More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3625 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3625  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  100 
 
 		 238 aa  498  1e-140  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.120147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3917  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  96.64 
 
 		 238 aa  482  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0940782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1169  endonuclease III/Nth  33.17 
 
 		 236 aa  142  3e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2704  endonuclease III  35.82 
 
 		 215 aa  139  4.999999999999999e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0493  endonuclease III  36.87 
 
 		 220 aa  137  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2899  endonuclease III  36.31 
 
 		 213 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.786495  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0203  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  36.32 
 
 		 218 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.419558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2745  endonuclease III  36.93 
 
 		 222 aa  133  1.9999999999999998e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3695  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  36.13 
 
 		 218 aa  133  1.9999999999999998e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1065  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  35.75 
 
 		 211 aa  132  6.999999999999999e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0698164  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0724  endonuclease III  35.33 
 
 		 213 aa  131  9e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.155914  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18880  endonuclease III  36.56 
 
 		 212 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00491393  normal  0.0304533 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2247  endonuclease III  35.42 
 
 		 213 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000650328  normal  0.36112 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1901  endonuclease III  35.42 
 
 		 213 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000183349  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2013  endonuclease III  35.42 
 
 		 213 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000346358  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1398  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  36.46 
 
 		 212 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2571  endonuclease III  36.31 
 
 		 215 aa  129  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0809  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  35.75 
 
 		 211 aa  129  5.0000000000000004e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631495 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0346  endonuclease III  35.03 
 
 		 261 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0360921  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2793  endonuclease III  32.66 
 
 		 211 aa  129  6e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0197  endonuclease III  35.8 
 
 		 214 aa  128  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2682  endonuclease III  34.03 
 
 		 220 aa  129  6e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2306  endonuclease III  34.03 
 
 		 220 aa  129  6e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0153  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  34.46 
 
 		 237 aa  128  7.000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1031  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  34.66 
 
 		 214 aa  128  9.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.474778  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0873  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  32.22 
 
 		 227 aa  127  1.0000000000000001e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00263227  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1159  endonuclease III  35.38 
 
 		 215 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.797565 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3568  endonuclease III  35.39 
 
 		 214 aa  127  1.0000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2873  endonuclease III  32.51 
 
 		 222 aa  127  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4149  endonuclease III  35.2 
 
 		 212 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2939  endonuclease III  32.66 
 
 		 211 aa  127  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3441  endonuclease III  33.33 
 
 		 260 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1318  endonuclease III  33.7 
 
 		 209 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000293814  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2692  endonuclease III  34.66 
 
 		 214 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.841587  normal  0.269141 
 
 
-
 
NC_004310  BR0166  endonuclease III  33.15 
 
 		 248 aa  126  3e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2319  endonuclease III  34.74 
 
 		 211 aa  126  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1525  endonuclease III  33.15 
 
 		 209 aa  126  3e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000771043  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0159  endonuclease III  33.15 
 
 		 260 aa  126  3e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0381  endonuclease III  33.9 
 
 		 258 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3057  endonuclease III  32.52 
 
 		 208 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3888  endonuclease III/Nth  34.81 
 
 		 212 aa  125  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.324947 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1634  endonuclease III  35.48 
 
 		 212 aa  125  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3289  endonuclease III  35.03 
 
 		 240 aa  125  5e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0133312 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3627  endonuclease III  36.07 
 
 		 220 aa  125  6e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.620738  normal  0.69522 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0176  endonuclease III  33.71 
 
 		 249 aa  125  6e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.809108  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1691  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  31.6 
 
 		 356 aa  125  7e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0961  endonuclease III  35.96 
 
 		 207 aa  125  7e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000122491  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0201  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  33.9 
 
 		 274 aa  125  7e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1499  endonuclease III  32.96 
 
 		 219 aa  125  8.000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6030  endonuclease III  34.62 
 
 		 215 aa  124  9e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.22516 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1632  endonuclease III  34.33 
 
 		 359 aa  124  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.43019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2019  endonuclease III  35.2 
 
 		 211 aa  124  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.734703  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1610  endonuclease III  34.64 
 
 		 228 aa  124  1e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1629  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  35.59 
 
 		 219 aa  124  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.204448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1155  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  34.08 
 
 		 210 aa  123  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4513  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  32.99 
 
 		 212 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00739094 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1891  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  35.43 
 
 		 233 aa  124  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0339  endonuclease III  33.9 
 
 		 256 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0851  endonuclease III  33.33 
 
 		 219 aa  124  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0611639  normal  0.050138 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0995  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  33.33 
 
 		 219 aa  124  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00575071  normal  0.104115 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3311  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  33.52 
 
 		 214 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1235  endonuclease III  33.52 
 
 		 214 aa  122  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.649386 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0829  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  36.36 
 
 		 231 aa  123  3e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.141999  normal  0.027211 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1092  endonuclease III  34.95 
 
 		 212 aa  122  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2534  endonuclease III  34.83 
 
 		 210 aa  122  4e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0635036  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00782  endonuclease III  35.2 
 
 		 236 aa  122  4e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0572206  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3106  endonuclease III  34.48 
 
 		 252 aa  122  4e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2331  endonuclease III  33.66 
 
 		 211 aa  122  5e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1886  endonuclease III  33.15 
 
 		 218 aa  122  5e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19210  endonuclease III/Nth  33.17 
 
 		 212 aa  122  5e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.24401  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0305  endonuclease III  33.15 
 
 		 218 aa  122  5e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1665  endonuclease III  34.08 
 
 		 228 aa  122  5e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.628404  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3741  endonuclease III  32.2 
 
 		 260 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0888  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  31.34 
 
 		 225 aa  122  6e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0006  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  33.15 
 
 		 231 aa  122  6e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.179819  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1299  endonuclease III  33.18 
 
 		 213 aa  122  7e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000804758  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1121  endonuclease III  34.64 
 
 		 212 aa  121  8e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2350  endonuclease III  34.08 
 
 		 214 aa  121  9e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.103385 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1715  endonuclease III  34.08 
 
 		 214 aa  121  9e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.104745  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2327  endonuclease III  34.08 
 
 		 214 aa  121  9e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0950  endonuclease III  32.65 
 
 		 214 aa  121  9e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.066309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10790  endonuclease III  32.78 
 
 		 212 aa  121  9.999999999999999e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2021  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  34.81 
 
 		 229 aa  120  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1735  endonuclease III  34.81 
 
 		 215 aa  121  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.61574  normal  0.277364 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2562  endonuclease III  34.08 
 
 		 212 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.560783  normal  0.0252184 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2072  endonuclease III  34.08 
 
 		 213 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4551  hypothetical protein  34.08 
 
 		 213 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2265  endonuclease III  34.08 
 
 		 213 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000635696  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2279  endonuclease III  34.08 
 
 		 213 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0342815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0463  endonuclease III  32.96 
 
 		 226 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0687351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4320  endonuclease III  34.41 
 
 		 212 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01603  DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)  32.63 
 
 		 211 aa  119  3e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00133572  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2008  endonuclease III  32.63 
 
 		 211 aa  119  3e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00632932  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1709  endonuclease III  32.63 
 
 		 211 aa  119  3e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00510464  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1133  endonuclease III  34.95 
 
 		 335 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.875992  normal  0.620108 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0439  endonuclease III  32.77 
 
 		 254 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.45571  normal  0.92859 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1842  endonuclease III  32.63 
 
 		 211 aa  119  3e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000960215  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1566  endonuclease III  32.63 
 
 		 211 aa  119  3e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.263059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1822  endonuclease III  32.63 
 
 		 211 aa  119  3e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.692656  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1996  endonuclease III  32.63 
 
 		 211 aa  119  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0209025  normal  0.0823674 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>