More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3871 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3871  phosphoribosylamine--glycine ligase  100 
 
 		 435 aa  855    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.485049  normal  0.0530756 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4327  phosphoribosylamine--glycine ligase  91.49 
 
 		 431 aa  780    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.101605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4180  phosphoribosylamine/glycine ligase  98.39 
 
 		 435 aa  841    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.94163  normal  0.510323 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1523  phosphoribosylamine--glycine ligase  77.46 
 
 		 424 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0737922 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6598  phosphoribosylamine/glycine ligase  76.35 
 
 		 423 aa  590  1e-167  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.204932  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6062  phosphoribosylamine--glycine ligase  76.12 
 
 		 442 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.498795  normal  0.336807 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4104  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.34 
 
 		 427 aa  500  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1353  phosphoribosylamine--glycine ligase  60.65 
 
 		 427 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2506  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1699  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.4 
 
 		 427 aa  493  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.251383  normal  0.989876 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1863  phosphoribosylamine--glycine ligase  60.97 
 
 		 442 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.466784  hitchhiker  0.0074915 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2552  phosphoribosylamine--glycine ligase  60.75 
 
 		 426 aa  488  1e-136  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0177333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0529  phosphoribosylamine--glycine ligase  59.39 
 
 		 429 aa  481  1e-134  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.863272  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0172  phosphoribosylamine--glycine ligase  60.74 
 
 		 429 aa  479  1e-134  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3173  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.31 
 
 		 428 aa  480  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0826007  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0471  phosphoribosylamine--glycine ligase  60.23 
 
 		 423 aa  475  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0719  phosphoribosylamine--glycine ligase  60.37 
 
 		 426 aa  475  1e-133  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.63678  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1412  phosphoribosylamine--glycine ligase  58.92 
 
 		 422 aa  472  1e-132  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.8215  normal  0.900094 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0392  phosphoribosylamine--glycine ligase  55.48 
 
 		 424 aa  468  1.0000000000000001e-131  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.423575  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0960  phosphoribosylamine--glycine ligase  56.71 
 
 		 426 aa  467  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0414  phosphoribosylamine--glycine ligase  58.56 
 
 		 427 aa  462  1e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31965  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3149  phosphoribosylamine--glycine ligase  60.09 
 
 		 433 aa  461  1e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.868678  normal  0.802626 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0619  phosphoribosylamine--glycine ligase  59.58 
 
 		 427 aa  464  1e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.374111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4619  phosphoribosylamine--glycine ligase  59.63 
 
 		 427 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0422  phosphoribosylamine--glycine ligase  58.33 
 
 		 427 aa  461  9.999999999999999e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2871  phosphoribosylamine/glycine ligase  59.24 
 
 		 449 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0927595 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0578  phosphoribosylamine--glycine ligase  57.74 
 
 		 425 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0535  phosphoribosylamine--glycine ligase  57.41 
 
 		 427 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.201111 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0292  phosphoribosylamine--glycine ligase  56.22 
 
 		 427 aa  447  1.0000000000000001e-124  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00181025  normal  0.0133648 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4029  phosphoribosylamine--glycine ligase  58.02 
 
 		 420 aa  442  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.459398 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2652  phosphoribosylamine--glycine ligase  53.78 
 
 		 429 aa  440  9.999999999999999e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002184  phosphoribosylamine--glycine ligase  54.17 
 
 		 429 aa  435  1e-121  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.25624  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4506  phosphoribosylamine--glycine ligase  54.48 
 
 		 429 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0278032 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0635  phosphoribosylamine--glycine ligase  57.55 
 
 		 420 aa  435  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1626  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.64 
 
 		 432 aa  436  1e-121  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4508  phosphoribosylamine--glycine ligase  54.48 
 
 		 429 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0778373 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4386  phosphoribosylamine--glycine ligase  54.71 
 
 		 429 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.677738 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0646  phosphoribosylamine--glycine ligase  56.38 
 
 		 436 aa  434  1e-120  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3302  phosphoribosylamine--glycine ligase  55.19 
 
 		 422 aa  433  1e-120  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0635766 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4419  phosphoribosylamine--glycine ligase  54.48 
 
 		 429 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.160091  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0215  phosphoribosylamine--glycine ligase  54.25 
 
 		 430 aa  431  1e-119  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0406099  normal  0.0125796 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03882  phosphoribosylamine-glycine ligase  54.4 
 
 		 429 aa  429  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000860274  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3988  phosphoribosylamine/glycine ligase  54.25 
 
 		 429 aa  429  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0361396  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03835  hypothetical protein  54.4 
 
 		 429 aa  429  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000931477  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4239  phosphoribosylamine--glycine ligase  54.25 
 
 		 429 aa  429  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00124381  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5474  phosphoribosylamine--glycine ligase  54.4 
 
 		 429 aa  429  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.13476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4582  phosphoribosylamine--glycine ligase  54.25 
 
 		 429 aa  431  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.213422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4496  phosphoribosylamine--glycine ligase  54.25 
 
 		 429 aa  429  1e-119  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000225394  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00211  phosphoribosylamine--glycine ligase  53.56 
 
 		 429 aa  429  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4548  phosphoribosylamine--glycine ligase  54.4 
 
 		 429 aa  429  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000304372  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4020  phosphoribosylamine--glycine ligase  54.4 
 
 		 429 aa  429  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000927217  normal  0.0101467 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0224  phosphoribosylamine--glycine ligase  53.35 
 
 		 428 aa  429  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0267401  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3862  phosphoribosylamine--glycine ligase  54.52 
 
 		 429 aa  429  1e-119  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.256361  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0555  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.78 
 
 		 431 aa  427  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0228  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.66 
 
 		 428 aa  425  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0316556  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1847  phosphoribosylamine--glycine ligase  57.21 
 
 		 420 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.180423  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0496  phosphoribosylamine--glycine ligase  56.97 
 
 		 420 aa  425  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.18255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0909  phosphoribosylamine--glycine ligase  55.09 
 
 		 432 aa  427  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1946  phosphoribosylamine--glycine ligase  53.52 
 
 		 420 aa  426  1e-118  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0479651 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4453  phosphoribosylamine--glycine ligase  54.17 
 
 		 429 aa  426  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0221711  hitchhiker  0.000392069 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03941  Phosphoribosylamine-glycine ligase  53.33 
 
 		 430 aa  426  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3708  phosphoribosylamine--glycine ligase  53.58 
 
 		 428 aa  426  1e-118  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0202463  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3219  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.97 
 
 		 429 aa  425  1e-118  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0356  phosphoribosylamine--glycine ligase  53.13 
 
 		 428 aa  423  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0104682  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3451  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.67 
 
 		 428 aa  423  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.264337  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2231  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.1 
 
 		 423 aa  422  1e-117  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3845  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.64 
 
 		 423 aa  424  1e-117  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000183828  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2342  phosphoribosylamine/glycine ligase  53.47 
 
 		 428 aa  421  1e-117  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.51337  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3844  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.9 
 
 		 428 aa  421  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000315171  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0438  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.72 
 
 		 430 aa  421  1e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.199076  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0464  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.9 
 
 		 428 aa  420  1e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00032027  normal  0.0111484 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1013  phosphoribosylamine--glycine ligase  60.09 
 
 		 421 aa  417  9.999999999999999e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0926645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3665  phosphoribosylamine--glycine ligase  54.29 
 
 		 428 aa  415  9.999999999999999e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0266  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.44 
 
 		 427 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000213794  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39441  predicted protein  55.89 
 
 		 477 aa  415  9.999999999999999e-116  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.178853  normal  0.0538587 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2843  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.4 
 
 		 430 aa  417  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.294227  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0361  phosphoribosylamine--glycine ligase  54.65 
 
 		 427 aa  413  1e-114  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.292405  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3457  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.17 
 
 		 423 aa  413  1e-114  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.021302  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0360  Phosphoribosylamine--glycine ligase  53.6 
 
 		 430 aa  414  1e-114  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3523  phosphoribosylamine--glycine ligase  50.93 
 
 		 423 aa  414  1e-114  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0437232 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2863  phosphoribosylamine--glycine ligase  55.29 
 
 		 426 aa  414  1e-114  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0385682  normal  0.548732 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02964  phosphoribosylamine--glycine ligase  54.4 
 
 		 429 aa  414  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0610  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.17 
 
 		 423 aa  409  1e-113  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00101284  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2988  phosphoribosylamine--glycine ligase  50.58 
 
 		 428 aa  410  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4407  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.55 
 
 		 431 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0997  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.78 
 
 		 430 aa  410  1e-113  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4823  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.08 
 
 		 431 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4867  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.55 
 
 		 431 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06880  phosphoribosylamine--glycine ligase  53.7 
 
 		 426 aa  407  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.285428  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0875  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.78 
 
 		 430 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.712895  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0612  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.31 
 
 		 430 aa  404  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.147919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2759  phosphoribosylamine--glycine ligase  50.93 
 
 		 424 aa  404  1e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000179977  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0707  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.08 
 
 		 429 aa  404  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4698  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.08 
 
 		 430 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.744432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0805  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.03 
 
 		 430 aa  403  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4876  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.85 
 
 		 431 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3104  phosphoribosylamine--glycine ligase  58.8 
 
 		 411 aa  402  1e-111  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4613  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.08 
 
 		 431 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.302277 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2453  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.34 
 
 		 424 aa  402  1e-111  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.386914  normal  0.350843 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2591  phosphoribosylamine--glycine ligase  50.47 
 
 		 423 aa  400  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2728  phosphoribosylamine--glycine ligase  54.37 
 
 		 420 aa  400  9.999999999999999e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0882976  normal  0.135316 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>