More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_2388 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011832  Mpal_2388  30S ribosomal protein S13P  100 
 
 		 151 aa  304  3e-82  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.656616 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2225  30S ribosomal protein S13P  67.55 
 
 		 153 aa  211  2.9999999999999995e-54  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2902  30S ribosomal protein S13P  66 
 
 		 151 aa  205  1e-52  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.132412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1800  30S ribosomal protein S13P  69.59 
 
 		 149 aa  205  2e-52  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.411699  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1247  30S ribosomal protein S13P  56.08 
 
 		 150 aa  177  4e-44  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.000201962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0078  30S ribosomal protein S13P  51.35 
 
 		 162 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1618  30S ribosomal protein S13P  48.61 
 
 		 159 aa  148  2e-35  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.583874  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0036  30S ribosomal protein S13P  48.63 
 
 		 148 aa  146  8e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2554  ribosomal protein S13P  47.92 
 
 		 174 aa  145  2.0000000000000003e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2524  30S ribosomal protein S13P  45.83 
 
 		 176 aa  140  6e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  decreased coverage  0.00788045  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0420  ribosomal protein S13P  46.04 
 
 		 171 aa  140  9e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2589  30S ribosomal protein S13P  47.48 
 
 		 178 aa  138  3e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.191208  normal  0.380444 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1816  30S ribosomal protein S13P  43.06 
 
 		 174 aa  137  4.999999999999999e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1396  ribosomal protein S13P  43.45 
 
 		 148 aa  134  4e-31  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.837984  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0972  30S ribosomal protein S13P  44.67 
 
 		 153 aa  130  9e-30  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0987409 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1354  30S ribosomal protein S13P  42.86 
 
 		 149 aa  125  1.0000000000000001e-28  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.239883  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0564  30S ribosomal protein S13P  42.86 
 
 		 149 aa  125  1.0000000000000001e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1421  30S ribosomal protein S13P  42.67 
 
 		 153 aa  125  1.0000000000000001e-28  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.839715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0630  30S ribosomal protein S13P  42.86 
 
 		 149 aa  124  3e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1101  30S ribosomal protein S13P  42.18 
 
 		 149 aa  123  7e-28  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0910  30S ribosomal protein S13P  41.33 
 
 		 153 aa  123  7e-28  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0274  30S ribosomal protein S13P  41.5 
 
 		 149 aa  123  8.000000000000001e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1894  30S ribosomal protein S13P  40 
 
 		 152 aa  121  3e-27  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0502  30S ribosomal protein S13P  40.82 
 
 		 162 aa  108  2.0000000000000002e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.712073  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05441  ribosomal protein S13p/S18e (AFU_orthologue; AFUA_6G13550)  39.33 
 
 		 155 aa  107  5e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.22167 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0259  30S ribosomal protein S13P  41.1 
 
 		 157 aa  99  2e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ03110  ribosomal protein S18, putative  36.24 
 
 		 155 aa  98.2  3e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.710402  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78465  ribosomal protein S18B  38.03 
 
 		 145 aa  95.9  2e-19  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_30486  predicted protein  35.04 
 
 		 146 aa  94.4  5e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1055  ribosomal protein S13P  40.41 
 
 		 165 aa  92  3e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0133675  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_29591  Ribosomal protein S18, component of cytosolic 80S ribosome and 40S small subunit  33.33 
 
 		 144 aa  86.3  1e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0325  30S ribosomal protein S13P  34.07 
 
 		 194 aa  84.3  5e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2148  30S ribosomal protein S13P  38.1 
 
 		 165 aa  80.1  0.000000000000009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00000000612517  hitchhiker  0.000312913 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1499  30S ribosomal protein S13  34.03 
 
 		 123 aa  66.6  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2434  30S ribosomal protein S13  34.03 
 
 		 123 aa  65.1  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0511  30S ribosomal protein S13  31.3 
 
 		 125 aa  64.7  0.0000000004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1005  30S ribosomal protein S13  31.25 
 
 		 124 aa  63.2  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000000343576  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3642  30S ribosomal protein S13  33.85 
 
 		 122 aa  62.4  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195969  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2929  30S ribosomal protein S13  31.94 
 
 		 123 aa  62.8  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000141788  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0447  30S ribosomal protein S13  34.48 
 
 		 123 aa  61.6  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.219651  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0338  ribosomal protein S13  31.54 
 
 		 121 aa  60.8  0.000000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0892  30S ribosomal protein S13  31.54 
 
 		 122 aa  60.5  0.000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000000337976  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0250  30S ribosomal protein S13  33.85 
 
 		 132 aa  60.1  0.000000009  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4937  30S ribosomal protein S13  30.56 
 
 		 127 aa  60.5  0.000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000115792  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0240  30S ribosomal protein S13  32.64 
 
 		 123 aa  59.7  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.696841  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1720  30S ribosomal protein S13  34.03 
 
 		 124 aa  60.1  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124945  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0311  ribosomal protein S13  30.56 
 
 		 123 aa  58.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.860174  normal  0.358609 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2666  30S ribosomal protein S13  29.23 
 
 		 122 aa  59.3  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1170  30S ribosomal protein S13  33.08 
 
 		 124 aa  59.3  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.716485  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0439  ribosomal protein S13  33.33 
 
 		 125 aa  58.9  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00237388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0725  30S ribosomal protein S13  31.54 
 
 		 122 aa  58.2  0.00000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.848573  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0427  30S ribosomal protein S13  28.46 
 
 		 118 aa  57.8  0.00000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.137933 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0740  ribosomal protein S13  31.25 
 
 		 124 aa  57.8  0.00000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3982  30S ribosomal protein S13  30 
 
 		 127 aa  57.4  0.00000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0746926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1044  30S ribosomal protein S13  28.46 
 
 		 121 aa  57  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2307  30S ribosomal protein S13  30 
 
 		 122 aa  57  0.00000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00023627  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1317  30S ribosomal protein S13  32.31 
 
 		 125 aa  57  0.00000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000394298  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0250  ribosomal protein S13  30.56 
 
 		 123 aa  57  0.00000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000527618  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1369  30S ribosomal protein S13  32.31 
 
 		 125 aa  57  0.00000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000385836  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03149  30S ribosomal protein S13  30 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0567144  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000053345  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3781  30S ribosomal protein S13  30 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000117376  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3492  30S ribosomal protein S13  30 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000957981  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0415  30S ribosomal protein S13  30 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000337677  unclonable  0.000000013853 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03100  hypothetical protein  30 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0375392  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0302  30S ribosomal protein S13  31.54 
 
 		 120 aa  57  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000420412  hitchhiker  0.0000142456 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3684  30S ribosomal protein S13  30 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000603669  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3593  30S ribosomal protein S13  30 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00190616  normal  0.0522368 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4620  30S ribosomal protein S13  30 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000695624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0859  30S ribosomal protein S13  30 
 
 		 118 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2834  30S ribosomal protein S13  31.54 
 
 		 122 aa  55.1  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.161157  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3686  30S ribosomal protein S13  29.23 
 
 		 118 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0131343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3613  30S ribosomal protein S13  29.23 
 
 		 118 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000260189  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3721  30S ribosomal protein S13  29.23 
 
 		 118 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0277516  normal  0.14692 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01420  ribosomal protein S13  29.86 
 
 		 122 aa  55.5  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000243035  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2131  30S ribosomal protein S13  34.88 
 
 		 122 aa  55.5  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0523363  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0784  30S ribosomal protein S13  30.77 
 
 		 122 aa  55.5  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0056634  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0869  30S ribosomal protein S13  27.69 
 
 		 122 aa  55.1  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000182214  hitchhiker  0.00600411 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3614  30S ribosomal protein S13  29.23 
 
 		 118 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00105943  normal  0.48549 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3784  30S ribosomal protein S13  29.23 
 
 		 118 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0191543  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3970  ribosomal protein S13  29.23 
 
 		 121 aa  55.1  0.0000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1550  ribosomal protein S13  30 
 
 		 114 aa  54.7  0.0000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0789  30S ribosomal protein S13  26.92 
 
 		 125 aa  55.1  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0549018  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0567  30S ribosomal protein S13  28.46 
 
 		 122 aa  54.7  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.625639 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3729  30S ribosomal protein S13  29.23 
 
 		 118 aa  54.7  0.0000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00146964  hitchhiker  0.00425653 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3139  30S ribosomal protein S13  29.23 
 
 		 125 aa  54.7  0.0000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.111016  normal  0.558725 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_441  ribosomal protein S13  28.46 
 
 		 129 aa  53.9  0.0000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000306085  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4668  30S ribosomal protein S13  27.69 
 
 		 118 aa  53.9  0.0000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000130627  unclonable  0.00000000812252 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0342  30S ribosomal protein S13  28.46 
 
 		 120 aa  53.5  0.0000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000749433  unclonable  0.0000000390706 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4297  30S ribosomal protein S13  26.92 
 
 		 118 aa  53.5  0.0000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000201851  unclonable  0.0000000000355605 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1579  30S ribosomal protein S13  28.46 
 
 		 124 aa  53.5  0.0000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743687  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1807  30S ribosomal protein S13  29.23 
 
 		 121 aa  53.1  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.258513  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2686  30S ribosomal protein S13  30.77 
 
 		 122 aa  53.1  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000961805  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3893  30S ribosomal protein S13  27.69 
 
 		 118 aa  53.5  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000123367  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1089  30S ribosomal protein S13  30 
 
 		 122 aa  52.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0717686  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3304  30S ribosomal protein S13  30 
 
 		 122 aa  53.5  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0001925 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2294  30S ribosomal protein S13  30.77 
 
 		 121 aa  53.1  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2253  30S ribosomal protein S13  30.77 
 
 		 121 aa  53.1  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.025499  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0374  30S ribosomal protein S13  30.77 
 
 		 124 aa  52.8  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05835  30S ribosomal protein S13  30 
 
 		 124 aa  53.5  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.147231  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>