34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2120 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_2120  RDD domain containing protein  100 
 
 
157 aa  308  2e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1205  RDD domain-containing protein  62.82 
 
 
160 aa  145  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0811  RDD domain-containing protein  40 
 
 
154 aa  95.5  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.610403 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1602  hypothetical protein  41.79 
 
 
152 aa  93.2  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1261  RDD domain containing protein  41.79 
 
 
152 aa  92.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.295928 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1112  RDD domain containing protein  42.54 
 
 
152 aa  90.1  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2650  RDD  37.2 
 
 
188 aa  88.2  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.54052 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1128  RDD domain-containing protein  39.55 
 
 
152 aa  88.2  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0756  hypothetical protein  38.35 
 
 
156 aa  85.1  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.840052  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0751  hypothetical protein  38.35 
 
 
156 aa  85.1  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1910  hypothetical protein  40.29 
 
 
179 aa  84.3  5e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.278125  normal  0.807288 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2537  RDD domain-containing protein  38.3 
 
 
156 aa  83.2  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.92943  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4293  RDD domain-containing protein  40.58 
 
 
181 aa  83.6  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2885  RDD domain-containing protein  34.57 
 
 
175 aa  80.9  0.000000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00250053 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4656  hypothetical protein  38.41 
 
 
181 aa  79.7  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2987  RDD domain containing protein  39.72 
 
 
175 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2659  hypothetical protein  36.62 
 
 
185 aa  78.2  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.663395  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2241  hypothetical protein  38.85 
 
 
179 aa  77  0.00000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0821619  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2622  RDD  37.23 
 
 
180 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.72868  normal  0.883722 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1844  RDD  35.07 
 
 
173 aa  64.7  0.0000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.353991  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6837  RDD domain-containing protein  31.76 
 
 
177 aa  61.2  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102457  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0238  RDD domain-containing protein  33.53 
 
 
164 aa  60.5  0.000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4760  RDD domain containing protein  32.64 
 
 
164 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.724006  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7575  RDD domain containing protein  31.01 
 
 
173 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.724315  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4240  RDD domain-containing protein  32.56 
 
 
164 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4610  RDD domain containing protein  32.56 
 
 
164 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.830489  normal  0.318012 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1904  RDD  30.97 
 
 
149 aa  55.8  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.68973 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5633  RDD domain-containing protein  31.29 
 
 
162 aa  53.9  0.0000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.832887  normal  0.15374 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1223  RDD domain containing protein  38.89 
 
 
202 aa  46.2  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0171  RDD domain-containing protein  31.37 
 
 
140 aa  45.4  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000652856  decreased coverage  0.0096302 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0883  RDD domain-containing protein  33.8 
 
 
143 aa  44.3  0.0006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.188299 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1083  RDD domain containing protein  28.28 
 
 
146 aa  43.9  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.293263  normal  0.491437 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0170  RDD domain-containing protein  28.95 
 
 
145 aa  42.4  0.002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.00000000534855  decreased coverage  0.00967799 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0277  RDD domain containing protein  34.67 
 
 
217 aa  42.4  0.003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.666159  normal  0.0986894 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>