54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A0034 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A0034  hypothetical protein  100 
 
 
200 aa  383  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00139041  normal  0.0848547 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0121  hypothetical protein  52.76 
 
 
280 aa  155  3e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0127527 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3447  hypothetical protein  34.12 
 
 
279 aa  64.7  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1033  hypothetical protein  32.57 
 
 
239 aa  57.8  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0842196 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0862  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  35 
 
 
295 aa  56.6  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3812  activator of osmoprotectant transporter  33.87 
 
 
228 aa  55.5  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.31951  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0245  hypothetical protein  35.67 
 
 
319 aa  54.7  0.0000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1811  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  37.84 
 
 
232 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.179036  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1671  putative solute/DNA competence effector  35.87 
 
 
237 aa  53.5  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000024891  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0169  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  34.39 
 
 
289 aa  53.9  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0459261  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2664  putative solute/DNA competence effector  35.87 
 
 
237 aa  53.5  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000764643  normal  0.0215757 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1782  putative solute/DNA competence effector  35.87 
 
 
237 aa  53.5  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0742372  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0187  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  34.39 
 
 
289 aa  53.9  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.261785  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1852  putative solute/DNA competence effector  35.42 
 
 
252 aa  52.8  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.106932  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2140  putative solute/DNA competence effector  35.79 
 
 
252 aa  52.4  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1543  putative solute/DNA competence effector  30.07 
 
 
210 aa  52  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2118  putative solute/DNA competence effector  35.56 
 
 
236 aa  52.4  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00110468  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2401  putative solute/DNA competence effector  37.78 
 
 
227 aa  52.4  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0182  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  42.67 
 
 
138 aa  51.6  0.000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.247211  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1989  putative solute/DNA competence effector  38.71 
 
 
228 aa  51.2  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00261686  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2047  putative solute/DNA competence effector  38.71 
 
 
228 aa  51.2  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.24524  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1285  putative solute/DNA competence effector  38.71 
 
 
228 aa  51.2  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000538186  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1469  putative solute/DNA competence effector  38.71 
 
 
228 aa  51.2  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00111252  normal  0.239206 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2602  putative solute/DNA competence effector  37.65 
 
 
213 aa  50.1  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02347  putative solute/DNA competence effector  37.23 
 
 
220 aa  49.7  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1922  putative solute/DNA competence effector  38.71 
 
 
232 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.31825e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2060  putative solute/DNA competence effector  36.05 
 
 
232 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000898248  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01790  hypothetical protein  38.71 
 
 
232 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01802  putative solute/DNA competence effector  38.71 
 
 
232 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2564  putative solute/DNA competence effector  36.05 
 
 
232 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000584376  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1356  putative solute/DNA competence effector  38.71 
 
 
232 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000120043  normal  0.2491 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1801  putative solute/DNA competence effector  38.71 
 
 
232 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.304179  normal  0.0872497 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003430  ProQ protein  37.23 
 
 
208 aa  49.3  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000470709  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2099  putative solute/DNA competence effector  37.63 
 
 
232 aa  48.5  0.00006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000516503  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1985  putative solute/DNA competence effector  37.63 
 
 
228 aa  48.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000228326  hitchhiker  0.0069158 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1992  putative solute/DNA competence effector  34.31 
 
 
216 aa  48.1  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00025199  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1584  putative solute/DNA competence effector  34.38 
 
 
219 aa  47.8  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.107555  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3139  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  40.54 
 
 
152 aa  47.4  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.144488  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1105  putative solute/DNA competence effector  39.76 
 
 
208 aa  47.8  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000947436  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1672  putative solute/DNA competence effector  41.27 
 
 
214 aa  47  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000366609  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1747  putative solute/DNA competence effector  41.27 
 
 
214 aa  47  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.144322  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1777  putative solute/DNA competence effector  41.27 
 
 
214 aa  47  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.205752  normal  0.103228 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2203  putative solute/DNA competence effector  38.1 
 
 
213 aa  45.1  0.0006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.702868  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2561  putative solute/DNA competence effector  38.1 
 
 
209 aa  44.3  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.33836  normal  0.0763092 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1903  putative solute/DNA competence effector  38.1 
 
 
209 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0351843  normal  0.135941 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1934  putative solute/DNA competence effector  32.94 
 
 
212 aa  43.9  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.854531  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2448  putative solute/DNA competence effector  38.1 
 
 
210 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.268471  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2441  putative solute/DNA competence effector  38.1 
 
 
210 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.254744  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2132  putative solute/DNA competence effector  38.1 
 
 
214 aa  43.5  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000562228  normal  0.054689 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2484  putative solute/DNA competence effector  38.1 
 
 
217 aa  43.9  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000695377  normal  0.223616 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1801  putative solute/DNA competence effector  38.1 
 
 
215 aa  42.4  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00925744  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0307  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  30.15 
 
 
288 aa  42  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.406422  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1844  putative solute/DNA competence effector  30.57 
 
 
243 aa  42  0.007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.790888  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1492  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  40.3 
 
 
222 aa  41.6  0.008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>