More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02668 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02668  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 231 aa  471  1e-132  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.687867  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  65.65 
 
 		 301 aa  325  3e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  61.5 
 
 		 301 aa  291  5e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  53.71 
 
 		 297 aa  268  7e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 324 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  44.69 
 
 		 302 aa  213  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 310 aa  211  9e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 313 aa  207  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 313 aa  205  6e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 313 aa  204  7e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  42.92 
 
 		 313 aa  203  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  43.61 
 
 		 317 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  43.17 
 
 		 318 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 316 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 316 aa  193  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 316 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1847  LysR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 310 aa  191  9e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  41.74 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  41.74 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  39.91 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1437  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.22 
 
 		 293 aa  186  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  39.56 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 310 aa  183  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3081  transcriptional regulator, LysR family  41.33 
 
 		 307 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.666211  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 309 aa  180  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1254  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 307 aa  177  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.24 
 
 		 306 aa  176  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 306 aa  176  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2938  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.82 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.623506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 305 aa  176  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1111  carbonate dehydratase  39.57 
 
 		 305 aa  175  4e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.45 
 
 		 302 aa  173  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 298 aa  173  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.02 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1718  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.239052 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 294 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.5 
 
 		 304 aa  165  5e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0254  LysR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 296 aa  165  5.9999999999999996e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.193331  normal  0.129991 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 294 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 296 aa  164  8e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 301 aa  164  9e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 294 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 303 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1277  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 299 aa  163  2.0000000000000002e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.927239  normal  0.188653 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 299 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  37.66 
 
 		 297 aa  162  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 299 aa  162  3e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  36.32 
 
 		 299 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 301 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 301 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 299 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 293 aa  162  6e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 304 aa  161  7e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4627  transcriptional regulator, LysR family  36.56 
 
 		 301 aa  161  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0397296  normal  0.257134 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 293 aa  161  7e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 347 aa  161  9e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 293 aa  160  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 301 aa  160  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3552  LysR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 428 aa  160  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.313254 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 335 aa  160  1e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 291 aa  159  3e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.29 
 
 		 299 aa  159  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  33.62 
 
 		 290 aa  159  3e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 292 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 289 aa  159  4e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 292 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 292 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06494  transcriptional regulator  34.63 
 
 		 301 aa  159  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  36.2 
 
 		 292 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 303 aa  158  6e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000622  transcriptional regulator  35.5 
 
 		 311 aa  158  6e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 301 aa  158  7e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.27 
 
 		 289 aa  158  9e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 320 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 298 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 324 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  35.29 
 
 		 349 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 302 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 302 aa  157  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 349 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 320 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 304 aa  157  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1591  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 313 aa  157  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.245083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 320 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2774  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 298 aa  157  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446959 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  35.68 
 
 		 301 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 302 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 302 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  35.16 
 
 		 290 aa  156  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0952  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 317 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 298 aa  156  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>