More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0891 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4140  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70.16 
 
 		 441 aa  647    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.124095 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2295  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  68.93 
 
 		 449 aa  661    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2840  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.07 
 
 		 441 aa  648    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2620  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.17 
 
 		 441 aa  642    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.364941  normal  0.313039 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2633  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70.62 
 
 		 441 aa  644    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.359809  decreased coverage  0.0000423005 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0891  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  100 
 
 		 457 aa  931    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.142518 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2950  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  69.48 
 
 		 441 aa  634  1e-180  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3910  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  68.95 
 
 		 448 aa  628  1e-179  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0803729 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4382  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  69.63 
 
 		 448 aa  630  1e-179  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.256577  normal  0.901821 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4277  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  68.95 
 
 		 448 aa  627  1e-178  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.696931 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0566  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.51 
 
 		 437 aa  624  1e-177  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3627  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.51 
 
 		 437 aa  622  1e-177  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.109581  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3226  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  69.35 
 
 		 441 aa  622  1e-177  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.262488  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0531  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.59 
 
 		 438 aa  623  1e-177  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1639  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  68.97 
 
 		 448 aa  620  1e-176  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.981602 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5119  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  69.12 
 
 		 437 aa  616  1e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.492181  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4475  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.51 
 
 		 449 aa  595  1e-169  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.439189 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2811  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.39 
 
 		 441 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2402  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.04 
 
 		 467 aa  549  1e-155  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52420  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.06 
 
 		 440 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4596  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.97 
 
 		 440 aa  548  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2618  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.12 
 
 		 456 aa  548  1e-155  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0160517 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.51 
 
 		 470 aa  546  1e-154  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  58.89 
 
 		 441 aa  543  1e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  58.89 
 
 		 441 aa  543  1e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.89 
 
 		 441 aa  543  1e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1713  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.22 
 
 		 440 aa  541  1e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00416624  normal  0.0683771 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.89 
 
 		 441 aa  543  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.89 
 
 		 441 aa  543  1e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1673  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.82 
 
 		 442 aa  544  1e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.548183  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.89 
 
 		 441 aa  543  1e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1944  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.82 
 
 		 437 aa  543  1e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41308  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3331  hypothetical protein  58.94 
 
 		 479 aa  541  1e-153  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00577247 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.89 
 
 		 441 aa  544  1e-153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.89 
 
 		 441 aa  543  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.89 
 
 		 441 aa  543  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37650  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.6 
 
 		 440 aa  541  1e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.89 
 
 		 441 aa  543  1e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.89 
 
 		 441 aa  543  1e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00819  hypothetical protein  58.89 
 
 		 441 aa  543  1e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0642  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.82 
 
 		 452 aa  541  1e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0487944  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0982  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.12 
 
 		 441 aa  544  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1003  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.89 
 
 		 441 aa  543  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.902435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1764  hypothetical protein  59.86 
 
 		 443 aa  539  9.999999999999999e-153  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.341507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1979  hypothetical protein  59.58 
 
 		 448 aa  540  9.999999999999999e-153  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2865  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.58 
 
 		 453 aa  539  9.999999999999999e-153  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3120  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.81 
 
 		 443 aa  538  9.999999999999999e-153  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2303  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.17 
 
 		 467 aa  540  9.999999999999999e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.941264  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2732  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  59.14 
 
 		 455 aa  538  9.999999999999999e-153  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106546  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0082  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60.6 
 
 		 437 aa  538  1e-151  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1191  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.33 
 
 		 445 aa  535  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1228  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.43 
 
 		 443 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.243595  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1361  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.48 
 
 		 456 aa  538  1e-151  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01247  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.62 
 
 		 460 aa  535  1e-151  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.43 
 
 		 470 aa  534  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2162  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.36 
 
 		 463 aa  531  1e-150  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.692729  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1913  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  58.89 
 
 		 454 aa  533  1e-150  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.823404  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1392  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.37 
 
 		 447 aa  533  1e-150  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4219  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.2 
 
 		 443 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.862711 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.96 
 
 		 453 aa  532  1e-150  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.580296 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4016  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.2 
 
 		 443 aa  535  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.588155  hitchhiker  0.00937866 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6297  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.74 
 
 		 453 aa  532  1e-150  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1782  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.74 
 
 		 453 aa  532  1e-150  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339702  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1636  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.75 
 
 		 453 aa  531  1e-149  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.413832 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4019  conserved hypothetical protein TIGR01125  57.67 
 
 		 443 aa  531  1e-149  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1352  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58 
 
 		 452 aa  530  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2327  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.14 
 
 		 463 aa  531  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.314823  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5082  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.3 
 
 		 453 aa  529  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2199  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.14 
 
 		 463 aa  531  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.148907  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0973  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56.62 
 
 		 463 aa  529  1e-149  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.614031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0846  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.29 
 
 		 471 aa  531  1e-149  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.3794  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1695  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.3 
 
 		 453 aa  530  1e-149  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.184719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1722  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.3 
 
 		 453 aa  530  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1911  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.53 
 
 		 453 aa  528  1e-149  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0408943 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1582  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.53 
 
 		 453 aa  529  1e-149  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.386337  normal  0.0216178 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1078  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.14 
 
 		 463 aa  528  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.678525  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1318  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.14 
 
 		 463 aa  528  1e-148  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0862922  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2259  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56.71 
 
 		 463 aa  526  1e-148  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.017952  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1596  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.77 
 
 		 441 aa  527  1e-148  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000318709  unclonable  0.000000244003 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0718  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.88 
 
 		 455 aa  526  1e-148  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1488  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  55.77 
 
 		 468 aa  526  1e-148  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.517417  normal  0.112156 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0089  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.14 
 
 		 463 aa  528  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.14 
 
 		 463 aa  528  1e-148  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.143313  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1848  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  55.03 
 
 		 461 aa  524  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0225494  normal  0.052969 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2337  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56.25 
 
 		 461 aa  523  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.947185  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1536  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.01 
 
 		 525 aa  520  1e-146  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0262193 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1715  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56.88 
 
 		 531 aa  519  1e-146  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1444  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56.69 
 
 		 443 aa  520  1e-146  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0770  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  59.22 
 
 		 457 aa  516  1.0000000000000001e-145  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.579434 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0649  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.85 
 
 		 467 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.576073 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1834  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  55.65 
 
 		 473 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.044841  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2010  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.88 
 
 		 463 aa  516  1.0000000000000001e-145  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2751  hypothetical protein  56.98 
 
 		 440 aa  513  1e-144  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.639812 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2966  2-alkenal reductase  56.04 
 
 		 446 aa  510  1e-143  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000212158  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1047  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.61 
 
 		 463 aa  508  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.82123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1015  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.3 
 
 		 455 aa  508  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2340  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.42 
 
 		 436 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1314  hypothetical protein  55.89 
 
 		 453 aa  508  9.999999999999999e-143  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000395672  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0517  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  55.66 
 
 		 472 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0599  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  54.63 
 
 		 472 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>