More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA2357 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA2357  50S ribosomal protein L6  100 
 
 
177 aa  352  2e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.700236  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0420  50S ribosomal protein L6  64.41 
 
 
176 aa  229  2e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0146795  normal  0.235995 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0852  50S ribosomal protein L6  63.28 
 
 
177 aa  226  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0115405  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09000  50S ribosomal protein L6  63.28 
 
 
177 aa  226  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000131703  normal  0.1847 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0469  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 
177 aa  222  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000206818  hitchhiker  0.00000293736 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4734  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 
177 aa  222  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000597715  normal  0.617382 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0502  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 
177 aa  222  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000123092  normal  0.096722 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0499  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 
177 aa  222  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000356471  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3894  50S ribosomal protein L6  61.58 
 
 
177 aa  222  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000000149542  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2309  ribosomal protein L6  63.28 
 
 
177 aa  221  4.9999999999999996e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5064  50S ribosomal protein L6  61.58 
 
 
177 aa  220  8e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000965255  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4533  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 
177 aa  219  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000653047  normal  0.0640617 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0310  50S ribosomal protein L6  60.45 
 
 
177 aa  218  3.9999999999999997e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000340261  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0641  ribosomal protein L6  59.32 
 
 
177 aa  216  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000196267  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3323  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 
177 aa  214  5e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00060748  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2309  ribosomal protein L6  60.67 
 
 
178 aa  213  9.999999999999999e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000583709  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2154  ribosomal protein L6  60.45 
 
 
176 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0509532  normal  0.345883 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0782  ribosomal protein L6  56.5 
 
 
177 aa  211  3.9999999999999995e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000462697  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0473  50S ribosomal protein L6  60.45 
 
 
177 aa  211  5.999999999999999e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0334  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 
176 aa  209  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000427572  unclonable  0.0000000488908 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4529  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 
177 aa  208  3e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000152303  hitchhiker  0.000162155 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3899  50S ribosomal protein L6  58.76 
 
 
177 aa  208  3e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139368  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0598  50S ribosomal protein L6  58.76 
 
 
177 aa  208  3e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000013887  normal  0.735029 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0298  50S ribosomal protein L6  58.76 
 
 
177 aa  208  3e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000138851  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0843  50S ribosomal protein L6  55.93 
 
 
177 aa  207  6e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.602028  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0734  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 
177 aa  207  8e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000390696  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0512  50S ribosomal protein L6  58.66 
 
 
174 aa  205  3e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000124699  unclonable  0.0000000000161683 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0342  50S ribosomal protein L6  58.66 
 
 
174 aa  205  3e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.202734  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3053  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 
176 aa  204  4e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000512294  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0338  ribosomal protein L6  57.06 
 
 
175 aa  204  4e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000585971  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3302  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 
177 aa  202  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.207153  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0075  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 
177 aa  203  1e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0536854  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0264  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 
176 aa  203  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000279479  hitchhiker  0.0041278 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03156  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  202  2e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000273178  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0408  ribosomal protein L6 signature 1  57.63 
 
 
177 aa  202  2e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000001181  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4628  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  202  2e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000296835  normal  0.936677 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3600  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  202  2e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00731053  normal  0.0167726 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0408  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  202  2e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000304254  hitchhiker  0.00000262117 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03107  hypothetical protein  57.63 
 
 
177 aa  202  2e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000133235  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3499  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  202  2e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000406274  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3788  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  202  2e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000156973  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3690  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  202  2e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000170909  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2617  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
176 aa  202  3e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00663642  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3154  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
176 aa  202  3e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0206863  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3761  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
176 aa  202  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0024508  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3493  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
176 aa  202  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.393113  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3789  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
176 aa  202  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1939  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
176 aa  202  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0207492  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3731  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
176 aa  202  3e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000218121  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4041  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 
177 aa  201  4e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000805939  unclonable  0.00000000000307302 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3164  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 
177 aa  201  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000424619  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0420  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  201  4e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00669543  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4155  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 
177 aa  201  4e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000600192  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0211  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 
177 aa  201  4e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000116546  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0215  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 
177 aa  201  4e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000103444  hitchhiker  0.000114271 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0974  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 
177 aa  200  7e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000234587  hitchhiker  0.00000109608 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4261  50S ribosomal protein L6  55.93 
 
 
177 aa  200  7e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000121964  unclonable  0.00000000000281926 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1004  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 
177 aa  200  9e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00326754  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3621  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 
177 aa  199  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0403056  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3694  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 
177 aa  199  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0880192  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3729  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 
177 aa  199  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0348679 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0068  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 
177 aa  199  9.999999999999999e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00100116  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3621  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 
177 aa  199  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000291027  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0294  50S ribosomal protein L6P  55.93 
 
 
177 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000550047  hitchhiker  0.00000213592 
 
 
 
NC_010531  Pnec_0065  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 
177 aa  200  9.999999999999999e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000654167  hitchhiker  0.0000000000000139653 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0342  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 
176 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0157965  normal  0.0125773 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2744  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 
176 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000130297  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0363  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 
176 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000934657  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0291  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 
176 aa  198  3e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000875703  normal  0.0218003 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0282  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 
176 aa  198  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00574931  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1037  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 
177 aa  197  5e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000958163  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0771  50S ribosomal protein L6  59.09 
 
 
174 aa  197  5e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.787291  normal  0.0130716 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3462  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 
176 aa  197  5e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000287307  decreased coverage  0.00473222 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0338  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 
177 aa  197  5e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000132809  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0214  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  197  5e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000010053  hitchhiker  0.00000000158568 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3792  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 
177 aa  197  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.274379  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0246  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  197  6e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0388  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 
177 aa  197  6e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0000757352  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0396  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 
177 aa  197  6e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0491976  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3986  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 
177 aa  197  6e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0087686  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3744  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  197  7e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000640948  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0214  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  197  7e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000958159  unclonable  0.0000000000152518 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0209  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  197  7e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000225303  hitchhiker  0.00711343 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3807  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  197  7.999999999999999e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000515876  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0509  50S ribosomal protein L6  57.95 
 
 
175 aa  197  7.999999999999999e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.910827  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3282  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 
177 aa  197  9e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000490691  hitchhiker  0.00000852439 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2824  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 
176 aa  196  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0379678  normal  0.19351 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3736  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  196  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000312741  decreased coverage  0.00108821 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06400  50S ribosomal protein L6  63.58 
 
 
152 aa  196  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0011591  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0448  50S ribosomal protein L6  57.95 
 
 
175 aa  196  2.0000000000000003e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.935491  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2935  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 
177 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0214974  hitchhiker  0.00000101172 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1839  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 
178 aa  195  3e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00953  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  195  3e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0734749  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0436  50S ribosomal protein L6P  55.06 
 
 
176 aa  195  3e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0157307  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0352  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 
178 aa  195  3e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000344085  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3428  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 
177 aa  194  6e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.195445 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3004  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 
177 aa  194  7e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0215907  normal  0.0568797 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3934  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 
177 aa  194  7e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0329  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 
176 aa  193  9e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00323508  decreased coverage  0.00332979 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0228  50S ribosomal protein L6  55.93 
 
 
177 aa  192  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000431714  unclonable  0.00000804298 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>