86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_B0102 on replicon NC_008826
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007651  BTH_I3143  helicase domain-containing protein  46.52 
 
 
1063 aa  904    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.833808  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0037  helicase domain protein  43.39 
 
 
1636 aa  1328    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.527167  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14100  predicted helicase  42.7 
 
 
1847 aa  1241    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.605074  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0102  adenine specific DNA methyltransferase, putative  100 
 
 
1615 aa  3325    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675246  hitchhiker  0.0000128241 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0578  type III restriction enzyme, res subunit  63.44 
 
 
1609 aa  2131    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0380  DEAD/DEAH box helicase-like  44.72 
 
 
1301 aa  799    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.145583  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4323  type III restriction enzyme, res subunit  45.92 
 
 
1613 aa  1405    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008507  LACR_E6  superfamily II DNA/RNA helicase  38.4 
 
 
1560 aa  1133    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2642  type III restriction protein res subunit  44.34 
 
 
1632 aa  1311    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1937  superfamily II DNA/RNA helicase  34.13 
 
 
1024 aa  538  1e-151  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00156892  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2194  superfamily II DNA/RNA helicase  33.93 
 
 
1021 aa  523  1e-147  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1662  adenine specific DNA methyltransferase  32.15 
 
 
1005 aa  483  1e-134  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3139  helicase domain-containing protein  40.32 
 
 
576 aa  455  1.0000000000000001e-126  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0378  helicase domain-containing protein  38.7 
 
 
475 aa  357  7.999999999999999e-97  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00371  hypothetical protein  34.09 
 
 
977 aa  328  4.0000000000000003e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00521  hypothetical protein  33.64 
 
 
1341 aa  300  1e-79  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0602  helicase, putative  32.16 
 
 
1004 aa  283  3e-74  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5507  type III restriction enzyme, res subunit  51.22 
 
 
301 aa  269  2.9999999999999995e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000769547 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00541  hypothetical protein  31.67 
 
 
921 aa  266  3e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0310  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase, putative  24.19 
 
 
1116 aa  166  4.0000000000000004e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1350  hypothetical protein  43.09 
 
 
221 aa  163  3e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.588656  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1765  hypothetical protein  23.72 
 
 
1098 aa  157  2e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5505  helicase-associated  31.49 
 
 
871 aa  143  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000739697 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0925  adenine specific DNA methyltransferase  23.07 
 
 
1049 aa  134  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00490448  normal  0.369503 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0499  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase, putative  23 
 
 
1047 aa  133  3e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1196  adenine specific DNA methyltransferase  22.67 
 
 
1059 aa  126  4e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  unclonable  0.0000965363  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0066  hypothetical protein  40.74 
 
 
165 aa  121  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3195  adenine specific DNA methyltransferase  22.45 
 
 
1125 aa  116  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.000607783  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0340  adenine specific DNA methyltransferase  21.99 
 
 
1064 aa  113  3e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0570393 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3803  helicase-like protein  25.9 
 
 
1176 aa  74.3  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.230182  hitchhiker  0.00335378 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2721  putative DNA methyltransferase  25.17 
 
 
1121 aa  62  0.00000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  28.62 
 
 
787 aa  61.2  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1255  DEAD/DEAH box helicase  27.17 
 
 
811 aa  58.5  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171092  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1942  type III restriction enzyme, res subunit  22.83 
 
 
469 aa  57.8  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.823738  normal  0.0282791 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1102  putative DNA methyltransferase  24.91 
 
 
1100 aa  56.6  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.822518  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2481  type III restriction enzyme, res subunit  23.71 
 
 
706 aa  56.6  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.839221  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2780  type III restriction enzyme, res subunit  22.9 
 
 
586 aa  55.5  0.000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0188494  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1103  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.12 
 
 
756 aa  54.7  0.00001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.000000000146119  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  23.09 
 
 
475 aa  54.3  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2593  type III restriction protein res subunit  23.64 
 
 
493 aa  54.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  21.12 
 
 
812 aa  53.9  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0961  hypothetical protein  40.28 
 
 
110 aa  54.7  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.298352  normal  0.491604 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0840  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  31.1 
 
 
1068 aa  54.3  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.473643  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1374  type III restriction protein res subunit  21.26 
 
 
707 aa  53.9  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.304908  normal  0.550958 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3086  Type I site-specific deoxyribonuclease  25 
 
 
813 aa  52.4  0.00007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.461628  normal  0.442211 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3225  EcoEI R domain-containing protein  25.47 
 
 
815 aa  52  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.376811  normal 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  29.46 
 
 
462 aa  52  0.00009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  27.17 
 
 
821 aa  50.8  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0388  type III restriction protein res subunit  23.78 
 
 
907 aa  50.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000267171 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3535  hypothetical protein  27.97 
 
 
815 aa  50.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.115476  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0605  type III restriction enzyme, res subunit  23.97 
 
 
647 aa  50.1  0.0003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1432  type III restriction protein, res subunit  32.93 
 
 
1108 aa  50.4  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  28 
 
 
825 aa  50.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1193  EcoEI R domain protein  21.21 
 
 
827 aa  50.1  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.325861  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3537  type III restriction enzyme, res subunit  31.69 
 
 
1130 aa  49.3  0.0006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.244688  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  25.15 
 
 
783 aa  49.3  0.0007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2618  EcoEI R domain-containing protein  21.21 
 
 
817 aa  49.3  0.0007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0707543 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0843  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  29.27 
 
 
1068 aa  49.3  0.0007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.76009e-28 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03609  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit and related helicase  30.06 
 
 
1141 aa  48.9  0.0007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  25.51 
 
 
800 aa  48.9  0.0008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  22.27 
 
 
815 aa  48.9  0.0008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0964  helicase domain-containing protein  32.05 
 
 
84 aa  48.9  0.0008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.317266  normal  0.503328 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  31.65 
 
 
469 aa  48.1  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0197  type III restriction protein res subunit  30.54 
 
 
1125 aa  48.5  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000621753 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  21.09 
 
 
952 aa  47.8  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  24.2 
 
 
829 aa  47.8  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  27.71 
 
 
780 aa  47.4  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  25.76 
 
 
784 aa  47  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  26.8 
 
 
810 aa  47  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2199  Type III restriction enzyme, res subunit  23.19 
 
 
492 aa  47  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0683  type I restriction-modification system, R subunit  25.76 
 
 
784 aa  47  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1516  ATP-dependent helicase HepA  25.78 
 
 
966 aa  46.6  0.004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1686  type III restriction enzyme, res subunit  21.09 
 
 
698 aa  46.2  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.025526  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  21.69 
 
 
770 aa  46.2  0.005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5510  putative DNA methyltransferase  20.81 
 
 
555 aa  46.2  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.113009  normal  0.19164 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1309  EcoEI R domain-containing protein  22.51 
 
 
824 aa  46.2  0.006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  23.94 
 
 
796 aa  45.8  0.006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  32.93 
 
 
629 aa  45.8  0.007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  22.91 
 
 
793 aa  45.8  0.007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  23.91 
 
 
1042 aa  45.8  0.007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1034  type III restriction protein res subunit  27.78 
 
 
1126 aa  45.8  0.007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0485696  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  21.78 
 
 
459 aa  45.8  0.008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0670  type III restriction protein res subunit  22.94 
 
 
652 aa  45.4  0.008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  23.87 
 
 
590 aa  45.4  0.009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2052  type III restriction protein res subunit  25.71 
 
 
489 aa  45.4  0.009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  30 
 
 
848 aa  45.4  0.009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>