39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_0397 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011832  Mpal_0397  putative RNA-binding protein  100 
 
 
165 aa  338  2e-92  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0688131 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0231  putative RNA-binding protein  61.21 
 
 
165 aa  218  3e-56  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.422543  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3058  putative RNA-binding protein  58.54 
 
 
165 aa  212  1.9999999999999998e-54  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0148  putative RNA-binding protein  54.55 
 
 
165 aa  203  8e-52  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.026046  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0092  putative RNA-binding protein  56.36 
 
 
170 aa  194  5.000000000000001e-49  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0182  putative RNA-binding protein  42.86 
 
 
161 aa  137  6e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0233  putative RNA-binding protein  40.62 
 
 
161 aa  127  6e-29  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.161468  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0187  putative RNA-binding protein  42.24 
 
 
182 aa  120  6e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.164095  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0751  putative RNA-binding protein  40 
 
 
158 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0461148  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3096  PUA domain containing protein  39.38 
 
 
159 aa  108  4.0000000000000004e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0894  putative RNA-binding protein  42.34 
 
 
159 aa  105  3e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1052  putative RNA-binding protein  42.34 
 
 
159 aa  105  3e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1481  PUA domain containing protein  39.75 
 
 
159 aa  104  7e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0035  putative RNA-binding protein  38.51 
 
 
160 aa  103  8e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.0118889 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1070  putative RNA-binding protein  42.34 
 
 
159 aa  102  3e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1622  putative RNA-binding protein  38.74 
 
 
159 aa  99.4  2e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0427  PUA domain containing protein  35.19 
 
 
159 aa  99  3e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0141  putative RNA-binding protein  32.74 
 
 
167 aa  89.4  2e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0681  putative RNA-binding protein  38.89 
 
 
172 aa  87.8  6e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.384245  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1654  putative RNA-binding protein  34.97 
 
 
172 aa  87.4  7e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.00738213 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0859  PUA domain containing protein  34.38 
 
 
151 aa  87.4  9e-17  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0597  putative RNA-binding protein  30.38 
 
 
168 aa  81.6  0.000000000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1989  putative RNA-binding protein  32.86 
 
 
174 aa  75.1  0.0000000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0193  putative RNA-binding protein  28.21 
 
 
155 aa  75.1  0.0000000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.0504341 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1050  PUA domain-containing protein  28.74 
 
 
174 aa  71.6  0.000000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0861537  decreased coverage  0.00000000242397 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0695  PUA domain-containing protein  38.55 
 
 
158 aa  68.2  0.00000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0310  PUA domain-containing protein  36.36 
 
 
151 aa  66.2  0.0000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0973  Protein of unknown function DUF1947  24.36 
 
 
152 aa  65.9  0.0000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.996917  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_53664  predicted protein  28.93 
 
 
179 aa  61.6  0.000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.24175  normal  0.0700588 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43572  predicted protein  30.4 
 
 
177 aa  58.2  0.00000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.291748 
 
 
-
 
NC_006680  CNK01450  hypothetical protein  25 
 
 
253 aa  50.1  0.00001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.236397  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1077  PUA domain-containing protein  31.96 
 
 
149 aa  47.4  0.00008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_16787  predicted protein  24.03 
 
 
205 aa  45.8  0.0002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1929  hypothetical protein  24.46 
 
 
633 aa  44.7  0.0006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.986915  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1195  phosphoadenosine phosphosulfate reductase  30.77 
 
 
580 aa  44.7  0.0006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.500722  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10175  PUA RNA binding domain protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G09810)  25.6 
 
 
194 aa  43.9  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.316973 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0759  gamma-glutamyl kinase  44.44 
 
 
393 aa  41.2  0.006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.235369  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4832  gamma-glutamyl kinase  33.04 
 
 
365 aa  41.2  0.006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0966  gamma-glutamyl kinase  38.57 
 
 
369 aa  40.8  0.01  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>