77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1050 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_1050  sodium/glutamate symporter  100 
 
 
398 aa  766    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0733546 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0831  sodium/glutamate symporter  72.36 
 
 
402 aa  516  1.0000000000000001e-145  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.840711  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1261  sodium/glutamate symporter  55.18 
 
 
402 aa  350  3e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332542  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2504  sodium/glutamate symporter  45.01 
 
 
398 aa  318  9e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2948  sodium/glutamate symporter  42.33 
 
 
409 aa  316  5e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2643  sodium/glutamate symporter  47.46 
 
 
402 aa  315  8e-85  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4118  hypothetical protein  44.53 
 
 
401 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.601595  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1355  sodium-glutamate symporter  42.33 
 
 
409 aa  312  5.999999999999999e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1451  sodium/glutamate symporter  42.07 
 
 
414 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17221  hypothetical protein  41.42 
 
 
414 aa  282  7.000000000000001e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3454  sodium/glutamate symporter  43.9 
 
 
401 aa  276  3e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.890755  normal  0.830149 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4810  sodium/glutamate symporter  46.02 
 
 
399 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2389  sodium/glutamate symporter  36.57 
 
 
407 aa  231  1e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.657227  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000964  sodium/glutamate symporter  35.12 
 
 
408 aa  227  2e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.187707  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2923  sodium/glutamate symporter  36.96 
 
 
407 aa  228  2e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0996  sodium/glutamate symporter  43.09 
 
 
401 aa  225  9e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07004  hypothetical protein  34.88 
 
 
417 aa  224  1e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0673  sodium/glutamate symport carrier protein (glutamate permease)  35.46 
 
 
407 aa  224  2e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.141822  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3864  sodium/glutamate symporter  40.79 
 
 
401 aa  223  3e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5026  sodium/glutamate symporter  40.79 
 
 
401 aa  223  3e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3988  sodium/glutamate symporter  40.53 
 
 
401 aa  224  3e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4157  sodium/glutamate symporter  40.79 
 
 
401 aa  223  3e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0103  sodium/glutamate symporter  35.97 
 
 
407 aa  223  4e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.406513  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03511  glutamate transporter  40.79 
 
 
401 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.891245  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0058  sodium/glutamate symporter  40.79 
 
 
401 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00332333 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4104  sodium/glutamate symporter  40.79 
 
 
401 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03463  hypothetical protein  40.79 
 
 
401 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0052  sodium/glutamate symporter  40.79 
 
 
401 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4778  sodium/glutamate symporter  35.37 
 
 
407 aa  223  6e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  unclonable  0.000000014689 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3251  sodium/glutamate symporter  35.86 
 
 
407 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0995  sodium/glutamate symporter  42.78 
 
 
401 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4181  sodium/glutamate symporter  38.26 
 
 
404 aa  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0674  sodium/glutamate symport carrier protein (glutamate permease)  34.52 
 
 
407 aa  221  9.999999999999999e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00660523  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0040  sodium/glutamate symport carrier protein  38.26 
 
 
404 aa  221  1.9999999999999999e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0036  sodium/glutamate symporter  38.26 
 
 
404 aa  221  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5033  sodium/glutamate symporter  37.13 
 
 
409 aa  219  5e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130355  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0118  sodium/glutamate symporter  34.1 
 
 
407 aa  219  6e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1547  sodium/glutamate symporter  35.62 
 
 
407 aa  219  7.999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0830864 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1541  sodium/glutamate symporter  36.48 
 
 
407 aa  219  8.999999999999998e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.097367 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4386  sodium/glutamate symporter  36.2 
 
 
407 aa  218  1e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00492063 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1482  sodium/glutamate symporter  35.62 
 
 
407 aa  218  2e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.485218  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0092  sodium/glutamate symporter  35.04 
 
 
408 aa  218  2e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000111115  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2705  sodium/glutamate symporter  36.29 
 
 
407 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1682  sodium/glutamate symporter  36.29 
 
 
407 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00781316  normal  0.0287357 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2781  sodium/glutamate symporter  36.29 
 
 
407 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.689609  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2684  sodium/glutamate symporter  36.29 
 
 
407 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1033  sodium/glutamate symporter  42.27 
 
 
401 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.777832 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4228  sodium/glutamate symporter  40.83 
 
 
401 aa  215  9e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0724268  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0197  sodium/glutamate symporter (glutamate permease)  33.6 
 
 
402 aa  214  1.9999999999999998e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000567531  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4777  sodium/glutamate symporter  35.18 
 
 
407 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000131093 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0534  sodium/glutamate symporter  36.17 
 
 
404 aa  212  1e-53  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07017  hypothetical protein  33.9 
 
 
420 aa  209  8e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1375  sodium/glutamate symporter  35.75 
 
 
428 aa  206  6e-52  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4872  sodium/glutamate symporter  41.19 
 
 
403 aa  206  7e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.854487  normal  0.0119787 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4718  sodium/glutamate symporter  33.33 
 
 
401 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.193762  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4132  sodium/glutamate symporter  40.53 
 
 
401 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0214352  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4026  sodium/glutamate symporter  40.53 
 
 
401 aa  204  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3953  sodium/glutamate symporter  40.53 
 
 
401 aa  204  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0524542 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0319  sodium/glutamate symporter  35.28 
 
 
424 aa  203  3e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.321863  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4072  sodium/glutamate symporter  40.26 
 
 
401 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3963  sodium/glutamate symporter  40.26 
 
 
401 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2080  sodium/glutamate symporter  34.88 
 
 
424 aa  201  1.9999999999999998e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2697  sodium/glutamate symporter  34.86 
 
 
407 aa  200  3e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2284  sodium/glutamate symporter  37.78 
 
 
404 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0465087  normal  0.066844 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1590  sodium/glutamate symporter  37.78 
 
 
404 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2020  sodium/glutamate symporter  35.24 
 
 
412 aa  197  3e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.733127  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000968  sodium/glutamate symporter  34.83 
 
 
361 aa  189  8e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0496  sodium/glutamate symporter  30.58 
 
 
392 aa  181  2e-44  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0916  sodium/glutamate symport carrier protein  34.96 
 
 
402 aa  176  6e-43  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.920005  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1028  sodium/glutamate symporter  30.67 
 
 
400 aa  173  5.999999999999999e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.697633  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1935  sodium:glutamate symporter  32.07 
 
 
402 aa  167  2e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0361  transporter, putative  28.91 
 
 
457 aa  167  2e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00000537763  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2369  sodium/glutamate symporter  31.82 
 
 
402 aa  159  9e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.77466  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2415  sodium/glutamate symporter  31.82 
 
 
402 aa  159  9e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0244  sodium/glutamate symporter  29.29 
 
 
392 aa  157  3e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1953  sodium/glutamate symporter  34.03 
 
 
404 aa  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00992782  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23160  sodium/glutamate symporter  33.68 
 
 
404 aa  132  9e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000099413 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>