41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A0308 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A0308  hypothetical protein  100 
 
 
368 aa  700    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00122162 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4234  VanZ family protein  52.42 
 
 
359 aa  287  2e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.375159 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3803  VanZ like protein  44.51 
 
 
364 aa  267  2e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000277971  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0194  VanZ family protein  45.45 
 
 
398 aa  239  5e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0242473  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0382  VanZ family protein  44.51 
 
 
377 aa  228  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.361404  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0247  VanZ like protein  44.26 
 
 
384 aa  223  4e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0186575  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4924  VanZ family protein  43.75 
 
 
371 aa  214  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000201662  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0329  VanZ family protein  46.7 
 
 
372 aa  212  7e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0430449 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0264  VanZ family protein  43.41 
 
 
365 aa  206  5e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.017314  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0269  VanZ family protein  43.25 
 
 
365 aa  204  2e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.659344  hitchhiker  0.00000236322 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0380  VanZ family protein  45.79 
 
 
374 aa  171  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.414114  normal  0.323719 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0068  VanZ like protein  33.42 
 
 
440 aa  122  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0097  VanZ like protein  32.68 
 
 
416 aa  119  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0317  hypothetical protein  34.08 
 
 
408 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0172  VanZ family protein  34.17 
 
 
421 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0179  VanZ family protein  33.99 
 
 
421 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.528546  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2808  VanZ like protein  33.77 
 
 
383 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.529299 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0454  vanZ family protein  32.98 
 
 
403 aa  100  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4156  VanZ like protein  32.47 
 
 
351 aa  100  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.159968  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0435  VanZ like protein  31.48 
 
 
403 aa  99.4  8e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.407742  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2897  VanZ like protein  34.89 
 
 
383 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0823615  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2282  VanZ like protein  34.89 
 
 
383 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0495  VanZ family protein  32.58 
 
 
385 aa  99.4  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750615  normal  0.0427447 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2906  VanZ family protein  34.89 
 
 
383 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6239  VanZ like protein  32.24 
 
 
383 aa  98.2  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2449  VanZ family protein  40.54 
 
 
403 aa  97.4  3e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1801  VanZ family protein  42.86 
 
 
404 aa  96.7  5e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2946  VanZ like protein  32.55 
 
 
383 aa  96.7  7e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0209  VanZ family protein  32.99 
 
 
386 aa  96.3  7e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0407  VanZ family protein  34.08 
 
 
383 aa  89  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0301238 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0377  hypothetical protein  30.24 
 
 
397 aa  89  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1966  VanZ family protein  29.23 
 
 
364 aa  86.7  5e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3880  VanZ family protein  31.06 
 
 
375 aa  69.7  0.00000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1673  VanZ family protein  34.51 
 
 
142 aa  58.5  0.0000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1937  VanZ like protein  32.79 
 
 
429 aa  56.2  0.0000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4221  hypothetical protein  39.22 
 
 
385 aa  52.8  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.427809 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0062  hypothetical protein  37.21 
 
 
393 aa  47.8  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0228  hypothetical protein  37.21 
 
 
399 aa  47.8  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0616  hypothetical protein  37.21 
 
 
397 aa  47.4  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.787543  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1365  hypothetical protein  37.21 
 
 
248 aa  46.6  0.0007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11940  predicted integral membrane protein  31.85 
 
 
160 aa  44.3  0.004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>