194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1706 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_2045  outer membrane efflux protein  100 
 
 
447 aa  874    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1706  outer membrane efflux protein  100 
 
 
447 aa  874    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.92 
 
 
474 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.170655 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2367  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.57 
 
 
474 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.4 
 
 
474 aa  67.8  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0831  outer membrane efflux protein  24.77 
 
 
419 aa  66.6  0.0000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3490  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.92 
 
 
503 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.350691 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2695  outer membrane efflux protein  26.09 
 
 
512 aa  64.3  0.000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3433  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  24.81 
 
 
477 aa  63.2  0.000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2178  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  24.92 
 
 
479 aa  60.8  0.00000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0538  outer membrane efflux protein  19.86 
 
 
462 aa  60.5  0.00000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1294  putative outer membrane CHANEL lipoprotein  27.02 
 
 
489 aa  60.8  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.567151  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0532  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.15 
 
 
475 aa  60.8  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.17075 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.29 
 
 
495 aa  60.8  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6990  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  25.3 
 
 
479 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0598431  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01890  outer membrane drug efflux lipoprotein  26.53 
 
 
491 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0642226  normal  0.753424 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  26.47 
 
 
499 aa  58.5  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1522  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.36 
 
 
485 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1545  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.67 
 
 
485 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.355658 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1638  30S ribosomal protein S12  22 
 
 
460 aa  58.2  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.240044  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0289  outer membrane protein OmpK  25.77 
 
 
474 aa  57.8  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0166  outer membrane channel lipoprotein  29.05 
 
 
480 aa  57.4  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00297145  normal  0.496674 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0811  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  25.06 
 
 
517 aa  57  0.0000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000173561 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4536  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  23.18 
 
 
533 aa  57  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748568  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0762  outer membrane efflux protein  24.6 
 
 
446 aa  56.6  0.0000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4898  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.51 
 
 
484 aa  55.8  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3821  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.51 
 
 
484 aa  55.8  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.467284  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2441  outer membrane efflux protein  23.56 
 
 
453 aa  56.2  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2443  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.73 
 
 
544 aa  56.2  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167735  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1099  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.23 
 
 
460 aa  55.1  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0851  RND efflux system outer membrane lipoprotein  23.53 
 
 
537 aa  55.5  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0238751  hitchhiker  0.00377502 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.56 
 
 
486 aa  55.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.804634  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1624  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.56 
 
 
486 aa  55.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1600  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.3 
 
 
483 aa  55.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.375157 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0117  RND efflux system, outer membrane lipoprotein CmeC  22.17 
 
 
482 aa  55.8  0.000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2818  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.2 
 
 
469 aa  55.1  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.282777  normal  0.979363 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  24.88 
 
 
475 aa  54.7  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0722212  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2553  outer membrane efflux protein  27.16 
 
 
421 aa  55.1  0.000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2338  efflux ABC transporter outer membrane protein  25.97 
 
 
470 aa  54.7  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1891  outer membrane efflux protein OprA  27.44 
 
 
513 aa  54.7  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.271004  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4769  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.81 
 
 
485 aa  53.9  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.482827  normal  0.462892 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.55 
 
 
521 aa  53.9  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1641  Outer membrane efflux protein  23.95 
 
 
479 aa  53.5  0.000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1660  hypothetical protein  26.21 
 
 
516 aa  53.5  0.000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.077421  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1905  outer membrane efflux protein OprA  26.21 
 
 
516 aa  53.1  0.000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2059  Outer membrane efflux protein  26.21 
 
 
513 aa  53.1  0.000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.26387  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  25.06 
 
 
478 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.02 
 
 
516 aa  52.8  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.776503  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0440  RND efflux system, outer membrane protein  24.93 
 
 
509 aa  52.8  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  24.26 
 
 
500 aa  53.1  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0482869  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3165  outer membrane efflux protein  28.61 
 
 
445 aa  53.1  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.391786  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3057  outer membrane efflux protein  28.36 
 
 
440 aa  52.4  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.969203  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0141  RND efflux system, outer membrane protein  25.25 
 
 
506 aa  52  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1037  RND efflux system, outer membrane protein  25.25 
 
 
508 aa  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0168  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  25.25 
 
 
508 aa  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0618806  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0453  Outer membrane efflux protein  21.91 
 
 
470 aa  52  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2774  Outer membrane protein  25.25 
 
 
508 aa  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  23.87 
 
 
481 aa  52.4  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  23.18 
 
 
471 aa  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2631  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  25.25 
 
 
508 aa  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1312  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  25.25 
 
 
508 aa  52  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3442  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  24.23 
 
 
496 aa  51.6  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.811835  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0118  putative copper resistance protein  29.35 
 
 
543 aa  51.6  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0169  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  25.64 
 
 
493 aa  51.6  0.00003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204876 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2026  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  24.94 
 
 
519 aa  51.2  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.192262 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2969  outer membrane efflux protein  28.48 
 
 
443 aa  50.8  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.725894  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  26.55 
 
 
470 aa  50.8  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3424  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  25.25 
 
 
514 aa  50.8  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0549  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  23.94 
 
 
501 aa  50.8  0.00005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.569542  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1759  outer membrane efflux protein  26.02 
 
 
738 aa  50.4  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2893  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.55 
 
 
516 aa  50.4  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1698  outer membrane efflux protein  27.22 
 
 
433 aa  50.4  0.00006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.572085  normal  0.0641673 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1215  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  25.86 
 
 
509 aa  50.4  0.00006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.156046  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  23.42 
 
 
470 aa  50.4  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0943  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.83 
 
 
481 aa  50.1  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.359214  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3604  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.44 
 
 
483 aa  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1124  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  24.94 
 
 
509 aa  50.1  0.00008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.405736 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3747  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  25.25 
 
 
514 aa  50.1  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846743  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3836  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.17 
 
 
471 aa  49.3  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.232227  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3956  outer membrane efflux protein  29.14 
 
 
417 aa  49.7  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2564  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  25.73 
 
 
495 aa  49.3  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.248386  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  23.89 
 
 
482 aa  49.3  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0263  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.15 
 
 
517 aa  49.3  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140667 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1384  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  24.87 
 
 
484 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1614  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.97 
 
 
487 aa  48.9  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0245631 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6465  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.27 
 
 
475 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0283455 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1278  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  24.93 
 
 
486 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00202436  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0567  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.51 
 
 
483 aa  48.5  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  23.51 
 
 
485 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1948  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.94 
 
 
495 aa  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5938  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.16 
 
 
507 aa  48.5  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183223  normal  0.547092 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.5 
 
 
505 aa  48.5  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2551  outer membrane efflux protein  25.22 
 
 
647 aa  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.73 
 
 
484 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.87 
 
 
484 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  0.0579633 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4339  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.87 
 
 
484 aa  48.5  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0952934  normal  0.254961 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4384  outer membrane efflux protein  29.72 
 
 
485 aa  47.8  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01155  outer membrane efflux protein  25.47 
 
 
505 aa  47.8  0.0004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.269459  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4004  acriflavin resistance protein  25.53 
 
 
1470 aa  47.8  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2146  outer membrane efflux protein OprC  23.69 
 
 
510 aa  47.4  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>