105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A0110 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007355  Mbar_A0110  50S ribosomal protein L3P  100 
 
 		 337 aa  682    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0001  50S ribosomal protein L3P  66.77 
 
 		 337 aa  486  1e-136  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0115454  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2253  50S ribosomal protein L3P  58.16 
 
 		 337 aa  394  1e-108  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  unclonable  0.0000000000233811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0442  50S ribosomal protein L3P  56.38 
 
 		 337 aa  384  1e-105  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00631361  normal  0.320791 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0532  50S ribosomal protein L3P  54.3 
 
 		 337 aa  380  1e-104  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.576221 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0564  50S ribosomal protein L3P  57.86 
 
 		 337 aa  376  1e-103  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.415651  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1728  50S ribosomal protein L3P  54.73 
 
 		 335 aa  355  5.999999999999999e-97  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0081  50S ribosomal protein L3P  51.2 
 
 		 333 aa  338  8e-92  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.123311 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2218  ribosomal protein L3  48.53 
 
 		 339 aa  337  9.999999999999999e-92  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2449  50S ribosomal protein L3P  48.08 
 
 		 338 aa  337  1.9999999999999998e-91  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0210  ribosomal protein L3  48.09 
 
 		 340 aa  334  1e-90  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1828  50S ribosomal protein L3P  46.9 
 
 		 338 aa  333  3e-90  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.752407 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0857  50S ribosomal protein L3P  49.85 
 
 		 334 aa  332  8e-90  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.603922  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2292  50S ribosomal protein L3P  46.31 
 
 		 338 aa  328  8e-89  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0033  50S ribosomal protein L3P  48.65 
 
 		 334 aa  320  3e-86  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.555828  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0791  50S ribosomal protein L3P  48.49 
 
 		 334 aa  318  6e-86  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.106931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1127  50S ribosomal protein L3P  48.49 
 
 		 334 aa  318  6e-86  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0807  50S ribosomal protein L3P  48.2 
 
 		 333 aa  318  1e-85  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1521  ribosomal protein L3  48.27 
 
 		 340 aa  313  2.9999999999999996e-84  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0000186989  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1796  50S ribosomal protein L3P  41 
 
 		 342 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.483338  normal  0.601736 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1583  50S ribosomal protein L3P  41 
 
 		 338 aa  246  6e-64  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0317  50S ribosomal protein L3P  43.61 
 
 		 347 aa  242  7.999999999999999e-63  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0230  50S ribosomal protein L3P  42.99 
 
 		 334 aa  240  2e-62  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0091  50S ribosomal protein L3P  42.14 
 
 		 341 aa  238  1e-61  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000000432349  hitchhiker  0.00000658147 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0813  50S ribosomal protein L3P  40.95 
 
 		 338 aa  236  5.0000000000000005e-61  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1778  ribosomal protein L3  40.63 
 
 		 351 aa  231  1e-59  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.890936  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0809  50S ribosomal protein L3P  37.27 
 
 		 331 aa  231  2e-59  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.5331 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2046  50S ribosomal protein L3P  41.27 
 
 		 338 aa  229  7e-59  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.998273 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_23838  Ribosomal protein L3, component of cytosolic 80S ribosome and 60S large subunit  34.82 
 
 		 386 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK02240  large subunit ribosomal protein L3, putative  32.55 
 
 		 390 aa  167  2e-40  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_13361  predicted protein  31.34 
 
 		 389 aa  167  2e-40  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06202  60S ribosomal protein L3 [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV31]  30.88 
 
 		 392 aa  162  7e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.123441  normal  0.683069 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_88844  60S large subunit ribosomal protein L3.e  30.05 
 
 		 389 aa  162  8.000000000000001e-39  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.0000473174 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0226  ribosomal protein L3  25.61 
 
 		 216 aa  54.7  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl123  50S ribosomal protein L3  26.12 
 
 		 238 aa  52.4  0.00001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  9.499549999999999e-37  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5070  50S ribosomal protein L3  27.91 
 
 		 239 aa  50.8  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.621506 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01170  50S ribosomal protein L3  27.56 
 
 		 211 aa  50.1  0.00005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000794381  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  24.73 
 
 		 216 aa  50.1  0.00005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3435  50S ribosomal protein L3  24.11 
 
 		 218 aa  50.1  0.00005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03980  LSU ribosomal protein L3P  24.01 
 
 		 213 aa  49.7  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0580  50S ribosomal protein L3  28.99 
 
 		 245 aa  49.3  0.00009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1908  50S ribosomal protein L3  30.23 
 
 		 251 aa  49.3  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.0000666211  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1067  50S ribosomal protein L3  27.82 
 
 		 211 aa  48.5  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000374639  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5124  50S ribosomal protein L3  25.7 
 
 		 216 aa  48.5  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1614  50S ribosomal protein L3  25.82 
 
 		 256 aa  48.5  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0353  50S ribosomal protein L3  29.46 
 
 		 246 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1123  ribosomal protein L3  25.09 
 
 		 220 aa  48.1  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34483  predicted protein  27.48 
 
 		 262 aa  47.4  0.0003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.0000711163 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0111  50S ribosomal protein L3  31.01 
 
 		 211 aa  47.8  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000151121  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0696  50S ribosomal protein L3  26.47 
 
 		 223 aa  47.4  0.0004  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.372092  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1264  50S ribosomal protein L3  22.89 
 
 		 224 aa  47.4  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00436289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2218  50S ribosomal protein L3  29.46 
 
 		 241 aa  47.4  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0562  50S ribosomal protein L3  23.21 
 
 		 218 aa  47  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3667  50S ribosomal protein L3  27.27 
 
 		 241 aa  47  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6721  50S ribosomal protein L3  27.14 
 
 		 243 aa  47  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2295  50S ribosomal protein L3  26.57 
 
 		 241 aa  47  0.0005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.208752 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2399  50S ribosomal protein L3  27.22 
 
 		 209 aa  46.6  0.0005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000824684  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1555  ribosomal protein L3  31.01 
 
 		 210 aa  47  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00791107  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2818  50S ribosomal protein L3  30.53 
 
 		 257 aa  46.6  0.0006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.469348 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2714  50S ribosomal protein L3  26.44 
 
 		 209 aa  46.6  0.0006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000231855  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3297  50S ribosomal protein L3  24.83 
 
 		 217 aa  46.6  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000000538385  hitchhiker  0.0000807722 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2950  50S ribosomal protein L3  24.83 
 
 		 217 aa  46.6  0.0006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  unclonable  0.000000276942  decreased coverage  0.000000134206 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2123  50S ribosomal protein L3  28.68 
 
 		 246 aa  46.6  0.0007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.361866 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2857  50S ribosomal protein L3  30 
 
 		 210 aa  45.4  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.918611  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1364  50S ribosomal protein L3  26.77 
 
 		 247 aa  45.4  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.803937  normal  0.394003 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1249  50S ribosomal protein L3  30.53 
 
 		 251 aa  45.8  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1545  50S ribosomal protein L3  26.77 
 
 		 241 aa  45.8  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_6632  Putative mitochondrial ribosomal protein L3  27.86 
 
 		 211 aa  45.8  0.001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0234782  hitchhiker  0.000000645255 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3328  50S ribosomal protein L3  27.48 
 
 		 211 aa  45.4  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000332976 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0701  50S ribosomal protein L3  31.58 
 
 		 210 aa  45.4  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000481863  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0767  ribosomal protein L3  27.44 
 
 		 236 aa  44.7  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.357159  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3448  50S ribosomal protein L3  26.77 
 
 		 243 aa  45.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.925386 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3184  50S ribosomal protein L3  26.57 
 
 		 241 aa  45.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1765  50S ribosomal protein L3  27.48 
 
 		 209 aa  45.1  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000837732  normal  0.643205 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05715  50S ribosomal protein L3  28.15 
 
 		 205 aa  44.7  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.499117  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2162  50S ribosomal protein L3  27.91 
 
 		 246 aa  45.4  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.38334 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf444  50S ribosomal protein L3  29.46 
 
 		 272 aa  44.7  0.002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0933  50S ribosomal protein L3  27.48 
 
 		 211 aa  45.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00137042  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2440  50S ribosomal protein L3  27.91 
 
 		 246 aa  45.4  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.346218  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0587  ribosomal protein L3  27.66 
 
 		 219 aa  45.1  0.002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.295272  normal  0.46094 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2711  50S ribosomal protein L3  27.56 
 
 		 211 aa  44.7  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000399657  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3667  50S ribosomal protein L3  24.64 
 
 		 211 aa  44.3  0.003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000330884  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0758  50S ribosomal protein L3  27.14 
 
 		 212 aa  44.3  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000233446  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1745  50S ribosomal protein L3  28.79 
 
 		 210 aa  44.3  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000981122  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4343  50S ribosomal protein L3  28.68 
 
 		 206 aa  44.3  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0239943  normal  0.123527 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2646  50S ribosomal protein L3  30 
 
 		 216 aa  43.9  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2257  50S ribosomal protein L3  25.41 
 
 		 209 aa  43.9  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000117498  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1946  50S ribosomal protein L3  26.81 
 
 		 227 aa  43.9  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0422  50S ribosomal protein L3  28.68 
 
 		 209 aa  43.9  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000195061  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20870  LSU ribosomal protein L3P  24.83 
 
 		 219 aa  43.9  0.004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.235842  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0842  ribosomal protein L3  26.29 
 
 		 210 aa  43.9  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1086  LSU ribosomal protein L3P  24 
 
 		 217 aa  43.9  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.10406 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0256  50S ribosomal protein L3  26.95 
 
 		 227 aa  43.5  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.00000000172376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3179  50S ribosomal protein L3  23.76 
 
 		 216 aa  43.1  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000128128  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0981  ribosomal protein L3  25.95 
 
 		 215 aa  43.5  0.006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.843676  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17160  50S ribosomal protein L3  23.94 
 
 		 216 aa  43.1  0.006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.283771  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1615  ribosomal protein L3  28.91 
 
 		 205 aa  43.1  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0626  50S ribosomal protein L3  29.71 
 
 		 210 aa  43.1  0.007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000331463  hitchhiker  0.000000000000331617 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6614  ribosomal protein L3  23.51 
 
 		 216 aa  43.1  0.008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0255  50S ribosomal protein L3  25.98 
 
 		 216 aa  42.7  0.008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>