More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmcs_2100 on replicon NC_008146
Organism: Mycobacterium sp. MCS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0213  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  66.99 
 
 
926 aa  954    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1068  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  69.52 
 
 
773 aa  1030    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.63376  normal  0.0171355 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2083  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 
759 aa  1524    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.408201  normal  0.158604 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2164  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  83.27 
 
 
759 aa  1226    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00328934  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0784  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  69.58 
 
 
767 aa  1045    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1189  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  70 
 
 
729 aa  1017    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.266903 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2221  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  79.5 
 
 
750 aa  1136    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000781302  normal  0.116464 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.26 
 
 
786 aa  1052    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.133995  hitchhiker  0.000450974 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09250  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  69.82 
 
 
842 aa  1041    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1664  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  67.5 
 
 
913 aa  956    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.123997  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3324  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  70.51 
 
 
775 aa  1038    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.109983  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23380  guanosine pentaphosphate synthetase I/polynucleotide phosphorylase  72.29 
 
 
735 aa  1018    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0262857 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1439  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  71.84 
 
 
752 aa  1014    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000130923 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2478  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  71.75 
 
 
744 aa  1056    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0963383  normal  0.320365 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1025  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.94 
 
 
735 aa  1075    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07100  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  69.75 
 
 
753 aa  1020    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0664507  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1466  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74 
 
 
746 aa  1027    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.859477  normal  0.095353 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3555  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  69.66 
 
 
729 aa  1016    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.50127 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3583  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  70.21 
 
 
770 aa  1036    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5823  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  81.47 
 
 
747 aa  1191    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.410349  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1738  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  84.88 
 
 
750 aa  1251    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1381  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.7 
 
 
785 aa  1046    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.491374  normal  0.832187 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0643  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  55.54 
 
 
792 aa  771    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2132  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  70.58 
 
 
773 aa  1059    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14690  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  78.68 
 
 
823 aa  1171    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.423913  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2100  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 
759 aa  1524    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0644051  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10380  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  68.82 
 
 
753 aa  1001    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0265534  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1217  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  73.64 
 
 
744 aa  1023    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.118879  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12796  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  85.54 
 
 
752 aa  1296    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3954  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  77.59 
 
 
762 aa  1129    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0796905  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1518  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  73 
 
 
744 aa  1053    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.734214  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1434  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  71.15 
 
 
746 aa  1019    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.153931  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1508  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  71.83 
 
 
782 aa  1032    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.604737  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7876  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.9 
 
 
737 aa  1114    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.017282 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4023  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  92.27 
 
 
756 aa  1360    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.688268  normal  0.0248792 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3177  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.64 
 
 
742 aa  1073    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5112  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  71.73 
 
 
825 aa  1031    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.191033  normal  0.121153 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 
759 aa  1524    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0744177 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0035  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  71.49 
 
 
791 aa  1042    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2350  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  93.46 
 
 
754 aa  1356    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.78802  decreased coverage  0.00350864 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3670  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.99 
 
 
723 aa  609  1e-173  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.443696  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3180  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.04 
 
 
746 aa  602  1.0000000000000001e-171  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.846647 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2522  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.15 
 
 
755 aa  601  1e-170  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.01 
 
 
686 aa  600  1e-170  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00293848  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.02 
 
 
700 aa  600  1e-170  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000990055  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.52 
 
 
714 aa  597  1e-169  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1450  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  44.67 
 
 
718 aa  596  1e-169  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.103052  normal  0.272177 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07900  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.44 
 
 
705 aa  596  1e-169  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.29 
 
 
722 aa  596  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.92 
 
 
703 aa  598  1e-169  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.80141  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.95 
 
 
700 aa  592  1e-168  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.66 
 
 
700 aa  594  1e-168  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.43 
 
 
714 aa  593  1e-168  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.01 
 
 
715 aa  593  1e-168  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0436  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.02 
 
 
722 aa  591  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1442  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.94 
 
 
735 aa  590  1e-167  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.46 
 
 
718 aa  589  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0939  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.31 
 
 
739 aa  591  1e-167  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.57478  normal  0.652932 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1161  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.97 
 
 
712 aa  592  1e-167  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000184021  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1707  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.71 
 
 
703 aa  589  1e-167  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4396  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.5 
 
 
745 aa  585  1e-166  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.735081 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.93 
 
 
718 aa  588  1e-166  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4027  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.5 
 
 
752 aa  585  1e-166  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.749576  normal  0.189287 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3232  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.6 
 
 
761 aa  587  1e-166  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.555601 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.66 
 
 
720 aa  588  1e-166  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.76 
 
 
690 aa  582  1.0000000000000001e-165  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2448  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.8 
 
 
715 aa  584  1.0000000000000001e-165  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.257146  normal  0.977179 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.62 
 
 
692 aa  582  1.0000000000000001e-165  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3556  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.83 
 
 
702 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000150136 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.9 
 
 
710 aa  583  1.0000000000000001e-165  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4507  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.36 
 
 
745 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.398327 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.45 
 
 
720 aa  582  1.0000000000000001e-165  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3055  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.85 
 
 
704 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000445882  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.17 
 
 
699 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000390234  hitchhiker  0.0000000630128 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1950  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.69 
 
 
740 aa  584  1.0000000000000001e-165  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.139447  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0541  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  44.51 
 
 
711 aa  579  1e-164  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.33 
 
 
697 aa  581  1e-164  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3647  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.03 
 
 
711 aa  580  1e-164  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2829  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.05 
 
 
699 aa  582  1e-164  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000362505  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1007  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.42 
 
 
693 aa  582  1e-164  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0328519  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.89 
 
 
705 aa  580  1e-164  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4483  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.03 
 
 
711 aa  580  1e-164  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1133  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.66 
 
 
699 aa  581  1e-164  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000984141  unclonable  0.0000000000121656 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0534  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.03 
 
 
711 aa  579  1e-164  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000544711 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3384  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.97 
 
 
704 aa  580  1e-164  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000712799  hitchhiker  0.00355536 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0369  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.78 
 
 
717 aa  582  1e-164  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3356  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.51 
 
 
711 aa  579  1e-164  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0178  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.68 
 
 
712 aa  580  1e-164  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.66 
 
 
703 aa  582  1e-164  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000396899  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3460  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.03 
 
 
711 aa  578  1e-164  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.234004 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.75 
 
 
748 aa  580  1e-164  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3275  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.32 
 
 
700 aa  581  1e-164  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000261182  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3412  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.66 
 
 
700 aa  581  1e-164  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000844924  hitchhiker  0.000972679 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0743  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.68 
 
 
713 aa  579  1e-164  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.10381  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.3 
 
 
699 aa  580  1e-164  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000012543  hitchhiker  0.000000583672 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1096  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.17 
 
 
699 aa  579  1e-164  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0013386  hitchhiker  0.00237644 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0175  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.95 
 
 
714 aa  580  1e-164  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02982  hypothetical protein  44.51 
 
 
734 aa  579  1e-164  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3446  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.63 
 
 
714 aa  579  1e-164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.73 
 
 
733 aa  580  1e-164  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>