165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01179 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_01179  putative periplasmic protein  100 
 
 
410 aa  851    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.383601  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0096  peptidoglycan binding domain-containing protein  35.22 
 
 
559 aa  240  2.9999999999999997e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06430  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  38.18 
 
 
547 aa  229  9e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1895  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  34.36 
 
 
565 aa  228  1e-58  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0937127  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2893  hypothetical protein  37.54 
 
 
563 aa  223  4.9999999999999996e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.724025  normal  0.0200907 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2894  peptidoglycan binding domain-containing protein  37.88 
 
 
560 aa  217  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0428751  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1327  hypothetical protein  37.54 
 
 
512 aa  213  5.999999999999999e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.592833  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1790  hypothetical protein  32.75 
 
 
563 aa  211  1e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2095  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  33.92 
 
 
566 aa  211  2e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.683622 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2146  peptidoglycan binding domain-containing protein  35.74 
 
 
558 aa  209  5e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.582459  normal  0.0836133 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1831  peptidoglycan binding domain-containing protein  36 
 
 
542 aa  207  2e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.809625 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1889  peptidoglycan binding domain-containing protein  35.09 
 
 
558 aa  206  6e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.362103 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0313  hypothetical protein  31.57 
 
 
546 aa  206  7e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000890514 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2109  hypothetical protein  36.12 
 
 
502 aa  205  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1898  peptidoglycan binding domain-containing protein  38.25 
 
 
521 aa  205  1e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2470  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  30.87 
 
 
549 aa  204  3e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.238543  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2395  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.25 
 
 
525 aa  202  6e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.315438  normal  0.0441683 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2069  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  31.67 
 
 
560 aa  202  7e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.118953  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1931  peptidoglycan binding domain-containing protein  38.25 
 
 
521 aa  202  7e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1075  hypothetical protein  37.5 
 
 
598 aa  202  8e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.023264  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2392  peptidoglycan binding domain-containing protein  34.81 
 
 
560 aa  202  8e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.937016 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1660  hypothetical protein  34.28 
 
 
563 aa  202  9.999999999999999e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1780  hypothetical protein  34.21 
 
 
576 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0104141  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2320  peptidoglycan binding domain-containing protein  35.1 
 
 
560 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2153  peptidoglycan binding domain-containing protein  33.24 
 
 
461 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0179987  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1924  peptidoglycan binding domain-containing protein  37.89 
 
 
521 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0712521  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1133  twin-arginine translocation pathway signal  34.68 
 
 
419 aa  199  9e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1899  hypothetical protein  35.54 
 
 
571 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1892  peptidoglycan binding domain-containing protein  34.95 
 
 
484 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.313593  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1632  hypothetical protein  31.88 
 
 
564 aa  198  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02710  hypothetical protein  33.62 
 
 
530 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2774  hypothetical protein  36.27 
 
 
546 aa  196  6e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.299675  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1416  peptidoglycan binding domain-containing protein  36.27 
 
 
546 aa  196  6e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.648865 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2142  peptidoglycan binding domain-containing protein  31.22 
 
 
563 aa  195  1e-48  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.79447  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2052  hypothetical protein  34.04 
 
 
575 aa  195  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.183791  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1726  hypothetical protein  34.32 
 
 
613 aa  195  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.131487  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2563  hypothetical protein  34.33 
 
 
618 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0593956  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1973  hypothetical protein  34.33 
 
 
596 aa  194  2e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.221768  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2654  hypothetical protein  34.33 
 
 
618 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.334629  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003127  L,D-transpeptidase YcbB  36.68 
 
 
513 aa  194  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00544147  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1936  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  32.9 
 
 
599 aa  194  3e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.659537  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1035  peptidoglycan binding domain-containing protein  36.27 
 
 
544 aa  193  4e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2377  hypothetical protein  34.15 
 
 
483 aa  193  4e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316864  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0941  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.13 
 
 
549 aa  192  8e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2451  peptidoglycan binding domain-containing protein  33.33 
 
 
465 aa  192  8e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000544854  normal  0.511504 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1828  peptidoglycan binding domain-containing protein  34.59 
 
 
458 aa  192  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0125895  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1674  peptidoglycan binding domain-containing protein  33.63 
 
 
560 aa  191  2e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.68179  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1444  hypothetical protein  33.77 
 
 
607 aa  190  4e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.354174  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1619  hypothetical protein  34.44 
 
 
536 aa  189  5.999999999999999e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.193231 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1003  hypothetical protein  35.15 
 
 
554 aa  189  7e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1957  peptidoglycan binding domain-containing protein  32.87 
 
 
451 aa  187  3e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.732042  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0887  hypothetical protein  33.02 
 
 
524 aa  186  7e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00102683  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2903  peptidoglycan binding domain-containing protein  31.85 
 
 
399 aa  186  8e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000818135 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1110  hypothetical protein  33.12 
 
 
615 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.360324  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1028  hypothetical protein  33.12 
 
 
615 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0304813 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1501  peptidoglycan binding domain-containing protein  35.71 
 
 
498 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1001  hypothetical protein  32.89 
 
 
615 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.040014  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1093  hypothetical protein  32.89 
 
 
606 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.565365  normal  0.428912 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2145  peptidoglycan binding domain-containing protein  33.67 
 
 
531 aa  184  3e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.535243  normal  0.625753 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00929  predicted carboxypeptidase  34.47 
 
 
615 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.627631  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2718  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.47 
 
 
615 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.51298  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2393  hypothetical protein  34.47 
 
 
615 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.840289  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1218  peptidoglycan binding domain-containing protein  31.47 
 
 
540 aa  184  4.0000000000000006e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135115  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1086  hypothetical protein  34.47 
 
 
611 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0169645  normal  0.732672 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00936  hypothetical protein  34.47 
 
 
615 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.653767  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1032  hypothetical protein  34.47 
 
 
615 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1024  hypothetical protein  34.47 
 
 
615 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0600131  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2671  hypothetical protein  34.47 
 
 
615 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.370742  normal  0.102738 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2195  hypothetical protein  34.47 
 
 
615 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.555237  normal  0.324858 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1060  hypothetical protein  33.12 
 
 
616 aa  183  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2478  hitchhiker  0.00110354 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0952  cell wall degradation protein  28.65 
 
 
656 aa  181  2.9999999999999997e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1767  peptidoglycan binding domain-containing protein  34.64 
 
 
526 aa  180  4e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3909  peptidoglycan binding domain-containing protein  34.58 
 
 
595 aa  180  4e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0227727  normal  0.287079 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2580  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.58 
 
 
629 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.294872 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2224  peptidoglycan binding domain-containing protein  30.29 
 
 
668 aa  178  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0962  hypothetical protein  28.37 
 
 
572 aa  178  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.918601  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3942  hypothetical protein  32.84 
 
 
557 aa  178  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1931  peptidoglycan binding domain-containing protein  33.11 
 
 
556 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4769  peptidoglycan binding domain-containing protein  32.31 
 
 
590 aa  177  3e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.974647  normal  0.95224 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2171  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.87 
 
 
540 aa  177  4e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.388384  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1609  hypothetical protein  30.51 
 
 
410 aa  176  5e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.831254  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4673  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.15 
 
 
540 aa  176  6e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5236  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.31 
 
 
586 aa  176  6e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0586878 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1417  hypothetical protein  30.83 
 
 
568 aa  176  7e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.118077  normal  0.109273 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5311  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  33.15 
 
 
602 aa  176  9e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.901821 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1176  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  33.09 
 
 
433 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0293552  normal  0.0832546 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2531  peptidoglycan binding domain-containing protein  31.44 
 
 
433 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1240  peptidoglycan binding domain-containing protein  31.3 
 
 
535 aa  173  5e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.770213 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1440  peptidoglycan binding domain-containing protein  34.3 
 
 
473 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1265  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.03 
 
 
433 aa  172  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0469401  normal  0.170975 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1612  peptidoglycan binding domain-containing protein  35.46 
 
 
472 aa  172  1e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185448  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3935  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.07 
 
 
534 aa  171  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0444109  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0815  peptidoglycan binding domain-containing protein  34.36 
 
 
443 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.418141  normal  0.712241 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2235  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.23 
 
 
637 aa  170  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.328672 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2112  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.11 
 
 
447 aa  170  5e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2008  peptidoglycan binding domain-containing protein  36.24 
 
 
434 aa  169  7e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1615  cell wall degradation protein  30.77 
 
 
513 aa  168  2e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0912686  normal  0.12409 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2979  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.55 
 
 
648 aa  168  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.32051  normal  0.705599 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2015  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  30.84 
 
 
636 aa  168  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0206  peptidoglycan binding domain-containing protein  33.54 
 
 
625 aa  167  2.9999999999999998e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.350389 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>