More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03231 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03231  type IV pilin  100 
 
 		 141 aa  277  3e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0578635  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3344  prepilin-type cleavage/methylation  63.77 
 
 		 148 aa  177  4.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.62769  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4444  type IV pilin  45.22 
 
 		 160 aa  126  9.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0927  type IV pilus biogenesis protein  51.8 
 
 		 142 aa  100  7e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0478  prepilin peptidase dependent protein D  44.93 
 
 		 134 aa  96.7  9e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183909  normal  0.878303 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0799  fimbrial protein pilin  45.74 
 
 		 139 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0744296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0370  prepilin-type cleavage/methylation  51.32 
 
 		 157 aa  92.8  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000439379  unclonable  0.00000838241 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12104  fimbrial protein  49.49 
 
 		 165 aa  84  7e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246946  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3604  methylation site containing protein  44.23 
 
 		 150 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0981563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0472  fimbrial protein pilin  39.71 
 
 		 182 aa  82.4  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.877435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0477  prepilin-type cleavage/methylation  52.13 
 
 		 148 aa  82.4  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.695821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4674  methylation  60.53 
 
 		 169 aa  80.5  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.953976  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1265  methylation  68.85 
 
 		 160 aa  80.5  0.000000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00964428  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0480  pilin subfamily protein  59.7 
 
 		 174 aa  79.7  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0476  methylation site containing protein  64.91 
 
 		 141 aa  79.7  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.991113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2680  fimbrial protein pilin  47.69 
 
 		 169 aa  80.1  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0726827  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0864  pilin  51.72 
 
 		 163 aa  79  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484071 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4040  fimbrial protein pilin  43.55 
 
 		 178 aa  77.4  0.00000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002546  type IV pilin PilA  59.46 
 
 		 157 aa  77  0.00000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.790868  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1510  fimbrial protein  42.96 
 
 		 138 aa  77  0.00000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000000690325  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5185  protein involved in methylation  66.1 
 
 		 174 aa  76.6  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0558  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  62.71 
 
 		 168 aa  75.9  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.791178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2540  general secretion pathway protein H  44.96 
 
 		 147 aa  75.5  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.13206  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4782  Tfp pilus assembly protein  71.15 
 
 		 179 aa  74.7  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58730  type IV pilin structural subunit  44.8 
 
 		 179 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279942  normal  0.457351 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0485  fimbrial protein pilin  72 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4679  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  67.27 
 
 		 168 aa  73.9  0.0000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0065  pilin  62.5 
 
 		 170 aa  73.9  0.0000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1889  hypothetical protein  43.85 
 
 		 137 aa  73.6  0.0000000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0240  pilus assembly protein major pilin PilA  47.45 
 
 		 139 aa  73.2  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0628338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0414  methylation site containing protein  53.25 
 
 		 148 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0478  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  69.39 
 
 		 169 aa  72  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.322644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3387  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  57.35 
 
 		 196 aa  72.8  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.437334  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2449  Fimbrial protein pilin  41.18 
 
 		 162 aa  71.6  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000426279  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3388  methylation  44.76 
 
 		 138 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1828  fimbrial protein pilin  47.22 
 
 		 170 aa  70.5  0.000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.10224  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  54.17 
 
 		 141 aa  70.5  0.000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5161  type IV pilin structural subunit  40.27 
 
 		 179 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0250  fimbrial subunit  50.79 
 
 		 152 aa  70.1  0.00000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0333044  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3946  fimbrial protein pilin  72.92 
 
 		 169 aa  68.9  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129399 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3945  fimbrial protein pilin  66.04 
 
 		 166 aa  69.3  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.373423  hitchhiker  0.00130999 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0652  putative major pilin subunit  36.84 
 
 		 145 aa  68.2  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1878  hypothetical protein  41.98 
 
 		 137 aa  68.2  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3944  fimbrial protein pilin  64.15 
 
 		 166 aa  67.8  0.00000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.736158  hitchhiker  0.00123211 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00107  predicted major pilin subunit  35.78 
 
 		 146 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.686894  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3494  putative major pilin subunit  35.78 
 
 		 146 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00106  hypothetical protein  35.78 
 
 		 146 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4819  general secretion pathway protein H  46.55 
 
 		 138 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.80083  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0110  putative major pilin subunit  35.78 
 
 		 146 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000976692  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3551  putative major pilin subunit  35.78 
 
 		 146 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3896  Fimbrial protein pilin  44.25 
 
 		 133 aa  67.4  0.00000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0111  putative major pilin subunit  35.78 
 
 		 146 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.273778  normal  0.482641 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0114  putative major pilin subunit  35.78 
 
 		 146 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00878541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1950  type 4 major prepilin protein  43.36 
 
 		 140 aa  67  0.00000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0248  type IV-A pilin protein PilA  43.36 
 
 		 140 aa  67  0.00000000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0557  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  42.61 
 
 		 173 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3356  fimbrial protein pilin: general secretion pathway protein H  61.02 
 
 		 137 aa  66.6  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.669833  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  52.31 
 
 		 167 aa  66.2  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2126  methylation  39.34 
 
 		 146 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.196428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0421  methylation site containing protein  55.38 
 
 		 142 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000175547  normal  0.0256712 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0241  pilus assembly protein major pilin PilA  44.29 
 
 		 137 aa  65.9  0.0000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0389135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0157  putative major pilin subunit  50 
 
 		 145 aa  65.5  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0164  putative major pilin subunit  37.01 
 
 		 145 aa  65.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.268979  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0156  putative major pilin subunit  50 
 
 		 145 aa  65.5  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0314  general secretion pathway protein  42.19 
 
 		 147 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0158  putative major pilin subunit  50 
 
 		 145 aa  65.5  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.320147 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0161  putative major pilin subunit  50 
 
 		 145 aa  65.5  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0627  putative major pilin subunit  30.88 
 
 		 147 aa  65.1  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3370  putative major pilin subunit  32.64 
 
 		 154 aa  65.5  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.981789  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3918  methylation site containing protein  48.15 
 
 		 143 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000265425  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3498  putative major pilin subunit  32.64 
 
 		 154 aa  65.5  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1041  putative major pilin subunit  32.64 
 
 		 154 aa  65.5  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.131052 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1999  fimbrial protein  44.32 
 
 		 153 aa  64.7  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0656  general secretion pathway protein H  35.71 
 
 		 199 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0417  pilin, putative  53.85 
 
 		 138 aa  63.9  0.0000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2629  type IV pilus subunit PilA  38.33 
 
 		 138 aa  64.3  0.0000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0461  fimbrial protein precursor PilE (MS11 antigen)  45.98 
 
 		 167 aa  63.5  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.653734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5973  general secretion pathway protein H  31.39 
 
 		 198 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0600966 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0864  peptidase S49, protease IV  45.86 
 
 		 139 aa  62.4  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2675  general secretion pathway protein H  32.24 
 
 		 198 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0677  putative type IV fimbrial pilin protein  33.1 
 
 		 207 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2035  hypothetical protein  32.24 
 
 		 198 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2646  hypothetical protein  32.24 
 
 		 198 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0634  fimbrial protein pilin  46.15 
 
 		 136 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0675  fimbrial protein pilin  46.15 
 
 		 136 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0357739 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2567  general secretion pathway protein H  30.71 
 
 		 198 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3289  putative type IV fimbrial pilin protein  32.59 
 
 		 207 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0548  hypothetical protein  46.67 
 
 		 169 aa  61.2  0.000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3575  putative major pilin subunit  50.94 
 
 		 148 aa  61.2  0.000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.270372  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2693  general secretion pathway protein H  30.71 
 
 		 198 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.289926  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  39.55 
 
 		 133 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0467  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  67.5 
 
 		 171 aa  61.2  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.568157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3031  methylation site containing protein  61.7 
 
 		 133 aa  61.2  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4155  fimbiral protein PilA  32.89 
 
 		 188 aa  60.5  0.000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.614605  normal  0.158719 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0807  hypothetical protein  43.37 
 
 		 182 aa  60.5  0.000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000505152 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3385  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  50.91 
 
 		 199 aa  60.5  0.000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0477  putative type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  67.5 
 
 		 173 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0748911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0680  fimbrial protein pilin  57.41 
 
 		 136 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0475  fimbrial protein pilin  69.23 
 
 		 139 aa  59.7  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0780  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  43.48 
 
 		 157 aa  60.1  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>