More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_0088 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_0088  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 336 aa  695    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000127052  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0042  LacI family transcription regulator  42.38 
 
 		 328 aa  248  1e-64  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0930701  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0829  LacI family transcription regulator  37.88 
 
 		 327 aa  214  1.9999999999999998e-54  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  34.72 
 
 		 332 aa  175  9.999999999999999e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0896  LacI family transcription regulator  29.45 
 
 		 335 aa  150  4e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01670  transcriptional regulator  31.72 
 
 		 348 aa  145  1e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  33.75 
 
 		 355 aa  135  7.000000000000001e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.57 
 
 		 336 aa  132  6e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  30.67 
 
 		 342 aa  132  7.999999999999999e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  30.59 
 
 		 336 aa  130  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  30.35 
 
 		 333 aa  129  6e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.35 
 
 		 333 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0177  transcriptional regulator, LacI family  30.52 
 
 		 343 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  29.53 
 
 		 340 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  28.29 
 
 		 386 aa  127  3e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  29.59 
 
 		 334 aa  127  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  31.16 
 
 		 344 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.86 
 
 		 337 aa  126  5e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  26.73 
 
 		 341 aa  126  5e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  29.03 
 
 		 343 aa  126  6e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  27.49 
 
 		 332 aa  126  7e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  29.84 
 
 		 335 aa  125  9e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.15 
 
 		 336 aa  125  9e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0696  transcriptional regulator, LacI family  30.38 
 
 		 357 aa  125  1e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.477401 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  29.21 
 
 		 347 aa  125  1e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  31.41 
 
 		 348 aa  125  1e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  27.78 
 
 		 332 aa  124  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  26.42 
 
 		 339 aa  124  3e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  27.78 
 
 		 332 aa  124  3e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  27.48 
 
 		 339 aa  124  3e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0082  transcriptional regulator, LacI family  30.55 
 
 		 364 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  29.03 
 
 		 333 aa  123  4e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  29.29 
 
 		 351 aa  123  4e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  29.56 
 
 		 336 aa  123  4e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  27.78 
 
 		 332 aa  123  5e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.97 
 
 		 341 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.97 
 
 		 341 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.97 
 
 		 341 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.97 
 
 		 341 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.97 
 
 		 341 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  27.49 
 
 		 332 aa  122  7e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.4 
 
 		 341 aa  122  7e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  29.68 
 
 		 341 aa  122  7e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  27.49 
 
 		 332 aa  122  8e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  27.49 
 
 		 332 aa  122  8e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  27.49 
 
 		 332 aa  122  9e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11680  transcriptional regulator  30.67 
 
 		 336 aa  122  9e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2711  alanine racemase  27.59 
 
 		 342 aa  122  9e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000872573  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.48 
 
 		 341 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  28.48 
 
 		 341 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  31.18 
 
 		 341 aa  121  9.999999999999999e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.48 
 
 		 341 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3324  LacI family transcription regulator  29.75 
 
 		 347 aa  122  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370251  normal  0.267565 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.48 
 
 		 343 aa  122  9.999999999999999e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  29.68 
 
 		 333 aa  121  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.48 
 
 		 341 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.48 
 
 		 341 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.48 
 
 		 343 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  28.48 
 
 		 341 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  27.54 
 
 		 333 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.4 
 
 		 341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  27.49 
 
 		 332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  27.49 
 
 		 332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  27.49 
 
 		 332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0438  alanine racemase  28.8 
 
 		 338 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000864233  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16200  transcriptional regulator, LacI family  30.09 
 
 		 336 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00346268  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  27.51 
 
 		 333 aa  120  3e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  30.59 
 
 		 339 aa  120  3e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.83 
 
 		 330 aa  120  3e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2238  transcriptional regulator, LacI family  27.83 
 
 		 340 aa  120  3.9999999999999996e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.93 
 
 		 342 aa  120  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.25 
 
 		 330 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  27.19 
 
 		 329 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  28.7 
 
 		 343 aa  119  6e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  29.38 
 
 		 333 aa  119  7e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1769  LacI family transcription regulator  27.91 
 
 		 339 aa  119  7.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.52 
 
 		 341 aa  119  7.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00410  transcriptional regulator, LacI family  29.65 
 
 		 337 aa  119  7.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.26 
 
 		 342 aa  119  7.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0297  degradation activator  26.77 
 
 		 334 aa  119  9e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0303599  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.14 
 
 		 356 aa  119  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  29.97 
 
 		 346 aa  118  9.999999999999999e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000770  transcriptional regulator  27.51 
 
 		 342 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1812  LacI family transcription regulator  30.32 
 
 		 331 aa  119  9.999999999999999e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000564911  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.6 
 
 		 335 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4116  maltose operon transcriptional repressor  26.33 
 
 		 340 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.271073  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2371  LacI family transcription regulator  28.43 
 
 		 337 aa  117  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0453022  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2330  transcriptional regulator  26.13 
 
 		 333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0241905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2293  LacI family transcription regulator  26.13 
 
 		 333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119214  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2249  LacI family transcription regulator  26.13 
 
 		 333 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00326004  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2509  transcriptional regulator  26.13 
 
 		 333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  27.24 
 
 		 332 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2524  transcriptional regulator/sugar-binding domain, LacI family  26.13 
 
 		 333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000304303 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  27.71 
 
 		 338 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  31.21 
 
 		 368 aa  117  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  26.92 
 
 		 332 aa  117  3e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0091  LacI family transcription regulator  27.78 
 
 		 346 aa  117  3e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3767  maltose operon transcriptional repressor  26.33 
 
 		 343 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0343  transcriptional regulator, LacI family  28.94 
 
 		 327 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1123  maltose operon transcriptional repressor  25.43 
 
 		 343 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>