More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5123 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_5123  Patatin  100 
 
 
354 aa  701    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3230  patatin  86.4 
 
 
352 aa  556  1e-157  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.000670188  normal  0.378234 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2220  Patatin  59.39 
 
 
351 aa  330  2e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0960823 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2263  patatin  60 
 
 
352 aa  329  6e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.622551  normal  0.202768 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0353  Patatin  57.05 
 
 
321 aa  325  8.000000000000001e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.016762 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2538  Patatin  57.66 
 
 
352 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.54485 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4637  patatin  58.9 
 
 
327 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0400128 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1647  patatin  57.53 
 
 
373 aa  312  4.999999999999999e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5212  hypothetical protein  53 
 
 
343 aa  303  4.0000000000000003e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0388322 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3270  patatin  53.04 
 
 
390 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00368888 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2155  patatin  51.45 
 
 
345 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0598189 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1324  patatin  50.8 
 
 
348 aa  292  7e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1650  patatin  50.49 
 
 
347 aa  287  2e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1002  patatin  49.52 
 
 
326 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3892  Patatin  51.29 
 
 
343 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2051  Patatin  48.79 
 
 
320 aa  282  6.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1047  patatin  50.91 
 
 
321 aa  278  7e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1851  Patatin  49.53 
 
 
320 aa  278  8e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.202121  normal  0.0299677 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3127  patatin  52.41 
 
 
344 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.238367  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2662  patatin  44.41 
 
 
368 aa  274  2.0000000000000002e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.31003  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1077  hypothetical protein  51.51 
 
 
315 aa  271  2e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1043  hypothetical protein  51.51 
 
 
315 aa  270  2.9999999999999997e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.175435  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0457  patatin  48.1 
 
 
322 aa  265  5.999999999999999e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.98723  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2160  patatin  48.4 
 
 
314 aa  265  8e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.18662  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1469  patatin  46.82 
 
 
323 aa  248  1e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.434308  normal  0.0917321 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2204  hypothetical protein  47.31 
 
 
316 aa  247  2e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.772676  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3078  Patatin  44.41 
 
 
305 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1673  Patatin  44.73 
 
 
316 aa  241  1e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.797589  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0164  patatin  46.31 
 
 
300 aa  241  1e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2082  patatin  45.34 
 
 
316 aa  241  2e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00726346  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0681  patatin-like phospholipase family protein  43.23 
 
 
299 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0830  Patatin  43.23 
 
 
299 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.00263851  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0455  patatin  43.69 
 
 
323 aa  235  8e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3593  patatin  43.52 
 
 
335 aa  234  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0017391  normal  0.0781992 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0057  hypothetical protein  45.13 
 
 
310 aa  230  3e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1014  hypothetical protein  41.18 
 
 
292 aa  227  2e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0981  hypothetical protein  41.69 
 
 
292 aa  228  2e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2928  putative patatin-like phospholipase  46.47 
 
 
317 aa  227  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.793052  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2063  patatin  40.12 
 
 
327 aa  226  6e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.340331  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0963  hypothetical protein  43.34 
 
 
335 aa  224  1e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.12534  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1553  Patatin  46.23 
 
 
317 aa  225  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2711  hypothetical protein  41.12 
 
 
301 aa  225  1e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.415635  hitchhiker  0.000234517 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2202  hypothetical protein  42.33 
 
 
304 aa  223  3e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02066  Alpha-beta superfamily hydrolase  39.22 
 
 
341 aa  223  3e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.191393  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1399  hypothetical protein  39.53 
 
 
301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1274  hypothetical protein  42.39 
 
 
311 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00136358 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1719  hypothetical protein  39.53 
 
 
314 aa  220  3e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00963629  normal  0.824632 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1907  hypothetical protein  39.53 
 
 
314 aa  220  3e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.163252  normal  0.264575 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1978  hypothetical protein  39.4 
 
 
301 aa  220  3e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1342  hypothetical protein  39.2 
 
 
301 aa  219  6e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00416031  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01210  hypothetical protein  39.2 
 
 
314 aa  219  7e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.287845  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2415  Patatin  39.2 
 
 
314 aa  219  7e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000138692  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01220  hypothetical protein  39.2 
 
 
314 aa  219  7e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.237609  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2393  hypothetical protein  39.2 
 
 
314 aa  219  7e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000191972 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1960  hypothetical protein  40.13 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1944  hypothetical protein  40 
 
 
301 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1383  hypothetical protein  38.87 
 
 
301 aa  216  4e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.117761  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1418  patatin  39.75 
 
 
333 aa  216  4e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.84629  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2279  hypothetical protein  38.76 
 
 
303 aa  216  5e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1793  patatin  44.14 
 
 
343 aa  215  8e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.810977 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1391  hypothetical protein  39.67 
 
 
301 aa  215  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.4061  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1887  hypothetical protein  39.67 
 
 
301 aa  215  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.261271  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1881  hypothetical protein  39.67 
 
 
301 aa  215  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.256375  normal  0.486913 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1574  hypothetical protein  39.67 
 
 
301 aa  215  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3119  Patatin  42.81 
 
 
324 aa  210  4e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2444  patatin  39.26 
 
 
312 aa  209  8e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4178  patatin  42.53 
 
 
323 aa  207  3e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.222124  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5557  patatin  42.24 
 
 
323 aa  207  3e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2623  patatin  40.81 
 
 
328 aa  205  8e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0385483  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2451  patatin  41.35 
 
 
343 aa  204  2e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000295185 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1646  patatin  41.61 
 
 
315 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.183698  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1683  patatin  41.61 
 
 
315 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.234772  normal  0.666571 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1661  patatin  41.61 
 
 
315 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2697  Patatin  41.61 
 
 
315 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00646422  hitchhiker  0.0000697088 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1593  Patatin  39.81 
 
 
340 aa  199  6e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3052  patatin  42.14 
 
 
311 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.443611  normal  0.0107165 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2309  hypothetical protein  38.31 
 
 
300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2884  Patatin  39.42 
 
 
315 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1538  patatin  42.61 
 
 
320 aa  192  5e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.546797  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2513  patatin  41.18 
 
 
315 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000191978 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2443  patatin  41.32 
 
 
315 aa  191  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000356769 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2605  patatin  42.01 
 
 
315 aa  191  2e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2836  hypothetical protein  41.05 
 
 
315 aa  189  7e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1595  patatin  40.91 
 
 
310 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.613745  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2188  putative phospholipase  34.68 
 
 
293 aa  182  8.000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2126  patatin  32.79 
 
 
304 aa  181  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.375829  hitchhiker  0.00774444 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0488  patatin  35.41 
 
 
313 aa  179  4.999999999999999e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000268881  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3633  hypothetical protein  33.04 
 
 
345 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.320568  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43300  hypothetical protein  33.04 
 
 
345 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.882188  normal  0.835077 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2826  patatin-like phospholipase family protein  33.22 
 
 
295 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.801002  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11081  hypothetical protein  34.54 
 
 
360 aa  171  2e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000132492  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2456  patatin  33.84 
 
 
336 aa  169  6e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2469  patatin  34.62 
 
 
347 aa  168  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.504238  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4687  patatin  34.35 
 
 
333 aa  167  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.257253  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10170  FabD/lysophospholipase-like protein  34.28 
 
 
329 aa  166  5e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.280701  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0190  Patatin  31.75 
 
 
314 aa  166  6.9999999999999995e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2071  Patatin  35.35 
 
 
325 aa  165  8e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.157936  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3464  patatin  32.14 
 
 
346 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000102358 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4027  patatin  32.65 
 
 
345 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.353324  normal  0.57663 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1747  patatin  33.33 
 
 
346 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000400605 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>