200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00352 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_00352  Hydrogenase maturation protein HypF  100 
 
 
768 aa  1604    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1604  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  40.48 
 
 
754 aa  561  1e-158  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1276  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.74 
 
 
757 aa  556  1e-157  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.853267  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1385  hydrogenase maturation protein HypF  41.21 
 
 
753 aa  554  1e-156  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1668  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.26 
 
 
770 aa  555  1e-156  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0172  carbamoyltransferase hypF  39.2 
 
 
755 aa  538  1e-151  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1837  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.74 
 
 
758 aa  528  1e-148  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.131227  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0328  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.18 
 
 
754 aa  503  1e-141  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.132529  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1101  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.72 
 
 
744 aa  479  1e-133  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3682  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  36.15 
 
 
780 aa  464  1e-129  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0080  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  33.33 
 
 
741 aa  462  1e-129  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.442925  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0119  hydrogenase maturation protein HypF  34.88 
 
 
760 aa  456  1e-127  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0111799  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3588  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.79 
 
 
776 aa  457  1e-127  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2526  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.48 
 
 
780 aa  455  1.0000000000000001e-126  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.908669  normal  0.241645 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0306  hydrogenase maturation protein HypF  35.27 
 
 
763 aa  442  9.999999999999999e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0533  hydrogenase maturation protein HypF  34.67 
 
 
749 aa  438  1e-121  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.515959  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0792  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.51 
 
 
785 aa  436  1e-121  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2423  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.19 
 
 
765 aa  436  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.344696 
 
 
-
 
NC_002936  DET1432  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  33.86 
 
 
763 aa  435  1e-120  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4555  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.35 
 
 
785 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1760  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  33.84 
 
 
781 aa  435  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1950  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.48 
 
 
756 aa  433  1e-120  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1399  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.91 
 
 
775 aa  434  1e-120  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.159442  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03890  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  32.55 
 
 
751 aa  431  1e-119  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1214  hydrogenase maturation protein HypF  33.33 
 
 
763 aa  430  1e-119  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1674  hydrogenase maturation protein HypF  33.88 
 
 
771 aa  429  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3875  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  33.67 
 
 
781 aa  429  1e-119  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3291  hydrogenase maturation protein HypF  33.16 
 
 
776 aa  431  1e-119  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3070  hydrogenase maturation protein HypF  33.59 
 
 
776 aa  426  1e-118  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4602  hydrogenase maturation protein HypF  35.08 
 
 
786 aa  426  1e-118  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.879827  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3313  hydrogenase maturation protein HypF  33.59 
 
 
776 aa  426  1e-118  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3809  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.3 
 
 
775 aa  426  1e-118  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0483302  normal  0.0563214 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4013  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.16 
 
 
770 aa  427  1e-118  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.31364 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2780  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.03 
 
 
780 aa  427  1e-118  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0722  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.54 
 
 
773 aa  427  1e-118  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.180457  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3377  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35 
 
 
758 aa  427  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.457459  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2093  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.47 
 
 
801 aa  426  1e-118  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2094  hydrogenase maturation protein HypF  33.71 
 
 
808 aa  425  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0466  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.28 
 
 
778 aa  426  1e-117  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.252806  normal  0.0404368 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07990  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  36.34 
 
 
762 aa  423  1e-117  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.442936  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1884  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  33.79 
 
 
837 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6177  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  33.38 
 
 
784 aa  425  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.869284  normal  0.0868727 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1167  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.3 
 
 
757 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1903  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  32.15 
 
 
783 aa  420  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1817  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  33.09 
 
 
836 aa  422  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1875  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  33.58 
 
 
835 aa  420  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.386195  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1218  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.45 
 
 
762 aa  421  1e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0610478 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1422  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.2 
 
 
766 aa  421  1e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2028  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  32.61 
 
 
800 aa  421  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1764  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.79 
 
 
767 aa  421  1e-116  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1240  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  33.38 
 
 
763 aa  422  1e-116  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1910  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  32.83 
 
 
838 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.402426  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2409  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  33.21 
 
 
840 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0878931  hitchhiker  0.000263976 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1898  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  33.46 
 
 
739 aa  416  9.999999999999999e-116  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2394  hydrogenase maturation protein HypF  35.56 
 
 
741 aa  417  9.999999999999999e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2551  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.55 
 
 
770 aa  419  9.999999999999999e-116  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.102731  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1917  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  33.08 
 
 
840 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.998639  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4097  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35 
 
 
789 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2160  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  32.67 
 
 
840 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.66513 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1537  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.16 
 
 
785 aa  413  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0523392  normal  0.0813171 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2017  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.71 
 
 
773 aa  415  1e-114  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1643  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34 
 
 
778 aa  414  1e-114  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0462  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  32.09 
 
 
790 aa  415  1e-114  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.336397  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1785  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.06 
 
 
764 aa  413  1e-114  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00144703  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3065  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.67 
 
 
740 aa  411  1e-113  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.735347  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00540  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  32.41 
 
 
785 aa  411  1e-113  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.48639  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2123  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.9 
 
 
752 aa  410  1e-113  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0252603 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2035  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  31.92 
 
 
775 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1431  hydrogenase maturation protein HypF  32.55 
 
 
742 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1175  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.65 
 
 
763 aa  409  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.311862  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0356  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  32.42 
 
 
741 aa  407  1.0000000000000001e-112  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0522956  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4514  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.25 
 
 
788 aa  408  1.0000000000000001e-112  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.47049 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2182  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.03 
 
 
752 aa  408  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.64195  normal  0.285243 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3880  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.65 
 
 
778 aa  409  1.0000000000000001e-112  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.956436 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3446  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  32.98 
 
 
764 aa  408  1.0000000000000001e-112  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.629954 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3636  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  33.93 
 
 
758 aa  404  1e-111  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1130  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  33.99 
 
 
758 aa  404  1e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0046  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  32.14 
 
 
736 aa  405  1e-111  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.890039  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2136  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.91 
 
 
745 aa  404  1e-111  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0935  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  32.62 
 
 
741 aa  404  1e-111  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.993147  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0391  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  32.4 
 
 
736 aa  405  1e-111  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000910038  hitchhiker  0.000000117936 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0651  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  32.37 
 
 
728 aa  404  1e-111  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3132  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.79 
 
 
758 aa  405  1e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7272  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  33.77 
 
 
791 aa  404  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640566  normal  0.270214 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3185  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.61 
 
 
751 aa  404  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2051  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  32.68 
 
 
849 aa  404  1e-111  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2523  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.15 
 
 
769 aa  403  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0264789  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0725  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  32.58 
 
 
729 aa  401  9.999999999999999e-111  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.618287  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2539  hydrogenase maturation protein HypF  34.46 
 
 
741 aa  401  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0555  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  33.55 
 
 
777 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2179  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  33.03 
 
 
767 aa  402  9.999999999999999e-111  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.474067 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1047  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  32.32 
 
 
729 aa  396  1e-109  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0365052  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2993  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  36.29 
 
 
746 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.017038 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2108  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  33.12 
 
 
803 aa  398  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2962  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  36.38 
 
 
746 aa  399  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0310  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  32.44 
 
 
792 aa  396  1e-109  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3151  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  36.38 
 
 
746 aa  399  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.114477 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3044  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  36.42 
 
 
746 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0442522 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1847  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  33.81 
 
 
779 aa  396  1e-109  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.962683  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2593  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.66 
 
 
773 aa  398  1e-109  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>