53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_1772 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008576  Mmc1_1772  positive regulator of sigma(E), RseC/MucC  100 
 
 		 159 aa  320  5e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000338989  hitchhiker  0.000593819 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1086  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  31.82 
 
 		 157 aa  84.7  5e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.284991  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2260  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  31.65 
 
 		 149 aa  67.8  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.32117  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0730  positive regulator of sigma(E), RseC/MucC  26.32 
 
 		 167 aa  66.2  0.0000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000950135  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3152  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  31.65 
 
 		 167 aa  65.1  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000405546  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1468  sigma factor regulator MucC  37.5 
 
 		 146 aa  63.9  0.0000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1825  positive regulator of sigma E activity  34.18 
 
 		 156 aa  61.6  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000000801133  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2512  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  35.23 
 
 		 152 aa  61.2  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4754  positive regulator for alginate biosynthesis MucC  33.33 
 
 		 151 aa  57  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2932  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  25.17 
 
 		 168 aa  55.5  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00401591  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54400  positive regulator for alginate biosynthesis MucC  33.67 
 
 		 151 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.675062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2248  positive regulator for alginate biosynthesis MucC  33 
 
 		 156 aa  54.7  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000124681  normal  0.0231164 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13330  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  30.77 
 
 		 143 aa  54.7  0.0000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00188105  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1803  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  39.77 
 
 		 151 aa  53.9  0.0000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1953  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  33.08 
 
 		 151 aa  53.9  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.13883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1580  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  30.77 
 
 		 151 aa  52.8  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1269  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  30.16 
 
 		 151 aa  52.8  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1101  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  25.93 
 
 		 155 aa  52.8  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.138854 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1470  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  33.33 
 
 		 151 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.51254  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13720  Positive regulator for alginate biosynthesis MucC  26.53 
 
 		 156 aa  52  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1608  positive sigma-E factor regulatory protein  25.66 
 
 		 167 aa  51.2  0.000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0389331  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2463  positive regulator of sigma(E), RseC/MucC  31.03 
 
 		 146 aa  50.8  0.000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.939617  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1301  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  25.85 
 
 		 136 aa  50.4  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3074  SoxR reducing system protein RseC  29.41 
 
 		 150 aa  48.5  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1145  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  27.48 
 
 		 151 aa  48.9  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000688126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1342  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  27.03 
 
 		 147 aa  48.1  0.00004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0666262  normal  0.770202 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1132  SoxR reducing system protein RseC  26.99 
 
 		 151 aa  47.4  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0219505  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3607  SoxR reducing system protein RseC  26.99 
 
 		 151 aa  47.4  0.00009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00898672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1185  SoxR reducing system protein RseC  26.99 
 
 		 151 aa  47.4  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.101352  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1034  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  28.48 
 
 		 154 aa  46.6  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00221159  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2252  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  33.73 
 
 		 146 aa  46.2  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0077769  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03001  sigma-E factor regulatory protein RseC  28.89 
 
 		 148 aa  45.4  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0118803  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1427  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  30.71 
 
 		 115 aa  45.1  0.0004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1201  SoxR reducing system protein RseC  25.97 
 
 		 150 aa  45.1  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000162902  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1473  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  28.15 
 
 		 126 aa  43.5  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2769  positive regulator of sigma(E), RseC/MucC  29.17 
 
 		 177 aa  43.9  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000517336  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1051  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  26.49 
 
 		 158 aa  43.5  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000179706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2023  positive regulator of sigma(E), RseC/MucC  31.09 
 
 		 147 aa  42.7  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00574884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2723  SoxR reducing system protein RseC  26.19 
 
 		 159 aa  42  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.149775  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2763  putative positive regulator of sigma E, RseC/MucC  34.83 
 
 		 140 aa  41.6  0.004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0019955  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1107  SoxR reducing system protein RseC  24.54 
 
 		 159 aa  41.6  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.288168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2725  SoxR reducing system protein RseC  24.54 
 
 		 159 aa  41.6  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.334856  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1098  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  24.54 
 
 		 159 aa  41.6  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00219404  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3807  SoxR reducing system protein RseC  24.54 
 
 		 159 aa  41.2  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0524065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2935  SoxR reducing system protein RseC  24.54 
 
 		 159 aa  41.2  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.151183  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2856  SoxR reducing system protein RseC  24.54 
 
 		 159 aa  41.2  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0186933  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02428  hypothetical protein  24.54 
 
 		 159 aa  41.2  0.005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1345  sigma-E factor regulatory protein RseC  26.49 
 
 		 157 aa  41.6  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02464  RseC protein involved in reduction of the SoxR iron-sulfur cluster  24.54 
 
 		 159 aa  41.2  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2528  sigma-E factor regulatory protein RseC  23.08 
 
 		 161 aa  40.4  0.009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3115  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  27.45 
 
 		 157 aa  40.4  0.009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0121324  normal  0.0261972 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1275  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  27.45 
 
 		 157 aa  40.4  0.009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0820222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1242  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  27.45 
 
 		 157 aa  40.4  0.009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000737615  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>