999999e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0654719  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1044  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  51.57 
 
 
232 aa  214  9.999999999999999e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.197981  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2920  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  53.43 
 
 
230 aa  210  2e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0730  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.67 
 
 
234 aa  187  2e-46  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000744541 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1987  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  44.98 
 
 
245 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1687  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  45.99 
 
 
245 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.660624  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4013  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.49 
 
 
242 aa  172  2.9999999999999996e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1094  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  45.54 
 
 
242 aa  172  5e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.596439  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2594  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  45.15 
 
 
234 aa  169  4e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1757  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  44.8 
 
 
231 aa  166  5e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0566904  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0645  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.81 
 
 
236 aa  165  5.9999999999999996e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000274738  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1532  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.81 
 
 
236 aa  165  5.9999999999999996e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0029  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.04 
 
 
244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1201  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  44.16 
 
 
236 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2275  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  45.18 
 
 
231 aa  162  3e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000296065  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2070  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  45.18 
 
 
231 aa  162  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000195505  unclonable  0.0000000000022204 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0923  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.75 
 
 
232 aa  163  3e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.881435  normal  0.442892 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1067  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.75 
 
 
232 aa  163  3e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2074  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  45.18 
 
 
231 aa  162  3e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000167126  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2353  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  42.67 
 
 
271 aa  162  4.0000000000000004e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0129  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  46.96 
 
 
241 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0638289  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1461  orotidine 5`-phosphate decarboxylase  41.99 
 
 
239 aa  162  6e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.190153  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1866  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.79 
 
 
241 aa  161  7e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0025  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.15 
 
 
244 aa  162  7e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02117  orotidine 5-phosphate decarboxylase  43.11 
 
 
232 aa  161  9e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000184829  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0284  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  41.44 
 
 
228 aa  160  1e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.285229  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3989  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  48.44 
 
 
229 aa  160  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1299  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.46 
 
 
249 aa  160  1e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2463  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.15 
 
 
231 aa  161  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000296014  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2066  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.79 
 
 
239 aa  160  2e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0034827  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2392  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  44.74 
 
 
231 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000113777  unclonable  0.00000908556 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2315  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.98 
 
 
233 aa  160  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0273911  hitchhiker  0.000000348094 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2038  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  44.74 
 
 
231 aa  160  3e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000333047  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1335  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.43 
 
 
240 aa  158  6e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000805853 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0684  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  43.1 
 
 
244 aa  158  7e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000595201  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2761  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.24 
 
 
277 aa  157  1e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2077  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.81 
 
 
231 aa  157  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0111408  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2797  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.89 
 
 
241 aa  157  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.212231  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2349  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.87 
 
 
237 aa  157  1e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.872566 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0072  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  50.22 
 
 
232 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.109683  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1404  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  50.22 
 
 
255 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2050  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.81 
 
 
231 aa  156  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00216639  hitchhiker  0.000326951 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1981  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.42 
 
 
231 aa  157  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191461  unclonable  0.0000000000644794 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1928  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.98 
 
 
231 aa  156  3e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000128014  unclonable  0.0000000000403388 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3009  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.65 
 
 
234 aa  156  3e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00223674  normal  0.753586 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2890  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.57 
 
 
240 aa  156  3e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1547  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  44.4 
 
 
241 aa  155  4e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.398737  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3424  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  44.35 
 
 
247 aa  155  4e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.367397  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4051  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.74 
 
 
232 aa  155  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1740  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  44.04 
 
 
233 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000416133  hitchhiker  0.0025421 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3960  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.44 
 
 
234 aa  155  7e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00328038  hitchhiker  0.000886746 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1380  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.67 
 
 
229 aa  154  1e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3908  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.62 
 
 
234 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0446  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.41 
 
 
242 aa  154  1e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.733361  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1328  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.86 
 
 
238 aa  154  1e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.104937  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2718  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  41.63 
 
 
236 aa  153  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0305405  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1676  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.37 
 
 
240 aa  153  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1376  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.67 
 
 
229 aa  152  2.9999999999999998e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2569  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.84 
 
 
240 aa  152  2.9999999999999998e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1468  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.44 
 
 
237 aa  152  4e-36  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.522803  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0924  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.05 
 
 
238 aa  152  5e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1355  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  41.99 
 
 
239 aa  152  5e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000760656  hitchhiker  8.416419999999999e-20 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2119  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.5 
 
 
232 aa  152  5e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000535005  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2403  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  36.68 
 
 
451 aa  152  5.9999999999999996e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3220  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.44 
 
 
235 aa  151  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2664  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  36.09 
 
 
235 aa  151  1e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0980  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.91 
 
 
231 aa  151  1e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0327269  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2398  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.99 
 
 
231 aa  150  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003024  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.36 
 
 
233 aa  149  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000599953  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0770  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.85 
 
 
230 aa  149  4e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1288  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.55 
 
 
231 aa  149  4e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.536471  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0792  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.27 
 
 
231 aa  149  4e-35  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11890  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  42.54 
 
 
236 aa  149  4e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000215744  normal  0.0186296 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1263  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.55 
 
 
231 aa  149  4e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.224772  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1031  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.29 
 
 
236 aa  149  5e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0374618  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1662  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.92 
 
 
241 aa  148  7e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.000000183413  hitchhiker  0.000549225 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>