More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0899 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0899  30S ribosomal protein S18  100 
 
 
80 aa  159  9e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0242171 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2304  30S ribosomal protein S18  98.75 
 
 
80 aa  157  6e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.554922  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2463  30S ribosomal protein S18  89.47 
 
 
79 aa  139  9e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2295  30S ribosomal protein S18  88.16 
 
 
79 aa  138  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0262135  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2986  30S ribosomal protein S18  88.16 
 
 
79 aa  137  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.574471 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3488  30S ribosomal protein S18  88.16 
 
 
79 aa  137  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.329035  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3119  30S ribosomal protein S18  91.78 
 
 
88 aa  137  4.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.258718  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2356  30S ribosomal protein S18  88.16 
 
 
79 aa  137  4.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.160998  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1692  30S ribosomal protein S18  86.84 
 
 
79 aa  137  7e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.240883  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1196  30S ribosomal protein S18  85.9 
 
 
82 aa  136  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.215666  normal  0.0237747 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1053  30S ribosomal protein S18  85.9 
 
 
82 aa  136  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.271077 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3039  30S ribosomal protein S18  83.12 
 
 
91 aa  136  8.999999999999999e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.230428 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1511  30S ribosomal protein S18  84.42 
 
 
95 aa  134  3.0000000000000003e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1519  30S ribosomal protein S18  83.33 
 
 
82 aa  134  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.114713  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0740  30S ribosomal protein S18  83.33 
 
 
82 aa  134  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.182149 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0460  30S ribosomal protein S18  87.67 
 
 
82 aa  132  1.9999999999999998e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0454  30S ribosomal protein S18  87.67 
 
 
82 aa  132  1.9999999999999998e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0234797  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0568  30S ribosomal protein S18  87.67 
 
 
82 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1917  30S ribosomal protein S18  87.67 
 
 
82 aa  131  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.160715  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1044  30S ribosomal protein S18  87.5 
 
 
75 aa  130  3.9999999999999996e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.143453 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2187  30S ribosomal protein S18  87.5 
 
 
75 aa  130  5e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1773  30S ribosomal protein S18  86.11 
 
 
75 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1351  30S ribosomal protein S18  86.11 
 
 
75 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0404596  normal  0.254507 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0140  30S ribosomal protein S18  86.11 
 
 
75 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0890  30S ribosomal protein S18  86.11 
 
 
75 aa  128  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0721689  normal  0.483607 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0493  30S ribosomal protein S18  84.93 
 
 
82 aa  127  4.0000000000000003e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2511  30S ribosomal protein S18  85.71 
 
 
92 aa  127  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.460729  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2591  30S ribosomal protein S18  93.85 
 
 
83 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0274344 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4636  30S ribosomal protein S18  93.85 
 
 
82 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.171123  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1415  30S ribosomal protein S18  81.94 
 
 
74 aa  126  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5420  30S ribosomal protein S18  92.31 
 
 
83 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0173473  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3814  30S ribosomal protein S18  92.31 
 
 
79 aa  124  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.295923  normal  0.120309 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4416  30S ribosomal protein S18  89.23 
 
 
84 aa  122  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.221922 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4309  30S ribosomal protein S18  89.23 
 
 
84 aa  122  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0685461 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3941  30S ribosomal protein S18  89.23 
 
 
84 aa  122  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.182221 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1621  30S ribosomal protein S18  81.94 
 
 
75 aa  121  3e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0249871  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0084  30S ribosomal protein S18  77.78 
 
 
74 aa  120  7e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.448199  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1901  30S ribosomal protein S18  79.17 
 
 
74 aa  119  9.999999999999999e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.162774 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1211  SSU ribosomal protein S18P  81.94 
 
 
84 aa  119  9.999999999999999e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114712  normal  0.854081 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3362  ribosomal protein S18  89.06 
 
 
81 aa  118  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0413  30S ribosomal protein S18  83.08 
 
 
78 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.420055  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2460  SSU ribosomal protein S18P  63.16 
 
 
106 aa  102  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.168294 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0656  30S ribosomal protein S18  61.43 
 
 
74 aa  90.1  9e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3062  30S ribosomal protein S18  64.18 
 
 
75 aa  89.7  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.382795  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3928  30S ribosomal protein S18  64.18 
 
 
75 aa  89.4  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1549  30S ribosomal protein S18  60.29 
 
 
75 aa  89.7  1e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1434  30S ribosomal protein S18  60.29 
 
 
75 aa  89.7  1e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1338  30S ribosomal protein S18  61.76 
 
 
76 aa  89.7  1e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0621321  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3641  30S ribosomal protein S18  64.18 
 
 
75 aa  89.4  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000922351  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0734  30S ribosomal protein S18  64.18 
 
 
75 aa  89.4  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0213573  hitchhiker  0.0000000101296 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0713  30S ribosomal protein S18  64.18 
 
 
75 aa  89.4  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.348938  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1031  30S ribosomal protein S18  61.76 
 
 
76 aa  89.7  1e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0743  30S ribosomal protein S18  64.18 
 
 
75 aa  89.4  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000702658  hitchhiker  0.000126667 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0755  30S ribosomal protein S18  64.18 
 
 
75 aa  89.4  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000506389  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1641  30S ribosomal protein S18  62.69 
 
 
75 aa  89.4  1e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0283547  normal  0.0346788 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1436  30S ribosomal protein S18  64.18 
 
 
75 aa  89.7  1e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00709518  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3258  30S ribosomal protein S18  64.18 
 
 
75 aa  89.4  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000185776  hitchhiker  0.00000962833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0689  30S ribosomal protein S18  64.18 
 
 
75 aa  89.4  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00223713  hitchhiker  0.000284829 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0584  30S ribosomal protein S18  61.43 
 
 
74 aa  89.7  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.501506  hitchhiker  6.40936e-16 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0703  30S ribosomal protein S18  64.18 
 
 
75 aa  89.4  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000172761  hitchhiker  0.00040257 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0517  30S ribosomal protein S18  64.18 
 
 
75 aa  89.4  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.370813  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4210  30S ribosomal protein S18  62.69 
 
 
75 aa  88.2  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.882361  hitchhiker  0.000251035 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0759  30S ribosomal protein S18  62.69 
 
 
75 aa  88.2  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.190988  hitchhiker  0.000000223269 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3282  30S ribosomal protein S18  62.69 
 
 
75 aa  88.6  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0561913  hitchhiker  0.000203056 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3584  30S ribosomal protein S18  62.69 
 
 
75 aa  88.2  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.173791  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3421  ribosomal protein S18  62.69 
 
 
75 aa  87.8  4e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.169339 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0924  ribosomal protein S18  61.76 
 
 
74 aa  87.8  4e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.373301  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04069  30S ribosomal protein S18  61.43 
 
 
75 aa  87.8  5e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3791  ribosomal protein S18  61.43 
 
 
75 aa  87.8  5e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00509801  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4735  30S ribosomal protein S18  61.43 
 
 
75 aa  87.8  5e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.260572  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5717  30S ribosomal protein S18  61.43 
 
 
75 aa  87.8  5e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.375297  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0776  30S ribosomal protein S18  61.43 
 
 
75 aa  87.8  5e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000892175  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3811  30S ribosomal protein S18  61.43 
 
 
75 aa  87.8  5e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0521651 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0796  30S ribosomal protein S18  61.43 
 
 
75 aa  87.8  5e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000510602  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4753  30S ribosomal protein S18  61.43 
 
 
75 aa  87.8  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0729519  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0373  30S ribosomal protein S18  61.43 
 
 
75 aa  87.8  5e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0319671  normal  0.0301658 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4661  30S ribosomal protein S18  61.43 
 
 
75 aa  87.8  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.13301  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4671  30S ribosomal protein S18  61.43 
 
 
75 aa  87.8  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00669693  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4446  30S ribosomal protein S18  61.43 
 
 
75 aa  87.8  5e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4789  30S ribosomal protein S18  61.43 
 
 
75 aa  87.8  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0963003  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4763  30S ribosomal protein S18  61.43 
 
 
75 aa  87.8  5e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4811  30S ribosomal protein S18  61.43 
 
 
75 aa  87.8  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0274683  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4672  30S ribosomal protein S18  61.43 
 
 
75 aa  87.8  5e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.998059 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3349  30S ribosomal protein S18  62.69 
 
 
75 aa  87.4  5e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000024458  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04031  hypothetical protein  61.43 
 
 
75 aa  87.8  5e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2588  30S ribosomal protein S18  58.21 
 
 
76 aa  87.4  6e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.752864 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0572  ribosomal protein S18  62.69 
 
 
75 aa  87.4  6e-17  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.504032  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3590  30S ribosomal protein S18  61.43 
 
 
75 aa  87  7e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.307968  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3433  30S ribosomal protein S18  61.43 
 
 
75 aa  87  7e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00939921  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00745  30S ribosomal protein S18  56.72 
 
 
76 aa  86.3  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.613411  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2037  ribosomal protein S18  61.19 
 
 
76 aa  86.7  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.166902  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3782  30S ribosomal protein S18  60 
 
 
75 aa  85.5  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0682  30S ribosomal protein S18  60 
 
 
75 aa  85.5  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3637  30S ribosomal protein S18  60 
 
 
75 aa  85.5  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0448  30S ribosomal protein S18  60 
 
 
75 aa  85.5  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00435788 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2445  ribosomal protein S18  60 
 
 
92 aa  84.7  4e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0042166 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0694  30S ribosomal protein S18  54.93 
 
 
95 aa  84.7  4e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.276766  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2823  ribosomal protein S18  60 
 
 
92 aa  84.7  4e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.408333  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1328  30S ribosomal protein S18  55.07 
 
 
75 aa  84.3  5e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.52927  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0309  30S ribosomal protein S18  54.93 
 
 
95 aa  84  6e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>