38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_0885 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_0885  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 		 191 aa  399  9.999999999999999e-111  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2041  RNA polymerase factor sigma-70  25.26 
 
 		 244 aa  63.2  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000162862  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0192  RNA polymerase factor sigma-70  27.37 
 
 		 216 aa  61.6  0.000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000106571  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0198  RNA polymerase factor sigma-70  27.81 
 
 		 214 aa  58.9  0.00000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000245155  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0090  RNA polymerase factor sigma-70  25 
 
 		 238 aa  57.8  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0269  RNA polymerase factor sigma-70  26.7 
 
 		 214 aa  56.6  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000122079  normal  0.0102214 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0088  RNA polymerase factor sigma-70  25.51 
 
 		 219 aa  56.2  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000106454  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0094  RNA polymerase factor sigma-70  25.38 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000196498  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2059  RNA polymerase factor sigma-70  24.74 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.116438  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0407  RNA polymerase factor sigma-70  25.89 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000161705  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0544  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.83 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0093  RNA polymerase factor sigma-70  25 
 
 		 219 aa  54.7  0.0000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000440627  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0114  RNA polymerase factor sigma-70  25 
 
 		 219 aa  54.7  0.0000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000174821  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5212  RNA polymerase factor sigma-70  25 
 
 		 219 aa  54.7  0.0000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000000417002  unclonable  7.821880000000001e-26 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3319  RNA polymerase factor sigma-70  25.93 
 
 		 214 aa  54.7  0.0000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000496723  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0104  RNA polymerase factor sigma-70  25 
 
 		 218 aa  54.7  0.0000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.05753e-61 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0124  RNA polymerase factor sigma-70  25 
 
 		 218 aa  54.7  0.0000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000124346  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0093  RNA polymerase factor sigma-70  25 
 
 		 218 aa  54.7  0.0000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000966245  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0089  RNA polymerase factor sigma-70  25 
 
 		 218 aa  54.7  0.0000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000740123  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0093  RNA polymerase factor sigma-70  25 
 
 		 218 aa  54.7  0.0000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000000656402  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0090  RNA polymerase factor sigma-70  25 
 
 		 218 aa  54.7  0.0000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  8.822440000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0088  RNA polymerase factor sigma-70  25 
 
 		 220 aa  53.5  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000937894  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.53 
 
 		 216 aa  53.1  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.355338  normal  0.202273 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2728  RNA polymerase factor sigma-70  26.63 
 
 		 223 aa  53.5  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.191075  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2418  RNA polymerase factor sigma-70  24.86 
 
 		 215 aa  52  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000693947  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2732  RNA polymerase factor sigma-70  24.32 
 
 		 215 aa  52  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.814856  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2351  RNA polymerase factor sigma-70  27.55 
 
 		 216 aa  51.2  0.000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0946718  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0402  RNA polymerase factor sigma-70  25.41 
 
 		 217 aa  50.1  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  3.38021e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2479  RNA polymerase factor sigma-70  24.87 
 
 		 217 aa  50.1  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000414905  hitchhiker  0.0088894 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3088  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.04 
 
 		 209 aa  50.4  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0176  RNA polymerase factor sigma-70  25.95 
 
 		 213 aa  50.4  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000382421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0850  RNA polymerase factor sigma-70  25.39 
 
 		 214 aa  50.1  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000558431  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1140  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.23 
 
 		 221 aa  46.6  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.311277  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1843  sigma-24 (FecI-like)  27.78 
 
 		 204 aa  46.2  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.546319  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1770  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  35.94 
 
 		 287 aa  44.7  0.0008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.283313 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0556  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  20.36 
 
 		 189 aa  42  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.118531  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0570  hypothetical protein  20.36 
 
 		 189 aa  42  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00711929  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0346  RNA polymerase factor sigma-70  21.23 
 
 		 212 aa  42  0.006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0285516  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>