123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00387 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_00387  putative metal-binding protein  100 
 
 
172 aa  360  6e-99  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.644994  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00311  putative metal-binding protein  94.19 
 
 
172 aa  344  3e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.53204  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4286  hypothetical protein  54.76 
 
 
171 aa  156  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0248  hypothetical protein  54.76 
 
 
171 aa  156  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1928  MerR family transcriptional regulator  46.1 
 
 
161 aa  154  4e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.634719  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1968  hypothetical protein  53.17 
 
 
171 aa  154  8e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3937  ATP synthase F0, subunit B  45.21 
 
 
168 aa  148  4e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3547  hypothetical protein  50.76 
 
 
192 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000884847  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0709  hypothetical protein  51.18 
 
 
212 aa  146  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.187795 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1837  hypothetical protein  48.82 
 
 
214 aa  145  3e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0757746  normal  0.465801 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1592  hypothetical protein  49.61 
 
 
217 aa  144  8.000000000000001e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.21301  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1344  hypothetical protein  48.03 
 
 
216 aa  144  9e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.259783 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0698  hypothetical protein  48.03 
 
 
212 aa  142  3e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.564854  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00317  transcriptional regulator, MerR family protein  49.12 
 
 
114 aa  127  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1268  hypothetical protein  46.58 
 
 
169 aa  126  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000147715 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1775  protein of unknown function DUF411  42.66 
 
 
162 aa  126  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0856709  normal  0.248389 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0215  hypothetical protein  42.48 
 
 
154 aa  125  3e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0650  hypothetical protein  49.58 
 
 
146 aa  125  4.0000000000000003e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.500455 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1377  protein of unknown function DUF411  47.11 
 
 
160 aa  124  9e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.826285  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0535  hypothetical protein  44.8 
 
 
162 aa  123  1e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0365  RC180  42.47 
 
 
198 aa  122  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2881  periplasmic protein  39.02 
 
 
162 aa  122  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1113  RC180  39.02 
 
 
162 aa  121  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2729  hypothetical protein  39.02 
 
 
162 aa  121  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1259  hypothetical protein  43.48 
 
 
155 aa  121  6e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.233853  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0801  hypothetical protein  46.55 
 
 
144 aa  119  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5104  protein of unknown function DUF411  47.41 
 
 
145 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0385442 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3790  hypothetical protein  51.79 
 
 
149 aa  120  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.656472  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2147  protein of unknown function DUF411  46.28 
 
 
179 aa  120  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.716835  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1155  hypothetical protein  40.13 
 
 
157 aa  117  9e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0574  hypothetical protein  46.22 
 
 
157 aa  115  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0152863  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2261  hypothetical protein  42.52 
 
 
149 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1636  hypothetical protein  45.77 
 
 
160 aa  114  5e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.254762  normal  0.0395738 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5340  protein of unknown function DUF411  44.35 
 
 
163 aa  114  6e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1723  protein of unknown function DUF411  44.35 
 
 
163 aa  114  6e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0065  hypothetical protein  44.07 
 
 
160 aa  113  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.310876 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2533  hypothetical protein  39.84 
 
 
160 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0560  hypothetical protein  45.3 
 
 
150 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3488  hypothetical protein  43.18 
 
 
172 aa  112  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2643  hypothetical protein  47.54 
 
 
151 aa  112  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3675  protein of unknown function DUF411  45 
 
 
155 aa  112  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3534  hypothetical protein  41.48 
 
 
142 aa  112  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1048  protein of unknown function DUF411  41.73 
 
 
153 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1853  hypothetical protein  45.54 
 
 
142 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00728188 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1809  hypothetical protein  42.98 
 
 
205 aa  111  5e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.536973 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2203  hypothetical protein  41.48 
 
 
142 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1668  hypothetical protein  41.94 
 
 
174 aa  110  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.40389 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1808  hypothetical protein  40 
 
 
150 aa  110  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3616  hypothetical protein  38.56 
 
 
152 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0453249  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3954  hypothetical protein  38.56 
 
 
152 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.147787  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1826  hypothetical protein  40.74 
 
 
142 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.202359  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2348  hypothetical protein  43.41 
 
 
160 aa  110  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2562  protein of unknown function DUF411  37.82 
 
 
156 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.157715  normal  0.0179855 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004189  CopG protein  42.47 
 
 
149 aa  109  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3891  twin-arginine translocation pathway signal  45.38 
 
 
154 aa  109  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00492832  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0275  hypothetical protein  45.45 
 
 
156 aa  109  2.0000000000000002e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.286221  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1212  hypothetical protein  41.04 
 
 
177 aa  108  5e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  decreased coverage  0.00298845  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2908  hypothetical protein  44.74 
 
 
182 aa  107  6e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.579881  normal  0.0130755 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0145  CopG protein  40.5 
 
 
149 aa  107  7.000000000000001e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1018  protein of unknown function DUF411  46.55 
 
 
156 aa  107  8.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.452741 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4113  protein of unknown function DUF411  49.12 
 
 
153 aa  107  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2485  hypothetical protein  46.09 
 
 
160 aa  106  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07780  hypothetical protein  42.5 
 
 
144 aa  106  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2215  hypothetical protein  40.94 
 
 
153 aa  106  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0219296  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1108  protein of unknown function DUF411  42.45 
 
 
158 aa  105  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.215685  normal  0.0443803 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0448  hypothetical protein  37.97 
 
 
161 aa  105  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.673346  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1206  protein of unknown function DUF411  42.11 
 
 
164 aa  105  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.207689  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2602  hypothetical protein  42.11 
 
 
164 aa  105  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.245258  normal  0.533828 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3421  hypothetical protein  36.31 
 
 
146 aa  105  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.600655  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3246  hypothetical protein  38.4 
 
 
170 aa  104  7e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.441974  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1274  hypothetical protein  38.4 
 
 
170 aa  104  8e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0477826  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1707  hypothetical protein  41.8 
 
 
149 aa  103  8e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2553  hypothetical protein  36.05 
 
 
172 aa  103  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0360  hypothetical protein  38.52 
 
 
185 aa  103  1e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.185793 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12761  metal-binding protein  40.15 
 
 
172 aa  103  1e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.032506  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0494  hypothetical protein  47.83 
 
 
158 aa  103  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.132085 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4590  hypothetical protein  47 
 
 
162 aa  103  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00406167  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5184  hypothetical protein  40.29 
 
 
151 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.314093  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1648  hypothetical protein  40.83 
 
 
151 aa  102  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0676923  normal  0.293993 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12831  metal-binding protein  40.31 
 
 
172 aa  103  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4400  hypothetical protein  39.5 
 
 
147 aa  102  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01267  hypothetical protein  41.32 
 
 
149 aa  102  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1836  protein of unknown function DUF411  43.1 
 
 
162 aa  102  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.190449  hitchhiker  0.000714625 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7980  protein of unknown function DUF411  43.36 
 
 
159 aa  101  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.761701  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9870  hypothetical protein  38.4 
 
 
151 aa  101  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1657  hypothetical protein  43.44 
 
 
145 aa  101  4e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5377  hypothetical protein  42.86 
 
 
151 aa  101  5e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.290226 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1838  hypothetical protein  42.62 
 
 
145 aa  100  1e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0450  hypothetical protein  36.23 
 
 
173 aa  100  1e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1002  protein of unknown function DUF411  40.62 
 
 
158 aa  100  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0636207 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0263  hypothetical protein  35.71 
 
 
143 aa  100  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0653  protein of unknown function, DUF  40 
 
 
151 aa  100  1e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00650125  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2622  hypothetical protein  36.43 
 
 
145 aa  99.4  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.406284  normal  0.5524 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1695  hypothetical protein  40.65 
 
 
146 aa  99.4  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.383308  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0829  hypothetical protein  41.23 
 
 
144 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0011  hypothetical protein  38.89 
 
 
151 aa  99  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00250694  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3765  hypothetical protein  35.9 
 
 
150 aa  99  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.154858  normal  0.256007 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4041  hypothetical protein  35.9 
 
 
150 aa  99  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.613288  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0013  hypothetical protein  38.89 
 
 
151 aa  99  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.110441  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0011  hypothetical protein  38.89 
 
 
151 aa  99  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.680921  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>