250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A2995 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1089  type I restriction-modification enzyme, R subunit, putative  75.72 
 
 
1040 aa  805    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  61.36 
 
 
1068 aa  664    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0028  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  59.21 
 
 
1046 aa  645    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.77996  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  83.71 
 
 
1034 aa  883    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0222  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  86.44 
 
 
1028 aa  902    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  60.94 
 
 
1044 aa  669    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  78.57 
 
 
1026 aa  829    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  62.31 
 
 
1052 aa  671    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  80.69 
 
 
1045 aa  846    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  83.52 
 
 
1029 aa  893    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0011  type I site-specific deoxyribonuclease  96.03 
 
 
1061 aa  995    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386666 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2995  type I site-specific deoxyribonuclease  100 
 
 
539 aa  1101    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  56.08 
 
 
1084 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  56.08 
 
 
1084 aa  596  1e-169  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2450  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR family  54.14 
 
 
1042 aa  568  1e-160  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  53.69 
 
 
1029 aa  554  1e-156  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0281  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  54.4 
 
 
1028 aa  550  1e-155  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000241298 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  51.1 
 
 
1051 aa  547  1e-154  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  50.92 
 
 
1060 aa  546  1e-154  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  49.73 
 
 
1044 aa  531  1e-149  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  50.84 
 
 
1046 aa  519  1e-146  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1863  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  83.28 
 
 
855 aa  521  1e-146  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  49.44 
 
 
1070 aa  519  1e-146  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  48.56 
 
 
1032 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  47.98 
 
 
1032 aa  509  1e-143  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  48.68 
 
 
1022 aa  504  1e-141  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2413  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  48.68 
 
 
1022 aa  504  1e-141  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.623106 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  46.71 
 
 
1084 aa  496  1e-139  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  45.7 
 
 
1074 aa  496  1e-139  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  45.51 
 
 
1042 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4010  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  44.75 
 
 
1067 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  45.32 
 
 
1053 aa  471  1.0000000000000001e-131  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  45.32 
 
 
1079 aa  464  1e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  44.4 
 
 
1040 aa  452  1.0000000000000001e-126  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  45.49 
 
 
1044 aa  444  1e-123  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  41.23 
 
 
1031 aa  424  1e-117  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  40.66 
 
 
1041 aa  402  1e-111  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3082  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  39.32 
 
 
1085 aa  383  1e-105  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.88 
 
 
1068 aa  359  8e-98  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  37.85 
 
 
1061 aa  341  2e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  36.3 
 
 
1074 aa  341  2e-92  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  36.45 
 
 
1003 aa  330  5.0000000000000004e-89  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  35.56 
 
 
1003 aa  318  1e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7554  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  34.99 
 
 
1072 aa  313  4.999999999999999e-84  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  37.55 
 
 
1035 aa  311  1e-83  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3906  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  34.58 
 
 
1097 aa  310  5e-83  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1105  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.45 
 
 
1066 aa  305  2.0000000000000002e-81  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.147445  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  48.09 
 
 
1210 aa  281  3e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1362  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.32 
 
 
1060 aa  239  1e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0881  putative type I site specific deoxyribonuclease HsdR  29.42 
 
 
1060 aa  223  4.9999999999999996e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0350782  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4929  hypothetical protein  28.81 
 
 
1088 aa  213  7.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.511306  normal  0.806169 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2239  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.65 
 
 
1046 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.93 
 
 
1010 aa  160  5e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2327  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.13 
 
 
1046 aa  143  7e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.279582  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1308  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.32 
 
 
1077 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.181512 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0037  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.88 
 
 
1022 aa  139  8.999999999999999e-32  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.18362  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0871  hypothetical protein  24.19 
 
 
632 aa  139  8.999999999999999e-32  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.56 
 
 
1065 aa  138  3.0000000000000003e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0006  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.31 
 
 
1068 aa  137  4e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2662  putative type I restriction enzyme R protein  25.52 
 
 
1076 aa  134  6e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.322424  normal  0.707209 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  32.26 
 
 
1059 aa  133  7.999999999999999e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0024  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.5 
 
 
1108 aa  132  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.955051  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0032  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.5 
 
 
1108 aa  132  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0395746 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.29 
 
 
995 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000000957293 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3502  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  24.91 
 
 
1079 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.23995 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.65 
 
 
1000 aa  126  9e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.79 
 
 
1044 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2363  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  36.32 
 
 
1067 aa  123  8e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.267976 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  36.08 
 
 
984 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  36.6 
 
 
984 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  38.12 
 
 
993 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.37 
 
 
1012 aa  122  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1790  restriction enzyme  28.18 
 
 
1072 aa  116  7.999999999999999e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  37.64 
 
 
1000 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1568  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  39.36 
 
 
982 aa  115  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0336191  unclonable  0.0000249551 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25.68 
 
 
1042 aa  114  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1898  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.71 
 
 
981 aa  114  4.0000000000000004e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  35.64 
 
 
967 aa  114  6e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  35.64 
 
 
967 aa  113  7.000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3110  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  38.1 
 
 
980 aa  113  9e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1705  hypothetical protein  32.1 
 
 
1421 aa  113  9e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1175  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  37.57 
 
 
980 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.770188  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1092  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  37.72 
 
 
965 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.20335  normal  0.270177 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2197  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.82 
 
 
1063 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.511328  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  33.51 
 
 
1033 aa  109  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0334  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.93 
 
 
1075 aa  109  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  26 
 
 
1023 aa  109  1e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2461  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.91 
 
 
1403 aa  108  3e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4301  hypothetical protein  41.18 
 
 
793 aa  107  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.355479  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4345  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  34.78 
 
 
920 aa  107  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0969  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.15 
 
 
973 aa  106  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.301095 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0841  type I restriction-modification system, R subunit  33.15 
 
 
973 aa  106  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1670  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.73 
 
 
965 aa  104  3e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000414451 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.34 
 
 
1034 aa  104  4e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1156  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  33.15 
 
 
974 aa  103  6e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159677  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.32 
 
 
1027 aa  103  7e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1807  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.73 
 
 
982 aa  102  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.71292 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2687  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.55 
 
 
979 aa  103  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0311  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.07 
 
 
1372 aa  103  1e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.220801 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.24 
 
 
1006 aa  102  1e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>