225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_1271 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011832  Mpal_1271  integrase family protein  100 
 
 
180 aa  374  1e-103  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0155306  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0506  phage integrase family protein  33.1 
 
 
424 aa  91.7  5e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1002  phage integrase  33.83 
 
 
408 aa  79  0.00000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.606138  decreased coverage  0.00492215 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  32.54 
 
 
315 aa  64.7  0.0000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1239  hypothetical protein  29.05 
 
 
299 aa  62  0.000000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.968724 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0590  tyrosine recombinase XerD  30.77 
 
 
306 aa  58.9  0.00000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  29.58 
 
 
308 aa  58.9  0.00000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2320  phage integrase  26.76 
 
 
379 aa  58.5  0.00000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.971576  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  29.01 
 
 
299 aa  56.6  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  28.37 
 
 
303 aa  56.2  0.0000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0325  tyrosine recombinase XerC  26.52 
 
 
297 aa  56.2  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2299  phage integrase  25.66 
 
 
342 aa  55.5  0.0000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.72 
 
 
296 aa  55.1  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  29.55 
 
 
305 aa  55.1  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  29.89 
 
 
309 aa  54.7  0.0000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.2 
 
 
298 aa  54.3  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  28.24 
 
 
308 aa  53.9  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  30 
 
 
295 aa  54.3  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  29.23 
 
 
299 aa  53.1  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  28.03 
 
 
308 aa  53.5  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  25.19 
 
 
310 aa  52.8  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  28.35 
 
 
291 aa  52.8  0.000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  26.71 
 
 
277 aa  52.8  0.000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  27.54 
 
 
298 aa  52.8  0.000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  25.87 
 
 
295 aa  52  0.000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  29.37 
 
 
303 aa  51.6  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2316  phage integrase  25.6 
 
 
214 aa  51.6  0.000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2544  tyrosine recombinase XerC  27.78 
 
 
318 aa  51.6  0.000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.774585  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  30 
 
 
290 aa  51.6  0.000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  23.44 
 
 
304 aa  51.2  0.000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  27.56 
 
 
299 aa  51.6  0.000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2063  tyrosine recombinase XerD  27.92 
 
 
290 aa  50.4  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1777  tyrosine recombinase XerD  27.92 
 
 
290 aa  50.4  0.00001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2471  tyrosine recombinase XerC subunit  30.53 
 
 
308 aa  50.8  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0340389  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  26.15 
 
 
304 aa  50.8  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4851  integrase family protein  27.63 
 
 
294 aa  50.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.93 
 
 
298 aa  49.7  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  29.93 
 
 
298 aa  49.7  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04122  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.78 
 
 
305 aa  49.7  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  26.92 
 
 
304 aa  50.1  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.93 
 
 
298 aa  49.7  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  25.71 
 
 
294 aa  50.1  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  29.93 
 
 
298 aa  49.7  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.93 
 
 
298 aa  49.7  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0359  tyrosine recombinase XerD  28.14 
 
 
290 aa  50.1  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00723526 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.93 
 
 
298 aa  49.7  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3195  hypothetical protein  34.15 
 
 
156 aa  49.7  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5470  tyrosine recombinase XerD  26.72 
 
 
316 aa  49.7  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.602612  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.19 
 
 
298 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.93 
 
 
298 aa  49.7  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  27.89 
 
 
301 aa  49.7  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.93 
 
 
298 aa  49.7  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.93 
 
 
298 aa  49.7  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.56 
 
 
299 aa  50.1  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  26.81 
 
 
306 aa  50.1  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.93 
 
 
298 aa  49.7  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.93 
 
 
298 aa  49.7  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.93 
 
 
298 aa  49.7  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.52 
 
 
298 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4127  tyrosine recombinase XerC  25.4 
 
 
301 aa  49.7  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.442069 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.93 
 
 
298 aa  49.7  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0201  tyrosine recombinase XerC subunit  29.6 
 
 
345 aa  49.3  0.00003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000601095 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  26.03 
 
 
310 aa  49.3  0.00003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  25.35 
 
 
302 aa  48.9  0.00003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0585  integrase family protein  27.73 
 
 
251 aa  48.9  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  23.48 
 
 
298 aa  49.3  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  27.59 
 
 
291 aa  49.3  0.00003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 
300 aa  49.3  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  26.98 
 
 
306 aa  49.3  0.00003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0569  integrase family protein  27.73 
 
 
251 aa  48.9  0.00004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0286562 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  24 
 
 
307 aa  48.9  0.00004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.93 
 
 
298 aa  48.9  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.25 
 
 
298 aa  48.5  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2797  tyrosine recombinase XerD  27.27 
 
 
298 aa  48.1  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.650693  normal  0.205647 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  23.85 
 
 
305 aa  48.5  0.00006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0350  phage integrase family protein  29.92 
 
 
341 aa  47.8  0.00007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000105216  hitchhiker  0.0000498769 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0221  phage integrase  29.6 
 
 
349 aa  48.1  0.00007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.118358  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.4 
 
 
298 aa  48.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  26.19 
 
 
304 aa  48.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0825  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.47 
 
 
277 aa  47.8  0.00008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104756  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.94 
 
 
294 aa  47.8  0.00008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  29.66 
 
 
301 aa  47.8  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 
299 aa  47.4  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  26.71 
 
 
305 aa  47  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09860  tyrosine recombinase XerC subunit  26.43 
 
 
329 aa  47  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11170  site-specific recombinase XerD  28.91 
 
 
336 aa  47  0.0001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0225756  normal 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5548  integrase family protein  27.92 
 
 
289 aa  47  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  30.61 
 
 
299 aa  46.6  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  28.47 
 
 
319 aa  46.6  0.0002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.57 
 
 
317 aa  46.6  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1432  tyrosine recombinase XerD  26.25 
 
 
321 aa  46.2  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0895087  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.57 
 
 
318 aa  46.6  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  25.19 
 
 
283 aa  46.2  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  24.03 
 
 
301 aa  46.6  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4306  integrase/recombinase XerC  22.22 
 
 
299 aa  45.8  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3894  tyrosine recombinase XerC  23.58 
 
 
306 aa  45.8  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533729 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.93 
 
 
299 aa  45.8  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  24 
 
 
290 aa  45.8  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3993  tyrosine recombinase XerC  23.58 
 
 
306 aa  45.8  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  28.57 
 
 
305 aa  45.8  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>