25 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0663 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_0675  putative DNA-binding protein  100 
 
 
115 aa  235  2e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.205405  decreased coverage  0.00947691 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0663  putative DNA-binding protein  100 
 
 
115 aa  235  2e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.332778 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0642  putative DNA-binding protein  96.52 
 
 
115 aa  227  3e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.141676 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1057  putative DNA-binding protein  69.09 
 
 
119 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3796  putative DNA-binding protein  74.76 
 
 
106 aa  157  6e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.691719 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5076  putative DNA-binding protein  68.47 
 
 
112 aa  152  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798385 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4823  putative DNA-binding protein  66.38 
 
 
115 aa  145  3e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3435  DNA-binding protein  60.19 
 
 
110 aa  138  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170412  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3080  putative DNA-binding protein  59.26 
 
 
110 aa  138  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.100633  normal  0.744122 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0343  putative DNA-binding protein  57.27 
 
 
109 aa  123  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0799  putative DNA-binding protein  54.39 
 
 
112 aa  123  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2307  DNA-binding protein  58.1 
 
 
109 aa  122  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0826  DNA-binding protein  55.86 
 
 
107 aa  114  5e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4600  DNA-binding protein  53.21 
 
 
112 aa  107  5e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.889226  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3371  hypothetical protein  49.57 
 
 
143 aa  99.4  1e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0280865  normal  0.0203123 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3144  hypothetical protein  47.86 
 
 
143 aa  95.5  2e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.185967  normal  0.858762 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05401  conserved hypothetical protein  45.76 
 
 
117 aa  80.1  0.00000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.656737  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27190  hypothetical protein  37.04 
 
 
110 aa  65.9  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.133249  normal  0.930343 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0891  hypothetical protein  35.24 
 
 
125 aa  62.4  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4567  hypothetical protein  33.33 
 
 
121 aa  59.3  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0719  hypothetical protein  34.91 
 
 
113 aa  54.3  0.0000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0906401  normal  0.324019 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0739  hypothetical protein  34.91 
 
 
113 aa  53.9  0.0000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.13396 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0725  hypothetical protein  34.91 
 
 
113 aa  53.9  0.0000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.609252  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2157  hypothetical protein  31.48 
 
 
116 aa  50.8  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2310  hypothetical protein  32.41 
 
 
116 aa  50.4  0.000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00521659 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>