244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0295 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_0295  hypothetical protein  100 
 
 		 629 aa  1294    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0199144 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6475  hypothetical protein  50.87 
 
 		 628 aa  618  1e-176  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.574703  normal  0.963014 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1801  hypothetical protein  49.6 
 
 		 625 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3656  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  45.08 
 
 		 637 aa  567  1e-160  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.317383  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4220  hypothetical protein  47.85 
 
 		 628 aa  555  1e-157  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3888  hypothetical protein  44.99 
 
 		 631 aa  535  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.450074  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60080  hypothetical protein  41.46 
 
 		 643 aa  501  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000581559  hitchhiker  0.0000000248833 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5468  pathogenesis-related protein  34.2 
 
 		 639 aa  317  5e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1438  pathogenesis-related protein  31.25 
 
 		 650 aa  283  6.000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0692667  normal  0.776822 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2418  putative ATP-dependent DNA helicase  31 
 
 		 622 aa  273  5.000000000000001e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.197345  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2719  pathogenesis-related protein  31.49 
 
 		 639 aa  267  5e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4906  pathogenesis-related protein  31.64 
 
 		 649 aa  226  9e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.827624  normal  0.119775 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2792  DNA helicase II  30.61 
 
 		 585 aa  209  1e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.336571 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4971  DNA helicase II  30.61 
 
 		 585 aa  209  1e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146307 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0207  hypothetical protein  28.04 
 
 		 578 aa  174  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2850  hypothetical protein  28.13 
 
 		 579 aa  168  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3806  DNA helicase II  26.39 
 
 		 588 aa  136  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.939631  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003290  DNA helicase  32.6 
 
 		 634 aa  132  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0002  UvrD/REP helicase  30.65 
 
 		 627 aa  121  3e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.00501949  unclonable  0.0000000152261 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0596  hypothetical protein  23.89 
 
 		 707 aa  105  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0682  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  28.35 
 
 		 634 aa  99.4  2e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  26.83 
 
 		 706 aa  67  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  23.91 
 
 		 1016 aa  66.2  0.000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  25.87 
 
 		 726 aa  65.9  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0050  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.84 
 
 		 658 aa  60.5  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0153579  normal  0.502615 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03620  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.42 
 
 		 640 aa  60.1  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3879  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.22 
 
 		 663 aa  59.3  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2143  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.5 
 
 		 658 aa  59.7  0.0000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  23.16 
 
 		 744 aa  57.8  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1171  UvrD/REP helicase  24.41 
 
 		 1132 aa  57.4  0.0000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  23.05 
 
 		 724 aa  57.4  0.0000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3744  UvrD/REP helicase  25.83 
 
 		 1124 aa  56.6  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.183659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2233  ATP-dependent DNA helicase  24.16 
 
 		 658 aa  57  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  23.37 
 
 		 719 aa  56.6  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3792  UvrD/REP helicase  26.05 
 
 		 736 aa  55.8  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.976756  normal  0.84533 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0971  UvrD/REP helicase  22.99 
 
 		 668 aa  56.2  0.000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0211694  normal  0.301959 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1488  UvrD/REP helicase  25.27 
 
 		 659 aa  56.2  0.000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  24.18 
 
 		 739 aa  55.1  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3542  UvrD/REP helicase  24.42 
 
 		 672 aa  54.7  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.634729 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.67 
 
 		 785 aa  54.3  0.000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1021  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 783 aa  54.3  0.000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.751613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  24.73 
 
 		 706 aa  54.3  0.000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1050  UvrD/REP helicase  20 
 
 		 597 aa  53.9  0.000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2560  putative ATP-dependent DNA helicase, Rep  24.82 
 
 		 520 aa  53.1  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.742452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  24.15 
 
 		 672 aa  53.5  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0462  ATP-dependent DNA helicase Rep  22.45 
 
 		 672 aa  53.5  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  22.22 
 
 		 773 aa  53.5  0.00001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3743  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 702 aa  53.1  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0471553  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  23.3 
 
 		 728 aa  53.5  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0071  UvrD/REP helicase  25.68 
 
 		 768 aa  52.8  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0537  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.83 
 
 		 711 aa  52.8  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1422  UvrD/REP helicase  23.75 
 
 		 1089 aa  52  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1515  UvrD/REP helicase  24.82 
 
 		 575 aa  52.4  0.00003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0347716  hitchhiker  2.10005e-16 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  21.6 
 
 		 681 aa  51.6  0.00004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  21.24 
 
 		 794 aa  51.6  0.00005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.83 
 
 		 858 aa  51.6  0.00005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  23.45 
 
 		 807 aa  51.2  0.00006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2069  UvrD/REP helicase  23.7 
 
 		 665 aa  51.2  0.00006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000529489  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0317  UvrD/REP helicase  22.64 
 
 		 1032 aa  51.2  0.00006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.907606  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.27 
 
 		 829 aa  51.2  0.00006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  24.31 
 
 		 678 aa  50.8  0.00007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0468  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.57 
 
 		 670 aa  50.8  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0716  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.78 
 
 		 685 aa  50.8  0.00007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3260  ATP-dependent DNA helicase Rep  22.9 
 
 		 848 aa  50.8  0.00008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.807902  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.43 
 
 		 671 aa  50.8  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3145  hypothetical protein  25.33 
 
 		 640 aa  50.8  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.74 
 
 		 762 aa  50.4  0.00009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  24.73 
 
 		 668 aa  49.7  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3002  ATP-dependent DNA helicase Rep  22.9 
 
 		 700 aa  50.4  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0122  ATP-dependent DNA helicase Rep  22.9 
 
 		 733 aa  50.4  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3807  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 708 aa  50.4  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0146  UvrD/REP helicase  22.22 
 
 		 721 aa  50.1  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.728084  normal  0.499392 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47860  ATP-dependent DNA helicase Rep protein  23.78 
 
 		 669 aa  49.7  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.48 
 
 		 715 aa  50.1  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1873  UvrD/REP helicase  23.97 
 
 		 591 aa  50.1  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.100548  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  22.34 
 
 		 714 aa  50.4  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3327  ATP-dependent DNA helicase PcrA  20 
 
 		 802 aa  50.4  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3303  ATP-dependent DNA helicase Rep  22.9 
 
 		 700 aa  50.4  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2424  UvrD/REP helicase  25.95 
 
 		 725 aa  50.1  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1535  ATP-dependent DNA helicase Rep  22.9 
 
 		 700 aa  50.4  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3067  ATP-dependent DNA helicase Rep  22.9 
 
 		 700 aa  50.4  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.07 
 
 		 755 aa  49.7  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2335  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.1 
 
 		 745 aa  49.7  0.0002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000479464  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  24.74 
 
 		 671 aa  49.3  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1043  hypothetical protein  41.79 
 
 		 109 aa  49.7  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0184  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.24 
 
 		 672 aa  49.3  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1202  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.89 
 
 		 690 aa  49.3  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0149  UvrD/REP helicase  22.56 
 
 		 695 aa  49.7  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2295  UvrD/REP helicase  24.5 
 
 		 666 aa  49.7  0.0002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2187  ATP-dependent DNA helicase Rep  22.5 
 
 		 662 aa  49.3  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.285249  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4241  UvrD/REP helicase  22.5 
 
 		 907 aa  49.3  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000158675 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0813  ATP-dependent DNA helicase PcrA  21.21 
 
 		 830 aa  49.7  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00156939  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  21.26 
 
 		 678 aa  49.7  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1845  UvrD/REP helicase  22.5 
 
 		 662 aa  49.3  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  21.24 
 
 		 795 aa  49.7  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  24.74 
 
 		 671 aa  48.9  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00483  ATP-dependent DNA helicase  23.24 
 
 		 671 aa  48.5  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.08 
 
 		 742 aa  48.9  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001978  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.94 
 
 		 671 aa  48.5  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0682973  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3919  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.23 
 
 		 695 aa  48.9  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0828794  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>