More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_2378 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011832  Mpal_2378  30S ribosomal protein S2  100 
 
 
202 aa  413  9.999999999999999e-116  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.00361654  normal  0.260163 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2215  30S ribosomal protein S2  81.41 
 
 
203 aa  345  4e-94  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1810  30S ribosomal protein S2  77.56 
 
 
205 aa  338  2.9999999999999998e-92  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1237  30S ribosomal protein S2  70.35 
 
 
202 aa  302  3.0000000000000004e-81  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.161578  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2892  30S ribosomal protein S2  71.29 
 
 
202 aa  290  1e-77  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.00129354  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1826  30S ribosomal protein S2  62.43 
 
 
268 aa  266  1e-70  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2514  30S ribosomal protein S2  60.32 
 
 
267 aa  264  5e-70  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2599  30S ribosomal protein S2  61.9 
 
 
259 aa  264  8.999999999999999e-70  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.11317 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0430  ribosomal protein S2  60.31 
 
 
263 aa  263  1e-69  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.748529  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2393  30S ribosomal protein S2  61.9 
 
 
214 aa  263  1e-69  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000018478  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2544  ribosomal protein S2  58.76 
 
 
269 aa  259  2e-68  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0478  30S ribosomal protein S2  61.14 
 
 
206 aa  254  5e-67  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1423  30S ribosomal protein S2  58.2 
 
 
247 aa  249  2e-65  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.017125 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1302  ribosomal protein S2  56.57 
 
 
199 aa  234  7e-61  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.29354  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0759  30S ribosomal protein S2  52.66 
 
 
220 aa  219  3e-56  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.817066  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1524  30S ribosomal protein S2  53.41 
 
 
221 aa  214  5e-55  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.524219  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1693  30S ribosomal protein S2  51.06 
 
 
221 aa  214  5e-55  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0219  30S ribosomal protein S2  52.84 
 
 
221 aa  214  8e-55  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.664063  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0907  30S ribosomal protein S2  51.7 
 
 
220 aa  212  3.9999999999999995e-54  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2140  30S ribosomal protein S2  47.96 
 
 
225 aa  204  5e-52  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000050996  hitchhiker  0.0000667505 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1047  ribosomal protein S2  49.44 
 
 
226 aa  204  7e-52  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.269348  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0274  30S ribosomal protein S2  48.94 
 
 
214 aa  200  9.999999999999999e-51  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0058  30S ribosomal protein S2  48.11 
 
 
206 aa  184  9e-46  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0190126 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0027  30S ribosomal protein S2  48.04 
 
 
208 aa  182  3e-45  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0061  30S ribosomal protein S2  45.74 
 
 
208 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.924609  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1104  30S ribosomal protein S2  47.49 
 
 
207 aa  180  1e-44  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0316  30S ribosomal protein S2  43.32 
 
 
207 aa  168  6e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03172  40S ribosomal protein S0 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5B8F8]  40.54 
 
 
293 aa  161  7e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.51633 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_13682  predicted protein  38.27 
 
 
220 aa  158  5e-38  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_2002  30S ribosomal protein S2  37.7 
 
 
215 aa  154  9e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI04340  40S ribosomal protein S0, putative  35.98 
 
 
292 aa  154  1e-36  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.220661  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_76999  ribosomal protein S0A  37.85 
 
 
261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.937942  normal 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_12355  Ribosomal protein Sa, component of cytosolic 80S ribosome and 40S small subunit  33.88 
 
 
290 aa  135  3.0000000000000003e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.30496  normal  0.113443 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1966  ribosomal protein S2  27.68 
 
 
251 aa  78.6  0.00000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0450512 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1780  30S ribosomal protein S2  25.45 
 
 
243 aa  75.5  0.0000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000158872  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1238  30S ribosomal protein S2  28.64 
 
 
259 aa  74.3  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000341164  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2033  30S ribosomal protein S2  25.47 
 
 
235 aa  72.4  0.000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1316  30S ribosomal protein S2  25 
 
 
255 aa  71.6  0.000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000315088  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1341  30S ribosomal protein S2  25 
 
 
255 aa  71.6  0.000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000466794  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1141  30S ribosomal protein S2  25 
 
 
235 aa  70.5  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000168885  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0823  30S ribosomal protein S2  24.43 
 
 
262 aa  69.7  0.00000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1419  ribosomal protein S2  25 
 
 
233 aa  67.4  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000375862  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1510  30S ribosomal protein S2  25.21 
 
 
274 aa  67.4  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.954561  normal  0.0221668 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0026  30S ribosomal protein S2  31.21 
 
 
351 aa  67.4  0.0000000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0105  30S ribosomal protein S2  25.47 
 
 
255 aa  66.2  0.0000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000131996  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2860  30S ribosomal protein S2  25 
 
 
253 aa  65.5  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1661  30S ribosomal protein S2  25.47 
 
 
235 aa  65.5  0.0000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151826  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0648  ribosomal protein S2  23.77 
 
 
324 aa  65.5  0.0000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.154128  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2455  30S ribosomal protein S2  25.11 
 
 
255 aa  65.5  0.0000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000036372  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1433  30S ribosomal protein S2  25.56 
 
 
251 aa  65.5  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0086997 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1199  30S ribosomal protein S2  24.26 
 
 
258 aa  64.7  0.0000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0195465  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1427  SSU ribosomal protein S2P  24.06 
 
 
232 aa  64.7  0.0000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000006523  normal  0.078034 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2708  30S ribosomal protein S2  26.07 
 
 
257 aa  64.7  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52443  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0957  ribosomal protein S2  24.15 
 
 
280 aa  63.9  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0371  30S ribosomal protein S2  26.42 
 
 
291 aa  63.9  0.000000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1032  SSU ribosomal protein S2P  24.53 
 
 
238 aa  64.3  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000205725  unclonable  0.0000000105333 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1816  30S ribosomal protein S2  25.82 
 
 
257 aa  63.9  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000541904  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0166  30S ribosomal protein S2  25 
 
 
260 aa  63.5  0.000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000940316  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3839  30S ribosomal protein S2  23.38 
 
 
233 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.22661e-62 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3868  30S ribosomal protein S2  23.38 
 
 
233 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000560898  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3678  30S ribosomal protein S2  23.38 
 
 
233 aa  63.2  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000000860084  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3568  30S ribosomal protein S2  23.38 
 
 
233 aa  63.2  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.7831e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3586  30S ribosomal protein S2  23.38 
 
 
233 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000193043  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0164  30S ribosomal protein S2  25 
 
 
262 aa  63.5  0.000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0442  30S ribosomal protein S2  24.53 
 
 
252 aa  63.2  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000051714  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3965  30S ribosomal protein S2  23.38 
 
 
233 aa  63.2  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000002868  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2306  30S ribosomal protein S2  23.81 
 
 
276 aa  63.5  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.690808  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0563  30S ribosomal protein S2  26.89 
 
 
301 aa  63.9  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00000123477  normal  0.223242 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1398  SSU ribosomal protein S2P  25.11 
 
 
306 aa  63.9  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000184086  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0926  30S ribosomal protein S2  25.47 
 
 
257 aa  63.9  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0148572  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3874  30S ribosomal protein S2  23.38 
 
 
233 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000491144  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2044  30S ribosomal protein S2  26.07 
 
 
257 aa  63.5  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000116198  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2680  30S ribosomal protein S2  24.3 
 
 
246 aa  62.8  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000034456  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1006  30S ribosomal protein S2  25.47 
 
 
252 aa  63.2  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000128012  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0684  30S ribosomal protein S2  25 
 
 
262 aa  62.8  0.000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000550841  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2733  ribosomal protein S2  25.59 
 
 
271 aa  63.2  0.000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  3.36757e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0284  30S ribosomal protein S2  24.57 
 
 
314 aa  62.4  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.522399  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08130  SSU ribosomal protein S2P  24.23 
 
 
250 aa  62.4  0.000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000058431  unclonable  0.00000000192008 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12270  SSU ribosomal protein S2P  23.5 
 
 
294 aa  62.4  0.000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.0000000736157  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3650  30S ribosomal protein S2  23.38 
 
 
233 aa  62.4  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000272591  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1978  30S ribosomal protein S2  24.06 
 
 
232 aa  62.4  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000338661  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1318  30S ribosomal protein S2  23.53 
 
 
233 aa  62  0.000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000762012  hitchhiker  4.07369e-17 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0295  30S ribosomal protein S2  24.57 
 
 
343 aa  62  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0422466  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3925  30S ribosomal protein S2  23.53 
 
 
233 aa  62  0.000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000230027  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3709  30S ribosomal protein S2  22.64 
 
 
244 aa  62  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000237071  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0273  30S ribosomal protein S2  24.78 
 
 
301 aa  61.6  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2479  30S ribosomal protein S2  22.94 
 
 
233 aa  61.6  0.000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000168536  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2756  30S ribosomal protein S2  25.45 
 
 
255 aa  60.8  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000868227  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1485  30S ribosomal protein S2  25.45 
 
 
255 aa  60.8  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00136898 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3517  ribosomal protein S2  26.73 
 
 
420 aa  61.2  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0606  ribosomal protein S2  23.66 
 
 
244 aa  61.2  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000185332  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2019  30S ribosomal protein S2  24.64 
 
 
262 aa  61.2  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00418742 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3733  30S ribosomal protein S2  27.01 
 
 
256 aa  60.8  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000926335  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0742  ribosomal protein S2  23.5 
 
 
281 aa  60.1  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000127244  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0359  30S ribosomal protein S2  23.47 
 
 
245 aa  60.5  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.00000000354346  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1520  ribosomal protein S2  25.47 
 
 
289 aa  60.5  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1484  ribosomal protein S2  25.79 
 
 
326 aa  60.1  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.068355  normal  0.329281 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0626  ribosomal protein S2  23.79 
 
 
237 aa  60.5  0.00000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.761856  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1049  30S ribosomal protein S2  22.84 
 
 
264 aa  60.1  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0905437  normal  0.331293 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0882  ribosomal protein S2  24.53 
 
 
236 aa  60.1  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000183579  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>