More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0436 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_0436  PAS sensor protein  100 
 
 
359 aa  728    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.631329 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0507  signal transduction histidine kinase  90.5 
 
 
359 aa  647    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.918852  normal  0.0364855 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0470  signal transduction histidine kinase  99.72 
 
 
359 aa  727    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.905992  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4958  signal transduction histidine kinase  72.86 
 
 
363 aa  512  1e-144  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000385226 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4177  signal transduction histidine kinase  62.28 
 
 
341 aa  380  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4442  signal transduction histidine kinase  61.74 
 
 
342 aa  366  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.411184  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2487  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  42.11 
 
 
1535 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.162467  normal  0.455724 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42 
 
 
1465 aa  137  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0379  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.88 
 
 
647 aa  133  6e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0361  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.25 
 
 
647 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00025473 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0936  signal transduction histidine kinase  39.77 
 
 
1177 aa  128  1.0000000000000001e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.194621  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.54 
 
 
1559 aa  128  2.0000000000000002e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2814  putative PAS/PAC sensor protein  41.67 
 
 
1335 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.988399 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2727  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.33 
 
 
576 aa  126  8.000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.8 
 
 
1383 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0272  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.92 
 
 
1113 aa  124  3e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2975  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.67 
 
 
1084 aa  124  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6649  signal transduction histidine kinase  36.45 
 
 
739 aa  124  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.85 
 
 
527 aa  123  5e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1002  signal transduction histidine kinase  31.73 
 
 
932 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353608  normal  0.0662086 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  46.15 
 
 
1714 aa  122  9.999999999999999e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.22 
 
 
1108 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000213837 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.55 
 
 
1015 aa  119  6e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0118  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.98 
 
 
1927 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.125924 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3141  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.97 
 
 
1406 aa  119  7e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.367834  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4138  signal transduction histidine kinase  34.26 
 
 
1051 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.35585 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2895  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.26 
 
 
705 aa  117  3.9999999999999997e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1659  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.14 
 
 
833 aa  116  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0467119  normal  0.0611646 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.44 
 
 
833 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2187  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.97 
 
 
705 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2629  signal transduction histidine kinase  32.06 
 
 
788 aa  115  1.0000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1559  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  32.72 
 
 
508 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0906975 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.32 
 
 
832 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.425647  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  44.07 
 
 
1346 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.01 
 
 
1059 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111783  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4442  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.57 
 
 
1267 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.86 
 
 
1711 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1419  signal transduction histidine kinase  35.89 
 
 
551 aa  111  3e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0011  putative PAS/PAC sensor protein  41.96 
 
 
969 aa  110  5e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.161167  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1806  signal transduction histidine kinase  26.59 
 
 
681 aa  110  6e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.286721 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0429  signal transduction histidine kinase  32.92 
 
 
1093 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0440  signal transduction histidine kinase  32.92 
 
 
1093 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.790224  normal  0.127185 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2207  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.31 
 
 
866 aa  108  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.3 
 
 
1011 aa  108  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.74 
 
 
1071 aa  106  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00592248 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.27 
 
 
1086 aa  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1984  signal transduction histidine kinase  36.22 
 
 
713 aa  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.17 
 
 
1251 aa  103  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.256644  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2379  signal transduction histidine kinase  38.26 
 
 
655 aa  102  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2299  signal transduction histidine kinase  37.97 
 
 
713 aa  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.924903  normal  0.101705 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  36.13 
 
 
582 aa  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2710  hypothetical protein  28.35 
 
 
744 aa  101  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1213  signal transduction histidine kinase  31.71 
 
 
603 aa  101  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.75 
 
 
1092 aa  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00620  two-component system sensor protein  39.83 
 
 
1131 aa  101  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.282271  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3102  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  29.7 
 
 
1418 aa  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2022  PAS sensor protein  37.97 
 
 
717 aa  101  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2103  PAS sensor protein  37.58 
 
 
655 aa  100  4e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365518 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  41.98 
 
 
1086 aa  100  4e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3538  hypothetical protein  31.1 
 
 
754 aa  100  5e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0655709  normal  0.940328 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3009  hypothetical protein  31.2 
 
 
783 aa  100  5e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4137  signal transduction histidine kinase  30.36 
 
 
912 aa  100  6e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3105  PAS sensor protein  29.45 
 
 
728 aa  99  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2995  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.09 
 
 
1002 aa  99  1e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.175208  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.82 
 
 
1021 aa  98.6  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3640  MCP methyltransferase, CheR-type with PAS/PAC sensor  34.59 
 
 
1303 aa  97.8  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.581797 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4139  signal transduction histidine kinase  31.22 
 
 
913 aa  98.2  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.329059 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4541  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.69 
 
 
896 aa  97.4  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3662  alcohol dehydrogenase  29.8 
 
 
733 aa  97.1  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.899908  normal  0.588935 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3819  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.33 
 
 
1297 aa  97.1  5e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11644  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3834  signal transduction histidine kinase  28.73 
 
 
728 aa  96.3  8e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.284621 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  38.98 
 
 
1037 aa  95.5  1e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2675  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.73 
 
 
708 aa  95.1  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.877  normal  0.897929 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.68 
 
 
745 aa  94.4  3e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.705901 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  32.04 
 
 
1676 aa  93.6  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2055  signal transduction histidine kinase  35.76 
 
 
655 aa  94  4e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.429948  normal 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5451  signal transduction histidine kinase  26.64 
 
 
547 aa  92.8  9e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915879  normal  0.94618 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0091  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.39 
 
 
930 aa  92.8  9e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00954137  normal  0.993222 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.14 
 
 
816 aa  92.4  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1360  signal transduction histidine kinase  28.68 
 
 
524 aa  91.7  2e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0984724 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6598  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.58 
 
 
809 aa  91.7  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0038  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.82 
 
 
1043 aa  90.9  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.11404 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3038  signal transduction histidine kinase  25.99 
 
 
878 aa  90.9  3e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  40.68 
 
 
1016 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  40.68 
 
 
1041 aa  90.1  5e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2833  signal transduction histidine kinase  41.38 
 
 
738 aa  89.7  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1810  PAS sensor protein  36.22 
 
 
829 aa  88.6  1e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000473758 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0986  signal transduction histidine kinase  27.2 
 
 
872 aa  89  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.544559  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1496  signal transduction histidine kinase  28.97 
 
 
1253 aa  88.6  1e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.172842 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6450  signal transduction histidine kinase  31.22 
 
 
635 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 
1741 aa  88.2  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2093  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.65 
 
 
530 aa  88.2  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.874358  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.26 
 
 
1013 aa  88.6  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  39.68 
 
 
1002 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4276  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.13 
 
 
779 aa  87.8  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3427  MCP methyltransferase, CheR-type with PAS/PAC sensor  36.11 
 
 
2031 aa  87  4e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0889636 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  35.66 
 
 
1225 aa  87.4  4e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0896  signal transduction histidine kinase  30.28 
 
 
839 aa  86.7  5e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.335338  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0913  multisensor signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 
991 aa  86.7  5e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.650855  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.83 
 
 
957 aa  86.7  6e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>