17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2174 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_2546  radical SAM domain protein  100 
 
 
377 aa  769    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2174  Radical SAM domain protein  100 
 
 
373 aa  769    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000000664459 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2207  radical SAM domain protein  61.75 
 
 
407 aa  480  1e-134  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0641  Radical SAM domain protein  59.18 
 
 
392 aa  433  1e-120  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.071148 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1071  Radical SAM domain protein  40.74 
 
 
332 aa  249  6e-65  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000639337  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1054  Radical SAM domain protein  39.46 
 
 
323 aa  223  4e-57  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.910454  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0446  radical SAM family protein  39.25 
 
 
325 aa  211  2e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1559  radical SAM domain-containing protein  33.67 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.0415302 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2087  Radical SAM domain protein  30.38 
 
 
301 aa  162  9e-39  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0647  Radical SAM domain protein  31.29 
 
 
279 aa  135  9.999999999999999e-31  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1519  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.68 
 
 
267 aa  118  9.999999999999999e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1948  radical SAM domain-containing protein  25.93 
 
 
288 aa  96.3  8e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1507  radical SAM domain-containing protein  25.27 
 
 
280 aa  85.9  0.000000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1700  radical SAM domain-containing protein  25.1 
 
 
252 aa  81.3  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0920  radical SAM domain-containing protein  28 
 
 
249 aa  81.6  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0171174  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0942  radical SAM domain-containing protein  27.56 
 
 
249 aa  80.5  0.00000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1142  biotin synthetase-like protein  22.14 
 
 
253 aa  78.6  0.0000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.918331  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>