More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_R0054 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_R0074  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0054  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000682201  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0087  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000197296  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0027  tRNA-Val  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0455  tRNA-Val  97.26 
 
 		 73 bp  129  9.000000000000001e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.13115 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1582  tRNA-Val  97.26 
 
 		 73 bp  129  9.000000000000001e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1617  tRNA-Val  97.26 
 
 		 73 bp  129  9.000000000000001e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.623903 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0051  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0014  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna058  tRNA-Val  95.31 
 
 		 76 bp  103  5e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.007323  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna012  tRNA-Val  95.31 
 
 		 76 bp  103  5e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000043327  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00469  tRNA-Val  95.31 
 
 		 73 bp  103  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna033  tRNA-Val  95.31 
 
 		 76 bp  103  5e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.010484  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00375  tRNA-Val  95.31 
 
 		 73 bp  103  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06828  tRNA-Val  95.31 
 
 		 73 bp  103  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00250  tRNA-Val  95.31 
 
 		 73 bp  103  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna025  tRNA-Val  95.31 
 
 		 76 bp  103  5e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0656621  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0045  tRNA-Val  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0252567  normal  0.0396614 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0042  tRNA-Val  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000279186  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0044  tRNA-Val  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000266715 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0051  tRNA-Val  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.163425  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0035  tRNA-Val  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000297756  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0030  tRNA-Val  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000010319  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0016  tRNA-Val  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2329  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0037  tRNA-Val  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000442416  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2543  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00155589  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1227  tRNA-Val  95 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.411176  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0024  tRNA-Val  95 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0168  tRNA-Val  95 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1830  tRNA-Val  95 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.367633  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0001  tRNA-Val  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0005  tRNA-Val  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0013  tRNA-Val  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0027  tRNA-Val  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000361499  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0011  tRNA-Val  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000637042  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0004  tRNA-Val  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000770056 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2440  tRNA-Val  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2943  tRNA-Val  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.24885  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2946  tRNA-Val  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.411322  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2949  tRNA-Val  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.116038  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2150  tRNA-Val  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2626  tRNA-Val  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.888803  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2629  tRNA-Val  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.8453  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2632  tRNA-Val  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.602317  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0079  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.262586  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0049  tRNA-Val  94.74 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000361087  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0035  tRNA-Val  94.74 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0071  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0069  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000032502  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3188t  tRNA-Val  92.19 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0373931  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3089t  tRNA-Val  92.19 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00274094  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3082t  tRNA-Val  92.19 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0006696  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1117t  tRNA-Val  92.19 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00968485  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0011  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0040  tRNA-Val  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000943403  normal  0.0843805 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0042  tRNA-Val  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0055  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0368844  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0006  tRNA-Val  92.98 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0060  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000229541  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0067  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000378114  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0120  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000221581  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5650  tRNA-Val  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000315313  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5659  tRNA-Val  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000220141  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0123  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000761032  normal  0.999094 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0035  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000119187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0037  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000120415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0036  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000113346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0034  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000134518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0116  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000516317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0083  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000131084  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-2  tRNA-Val  95.83 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000213554  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-3  tRNA-Val  95.83 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000108525  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-4  tRNA-Val  95.83 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000645962  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-5  tRNA-Val  95.83 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000098013  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-6  tRNA-Val  95.83 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000153225  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-1  tRNA-Val  95.83 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0417532  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-3  tRNA-Val  95.83 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000052933  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-4  tRNA-Val  95.83 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00757095  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0039  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000106718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0065  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000940035  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0066  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000106688  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-1  tRNA-Val  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000155621  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-2  tRNA-Val  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000053562  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-3  tRNA-Val  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196603  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-4  tRNA-Val  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000015578  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-6  tRNA-Val  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000778849  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0069  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000229651  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0068  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000103531  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0070  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000218766  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0038  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000124113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0043  tRNA-Val  97.73 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00024501  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0117  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000194506  normal  0.999094 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0118  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00020053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0119  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000206834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0122  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000703597  normal  0.991143 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0062  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00027509  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0061  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00024378  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0064  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000300215  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0063  tRNA-Val  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000284788  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>