50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02554 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_02554  SeqA protein  100 
 
 
272 aa  546  1e-154  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0871258  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004121  SeqA protein  53 
 
 
180 aa  130  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000487396  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01344  replication initiation regulator SeqA  52 
 
 
180 aa  125  8.000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1580  replication initiation regulator SeqA  33.2 
 
 
200 aa  123  4e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2055  replication initiation regulator SeqA  33.71 
 
 
202 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.241153  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1682  replication initiation regulator SeqA  37.04 
 
 
177 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000781212  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1914  replication initiation regulator SeqA  33.88 
 
 
208 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000265727  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1986  replication initiation regulator SeqA  35.86 
 
 
253 aa  106  5e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.117321  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2199  negative regulator of replication initiation  40.71 
 
 
174 aa  97.8  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721906  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2333  replication initiation regulator SeqA  40.77 
 
 
180 aa  97.4  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0410571  hitchhiker  0.000239725 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1921  replication initiation regulator SeqA  41.73 
 
 
176 aa  96.7  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.585982  unclonable  0.00000206071 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0563  replication initiation regulator SeqA  32.65 
 
 
181 aa  96.7  4e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000098349  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0709  replication initiation regulator SeqA  32.65 
 
 
181 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101923  normal  0.345137 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2969  replication initiation regulator SeqA  32.65 
 
 
181 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000142813  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0715  replication initiation regulator SeqA  32.65 
 
 
181 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000619377  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0734  replication initiation regulator SeqA  32.65 
 
 
181 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.42631e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00635  hypothetical protein  32.65 
 
 
181 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000205585  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2950  SeqA family protein  32.65 
 
 
181 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.58236e-16  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00644  regulatory protein for replication initiation  32.65 
 
 
181 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000370073  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0782  replication initiation regulator SeqA  31.97 
 
 
181 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000736728  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1098  replication initiation regulator SeqA  31.37 
 
 
175 aa  95.9  6e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.2385e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2274  replication initiation regulator SeqA  37.86 
 
 
179 aa  95.9  6e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00129565  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1705  replication initiation regulator SeqA  48 
 
 
191 aa  95.9  6e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0028436  normal  0.0239338 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0838  replication initiation regulator SeqA  38 
 
 
180 aa  95.5  9e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1151  replication initiation regulator SeqA  30.72 
 
 
175 aa  94  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000155499  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3573  replication initiation regulator SeqA  30.72 
 
 
175 aa  92.4  7e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000151085  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1240  replication initiation regulator SeqA  35.45 
 
 
179 aa  92  8e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000083221  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1202  replication initiation regulator SeqA  32.19 
 
 
228 aa  92  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000402071  hitchhiker  0.000209881 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0805  replication initiation regulator SeqA  32.73 
 
 
180 aa  91.3  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000154437  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0757  replication initiation regulator SeqA  32.73 
 
 
180 aa  91.3  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000179202  normal  0.272419 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0818  replication initiation regulator SeqA  32.73 
 
 
180 aa  91.3  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000543337  normal  0.225006 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0854  replication initiation regulator SeqA  32.73 
 
 
180 aa  91.3  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000027023  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0744  replication initiation regulator SeqA  32.73 
 
 
180 aa  91.3  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000288551  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1211  replication initiation regulator SeqA  32.87 
 
 
178 aa  90.1  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000726719  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4512  replication initiation regulator SeqA  46.74 
 
 
180 aa  90.5  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2226  replication initiation regulator SeqA  46.74 
 
 
180 aa  90.5  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000294643  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2934  SeqA family protein  34.55 
 
 
179 aa  89.7  4e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2145  replication initiation regulator SeqA  46.74 
 
 
180 aa  89.7  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000724209  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2239  replication initiation regulator SeqA  46.74 
 
 
180 aa  89.7  4e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000611816  hitchhiker  0.000000000629682 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2195  replication initiation regulator SeqA  46.74 
 
 
180 aa  89.7  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000519176  unclonable  0.00000365361 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1122  SeqA family protein  32.73 
 
 
176 aa  88.6  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.43168  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3120  replication initiation regulator SeqA  32.73 
 
 
178 aa  88.6  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000215829  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2335  replication initiation regulator SeqA  40.22 
 
 
183 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1208  replication initiation regulator SeqA  39.39 
 
 
204 aa  84  0.000000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2135  replication initiation regulator SeqA  33.58 
 
 
183 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00104581  decreased coverage  0.00000741326 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2032  replication initiation regulator SeqA  33.33 
 
 
183 aa  82.4  0.000000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000189513  hitchhiker  0.000121556 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1943  replication initiation regulator SeqA  33.33 
 
 
183 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000703292  hitchhiker  0.00169881 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1881  replication initiation regulator SeqA  37.4 
 
 
185 aa  77  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000742914  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0878  regulatory protein for replication initiation in SeqA family protein  25.62 
 
 
207 aa  56.6  0.0000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.553189  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2023  hypothetical protein  28.57 
 
 
168 aa  44.7  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.205777  normal  0.0399301 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>