More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mboo_1756 on replicon NC_009712
Organism: Candidatus Methanoregula boonei 6A8



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009712  Mboo_1756  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
289 aa  604  9.999999999999999e-173  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.42313  normal  0.562085 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2945  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.84 
 
 
329 aa  169  7e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.791043 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2367  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.48 
 
 
328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00426959 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0703  GDP-mannose 4,6 dehydratase  31.76 
 
 
348 aa  162  9e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0807  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.76 
 
 
348 aa  162  9e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30.97 
 
 
334 aa  161  1e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3395  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.46 
 
 
360 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.122885 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30.63 
 
 
362 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.01 
 
 
320 aa  159  4e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0397  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.93 
 
 
342 aa  158  8e-38  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3545  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30.31 
 
 
362 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.424654 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2084  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.29 
 
 
324 aa  156  4e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1306  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30.33 
 
 
339 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3801  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.9 
 
 
318 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2622  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30.53 
 
 
344 aa  152  8.999999999999999e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00207032  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2129  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30.25 
 
 
347 aa  149  4e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.444073  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1968  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
317 aa  149  5e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1539  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.99 
 
 
332 aa  148  1.0000000000000001e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0229632  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0211  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.06 
 
 
358 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.140202 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.97 
 
 
319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5498  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.43 
 
 
329 aa  147  3e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.543403  normal  0.0182886 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1105  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.74 
 
 
331 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2688  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.81 
 
 
359 aa  146  5e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.354293  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1053  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.11 
 
 
333 aa  144  1e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1307  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.11 
 
 
363 aa  144  1e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.111837  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4754  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.62 
 
 
350 aa  144  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.9 
 
 
327 aa  143  3e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000000104251 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3217  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.13 
 
 
321 aa  143  3e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4181  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.17 
 
 
326 aa  143  3e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3928  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.13 
 
 
324 aa  142  5e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2872  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.84 
 
 
340 aa  142  8e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0490  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.47 
 
 
342 aa  142  8e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.588474  normal  0.122087 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2097  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30.27 
 
 
344 aa  141  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.822363  hitchhiker  0.0000115306 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.68 
 
 
323 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1711  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.22 
 
 
330 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2106  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.68 
 
 
323 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4287  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.96 
 
 
340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.183807  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4424  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.65 
 
 
340 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
336 aa  140  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.977894  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.55 
 
 
325 aa  140  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3945  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30.6 
 
 
328 aa  140  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.406952  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0508  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.75 
 
 
327 aa  140  3e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.174744  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0331  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.57 
 
 
322 aa  139  7e-32  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.52 
 
 
340 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0449  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.03 
 
 
380 aa  138  1e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0843944  normal  0.941368 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6329  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30.86 
 
 
354 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2132  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.48 
 
 
348 aa  137  2e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0323729 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4448  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30.7 
 
 
340 aa  135  8e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0945  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.3 
 
 
351 aa  135  8e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0963  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.3 
 
 
351 aa  135  8e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.6787 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5497  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.75 
 
 
323 aa  135  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4019  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.94 
 
 
368 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0173  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.34 
 
 
327 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3135  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30.38 
 
 
361 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11545  GDP-D-mannose dehydratase gmdA  28.34 
 
 
340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1762  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.3 
 
 
349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.319433 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8229  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.06 
 
 
342 aa  134  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71990  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.48 
 
 
323 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0034  GDP-mannose 4,6 dehydratase  30.06 
 
 
373 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0188537 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00720  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30.7 
 
 
331 aa  133  3.9999999999999996e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.338915  normal  0.240367 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4397  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.09 
 
 
348 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3970  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.09 
 
 
348 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.122884  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3559  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.09 
 
 
348 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0335248  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5189  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.43 
 
 
327 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.728187  normal  0.051531 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3444  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.48 
 
 
334 aa  132  6.999999999999999e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.105526  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3411  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.21 
 
 
335 aa  132  6.999999999999999e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.386672  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5682  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.3 
 
 
323 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.25 
 
 
338 aa  132  9e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0263773  normal  0.0307991 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1647  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30.03 
 
 
328 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.122347  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1228  GDP-D-mannose dehydratase  29.13 
 
 
314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4612  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.79 
 
 
347 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.714119  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2234  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.27 
 
 
347 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.666066  normal  0.301311 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1005  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.13 
 
 
348 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.403291  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3187  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.62 
 
 
368 aa  130  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.16 
 
 
323 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4280  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.27 
 
 
345 aa  129  5.0000000000000004e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1799  GDP-mannose 4,6 dehydratase  27.19 
 
 
355 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3152  normal  0.0668302 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2614  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.43 
 
 
342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2115  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.18 
 
 
348 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194091  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4472  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30.03 
 
 
328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.234866  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3358  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.79 
 
 
348 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.591242  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3405  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.31 
 
 
351 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00873108  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.79 
 
 
348 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.879039  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0690  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.27 
 
 
347 aa  126  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00490394  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.63 
 
 
345 aa  126  4.0000000000000003e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1408  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.19 
 
 
343 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.261651 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2780  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.71 
 
 
329 aa  126  5e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1827  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.43 
 
 
330 aa  125  6e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.691167  normal  0.0129962 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1965  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.66 
 
 
347 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1932  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.11 
 
 
353 aa  125  9e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.589078 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1488  GDP-mannose 4,6-dehydratase  29.22 
 
 
349 aa  125  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2839  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.43 
 
 
333 aa  124  3e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2434  GDP-mannose 4,6-dehydratase  26.67 
 
 
347 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.186201  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2295  GDP-mannose 4,6-dehydratase  26.67 
 
 
347 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0502351  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1709  GDP-mannose 4,6-dehydratase  26.67 
 
 
347 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0269381  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1868  GDP-mannose 4,6-dehydratase  26.67 
 
 
347 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.350001  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1923  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.78 
 
 
359 aa  122  6e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.578659  normal  0.864029 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1660  GDP-mannose 4,6-dehydratase  26.67 
 
 
347 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0540  GDP-mannose 4,6-dehydratase  26.67 
 
 
347 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2901  GDP-mannose 4,6-dehydratase  28.19 
 
 
361 aa  122  7e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.211748  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>