More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1882 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_1882  response regulator receiver  100 
 
 		 108 aa  218  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3363  response regulator receiver  45.26 
 
 		 126 aa  90.5  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6418  response regulator receiver protein  45.1 
 
 		 126 aa  89  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5790  response regulator receiver protein  51.85 
 
 		 122 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0889979  normal  0.112489 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4214  response regulator receiver protein  43.69 
 
 		 130 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.213428 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0691  response regulator receiver protein  50 
 
 		 128 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.852187  normal  0.378672 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1895  response regulator receiver  45.26 
 
 		 126 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.208302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1475  response regulator receiver protein  51.72 
 
 		 124 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.292646  normal  0.101486 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4041  response regulator receiver domain-containing protein  43.82 
 
 		 124 aa  80.9  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0979956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4811  response regulator receiver protein  51.16 
 
 		 140 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2634  response regulator receiver protein  49.45 
 
 		 135 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.873964  normal  0.0480327 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3346  response regulator receiver protein  47.92 
 
 		 128 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1668  response regulator receiver protein  42.55 
 
 		 131 aa  78.2  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3474  response regulator receiver protein  46.88 
 
 		 128 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3150  response regulator receiver  46.88 
 
 		 128 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9028  two component sensor kinase/response regulator hybrid  45.35 
 
 		 123 aa  77  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3796  response regulator receiver  41.49 
 
 		 124 aa  76.6  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.787937 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2499  response regulator receiver protein  47.06 
 
 		 136 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.353166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0850  response regulator receiver protein  46.15 
 
 		 131 aa  75.9  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.886181 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1228  response regulator receiver domain-containing protein  42.86 
 
 		 124 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000969205 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0095  response regulator receiver protein  45.35 
 
 		 123 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.898425  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0771  response regulator receiver protein  42.17 
 
 		 130 aa  75.1  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1195  Two component sensor kinase/response regulator hybrid protein  41.46 
 
 		 130 aa  73.9  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0516  response regulator receiver protein  43.96 
 
 		 124 aa  73.9  0.0000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2945  response regulator receiver domain-containing protein  40 
 
 		 124 aa  73.6  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.161273  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4593  response regulator receiver protein  43.62 
 
 		 129 aa  72  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4112  response regulator receiver  42.42 
 
 		 128 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.576276  normal  0.834365 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4398  response regulator receiver protein  39.08 
 
 		 127 aa  72  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.481257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4480  response regulator receiver protein  42.42 
 
 		 128 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.361856  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5645  response regulator receiver protein  46.84 
 
 		 182 aa  71.2  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.633042  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2931  response regulator receiver protein  41.76 
 
 		 122 aa  71.2  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2510  response regulator receiver  40 
 
 		 124 aa  70.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.294916 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5091  response regulator receiver protein  42.68 
 
 		 134 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.947919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5033  response regulator receiver protein  42.05 
 
 		 134 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.649741  normal  0.0493927 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4573  response regulator receiver  42.05 
 
 		 134 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.546072 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2670  response regulator receiver protein  40.66 
 
 		 122 aa  70.5  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0328  response regulator receiver  37.93 
 
 		 147 aa  68.2  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0634669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0497  response regulator receiver domain-containing protein  38.37 
 
 		 125 aa  67.4  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0614776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7425  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  43.04 
 
 		 133 aa  67.4  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0404716 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3741  response regulator receiver protein  40 
 
 		 127 aa  66.6  0.00000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6328  response regulator receiver protein  37.36 
 
 		 141 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00633094 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.24 
 
 		 588 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0474386 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.24 
 
 		 589 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5111  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.24 
 
 		 589 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4537  response regulator receiver protein  39.51 
 
 		 125 aa  63.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1672  PAS sensor protein  39.24 
 
 		 695 aa  63.5  0.0000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.487392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1990  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.24 
 
 		 695 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3607  response regulator receiver protein  38.3 
 
 		 135 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.621989  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2732  response regulator receiver protein  40.24 
 
 		 151 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.169998 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7165  response regulator receiver protein  37.8 
 
 		 143 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.272897  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.73 
 
 		 589 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.45 
 
 		 1036 aa  62.4  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5535  response regulator receiver protein  40.45 
 
 		 130 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.591914  decreased coverage  0.00892468 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 		 589 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0073  response regulator receiver protein  41.86 
 
 		 128 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3963  response regulator receiver protein  40 
 
 		 133 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.150847 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2320  response regulator receiver protein  36.96 
 
 		 127 aa  62  0.000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.632565 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5650  response regulator receiver protein  42.68 
 
 		 128 aa  61.6  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.343299  normal  0.64647 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0091  response regulator receiver protein  38.55 
 
 		 124 aa  61.2  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.589534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.02 
 
 		 807 aa  60.8  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4814  response regulator receiver protein  35.05 
 
 		 127 aa  60.5  0.000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.24379  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6442  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.02 
 
 		 688 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.381857  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.02 
 
 		 734 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1329  PAS sensor protein  36.84 
 
 		 1164 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.488954 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2024  fused PAS sensor histidine kinase protein and response regulator  33 
 
 		 1005 aa  60.1  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00627468  normal  0.216163 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.84 
 
 		 1164 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.37 
 
 		 887 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0851  response regulator receiver  38.82 
 
 		 132 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234035 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3549  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.97 
 
 		 702 aa  58.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3529  response regulator receiver domain-containing protein  41.67 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.421617 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.76 
 
 		 673 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0810  response regulator receiver protein  38.82 
 
 		 132 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.316292 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.9 
 
 		 810 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4740  response regulator receiver protein  38.27 
 
 		 126 aa  58.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5396  response regulator receiver protein  36.14 
 
 		 132 aa  58.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.476573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.59 
 
 		 703 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0864  response regulator receiver protein  37.65 
 
 		 129 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00632773 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0775  response regulator receiver protein  37.65 
 
 		 132 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0313977 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.46 
 
 		 905 aa  58.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4539  response regulator receiver protein  39.24 
 
 		 120 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.866024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.09 
 
 		 741 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0349  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 		 722 aa  58.5  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.081308  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 		 943 aa  58.5  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4170  response regulator receiver  39.24 
 
 		 120 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.27 
 
 		 743 aa  58.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4665  response regulator receiver protein  34.48 
 
 		 127 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.91 
 
 		 853 aa  57.8  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.68 
 
 		 966 aa  57.8  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5605  response regulator receiver protein  38.46 
 
 		 198 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.469743  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  37.8 
 
 		 611 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  37.8 
 
 		 611 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.24 
 
 		 732 aa  57.4  0.00000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  37.8 
 
 		 611 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  37.8 
 
 		 611 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2635  sensory box histidine kinase/response regulator  37.8 
 
 		 611 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6937  response regulator receiver protein  40 
 
 		 133 aa  57.4  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0671376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2557  response regulator receiver  37.8 
 
 		 194 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3969  response regulator  37.04 
 
 		 120 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.13044 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  37.21 
 
 		 847 aa  57  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0861  response regulator receiver protein  35.19 
 
 		 135 aa  57  0.00000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0503153  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>