More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0111 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009075  BURPS668_A1581  RND HAE1/HME family protein  40.1 
 
 
1036 aa  734    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00480  multidrug efflux pump  39.59 
 
 
1040 aa  758    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4150  acriflavin resistance protein  39.55 
 
 
1027 aa  761    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2782  AcrB/AcrD/AcrF family protein  40.66 
 
 
1036 aa  702    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0804863  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0906  multidrug efflux protein  41.86 
 
 
1014 aa  788    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.216177  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2065  acriflavin resistance protein  39.09 
 
 
1027 aa  722    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.824615  normal  0.45428 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4944  multidrug efflux protein  42.17 
 
 
1018 aa  790    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.978867  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1878  transporter, AcrB/AcrD/AcrF family  50.54 
 
 
1026 aa  937    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0090  acriflavin resistance protein  43.51 
 
 
1020 aa  771    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1988  acriflavin resistance protein  41.18 
 
 
1011 aa  753    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1088  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  37.78 
 
 
1029 aa  693    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0974  multidrug efflux protein  42.65 
 
 
1014 aa  806    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.543426  normal  0.0386559 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0357  acriflavin resistance protein  40.41 
 
 
1030 aa  771    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2847  RND family multidrug efflux protein  42.44 
 
 
1032 aa  837    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1045  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  40 
 
 
1033 aa  712    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0786  hypothetical protein  42.84 
 
 
1015 aa  813    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0757  hypothetical protein  43.14 
 
 
1015 aa  817    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3678  acriflavin resistance protein  39.57 
 
 
1027 aa  709    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1024  acriflavin resistance protein  39.29 
 
 
1037 aa  690    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.197282 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1638  acriflavin resistance protein  39.04 
 
 
1047 aa  694    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.355465  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2283  acriflavin resistance protein  43.26 
 
 
1031 aa  783    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.212799 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0891  RND efflux transporter  40.57 
 
 
1029 aa  728    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.668261  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0079  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  40.1 
 
 
1036 aa  734    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0201  acriflavin resistance protein  43.65 
 
 
1028 aa  852    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0707  acriflavin resistance protein  40.62 
 
 
1025 aa  770    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00985028  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4493  multidrug efflux protein  41.53 
 
 
1009 aa  792    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0361963 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1202  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  40 
 
 
1033 aa  712    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.20856  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2803  RND family multidrug/cation transporter  36.94 
 
 
1025 aa  667    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2244  AcrB/AcrD/AcrF cation/multidrug efflux pump  39.34 
 
 
1030 aa  695    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0032  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  40 
 
 
1033 aa  712    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1581  acriflavin resistance protein  39.07 
 
 
1026 aa  718    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.270184 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0089  putative integral membrane component of multidrug efflux system  39.33 
 
 
1022 aa  744    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0945  acriflavin resistance protein  41.82 
 
 
1040 aa  781    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000402917 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3496  acriflavin resistance protein  41.46 
 
 
1026 aa  794    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0945  acriflavin resistance protein  38.97 
 
 
1021 aa  733    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0774817  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3699  acriflavin resistance protein  43.22 
 
 
1029 aa  810    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.459748  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1287  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  39.9 
 
 
1036 aa  743    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2236  acriflavin resistance protein  38.64 
 
 
1047 aa  694    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1155  acriflavin resistance protein  36.91 
 
 
1025 aa  672    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.106423  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3649  acriflavin resistance protein  43.29 
 
 
1035 aa  795    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1118  AcrB/AcrD/AcrF family protein  39.13 
 
 
1043 aa  671    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0778165  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1651  acriflavin resistance protein  42.54 
 
 
1026 aa  827    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3372  acriflavin resistance protein  42.62 
 
 
1021 aa  780    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2951  acriflavin resistance protein  39.36 
 
 
1038 aa  723    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2552  putative multidrug resistance protein  38.85 
 
 
1036 aa  746    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000475921  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1497  RND HAE1/HME family protein  40.1 
 
 
1036 aa  734    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0382  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  40 
 
 
1033 aa  712    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0465  acriflavin resistance protein  39.39 
 
 
1025 aa  764    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.471269  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1553  acriflavin resistance protein  50.54 
 
 
1026 aa  937    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000421809 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1810  acriflavin resistance protein  42.44 
 
 
1034 aa  834    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2737  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  42.7 
 
 
1026 aa  767    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.917561 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3139  acriflavin resistance protein  39.69 
 
 
1012 aa  733    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.389349  normal  0.483157 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4481  multidrug efflux protein  42.06 
 
 
1014 aa  789    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0750514  normal  0.872704 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8251  acriflavin resistance protein  40.14 
 
 
1021 aa  725    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.236714  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2699  acriflavin resistance protein  42.87 
 
 
1029 aa  785    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.984927  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2173  acriflavin resistance protein  37.25 
 
 
1029 aa  686    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.310659  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0111  acriflavin resistance protein  100 
 
 
1028 aa  2060    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2618  acriflavin resistance protein  36.95 
 
 
1024 aa  679    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0519656  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0929  acriflavin resistance protein  40.75 
 
 
1033 aa  767    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1234  RND efflux transporter  40.86 
 
 
1019 aa  798    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2411  acriflavin resistance protein  42.84 
 
 
1013 aa  783    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.848579  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5960  acriflavin resistance protein  42.83 
 
 
1017 aa  787    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.618564  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7711  acriflavin resistance protein  43.27 
 
 
1017 aa  790    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0857  acriflavin resistance protein  40.2 
 
 
1033 aa  758    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.533856  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3802  acriflavin resistance protein  37.81 
 
 
1058 aa  664    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.578442  normal  0.16826 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4296  acriflavin resistance protein  42.62 
 
 
1034 aa  808    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0155758  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1496  acriflavin resistance protein  37.13 
 
 
1025 aa  669    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.431205 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09520  RND efflux transporter  40.91 
 
 
1029 aa  732    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.652607  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1208  multidrug efflux protein  41.22 
 
 
1017 aa  787    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.584016  normal  0.669413 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56890  multidrug efflux protein  41.98 
 
 
1018 aa  787    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0528  acriflavin resistance protein  46.12 
 
 
1026 aa  848    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0945  multidrug efflux protein  42.35 
 
 
1014 aa  798    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1611  acriflavin resistance protein  42.94 
 
 
1028 aa  809    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.921522  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0371  acriflavin resistance protein  39.04 
 
 
1029 aa  744    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1193  acriflavin resistance plasma membrane protein  40.67 
 
 
1019 aa  797    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0768  acriflavin resistance protein  39.94 
 
 
1032 aa  711    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.330595  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001981  RND multidrug efflux transporter  39.9 
 
 
1040 aa  755    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3269  putative multidrug resistance protein  38.6 
 
 
1023 aa  738    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1711  acriflavin resistance protein  38.76 
 
 
1047 aa  693    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3476  acriflavin resistance protein  37.41 
 
 
1028 aa  709    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.247927 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0615  cation/multidrug efflux protein  35.98 
 
 
1038 aa  630  1e-179  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1922  acriflavin resistance protein  34.25 
 
 
1022 aa  602  1e-170  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.209297  normal  0.294162 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2131  AcrB/AcrD/AcrF family protein  34.97 
 
 
1024 aa  596  1e-169  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0288  AcrB/AcrD/AcrF family protein  34.78 
 
 
1030 aa  597  1e-169  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866063  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1587  acriflavin resistance protein  35.74 
 
 
1019 aa  597  1e-169  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268577  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2000  acriflavin resistance protein  35.85 
 
 
1024 aa  597  1e-169  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.195138  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3888  acriflavin resistance protein  32.48 
 
 
1048 aa  558  1e-157  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.471381  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1682  acriflavin resistance protein  32.31 
 
 
1064 aa  553  1e-156  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.377778  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0902  acriflavin resistance protein  32.75 
 
 
1029 aa  551  1e-155  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.621432  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1187  acriflavin resistance protein  35.05 
 
 
1036 aa  551  1e-155  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.359485  normal  0.0265423 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1816  acriflavin resistance protein  33.37 
 
 
1023 aa  544  1e-153  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.742902  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1983  acriflavin resistance protein  33.14 
 
 
1034 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000463224  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1968  acriflavin resistance protein  33.89 
 
 
1025 aa  540  9.999999999999999e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.904496 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2180  acriflavin resistance protein  32.73 
 
 
1030 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000146343  normal  0.137669 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1852  acriflavin resistance protein  34.48 
 
 
1042 aa  536  1e-151  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0174296  hitchhiker  0.000605557 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1882  AcrB/AcrD/AcrF family protein  32.79 
 
 
1031 aa  536  1e-151  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2427  acriflavin resistance protein  33.52 
 
 
1031 aa  538  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000387519 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0880  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  32.76 
 
 
1068 aa  539  1e-151  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.288102  normal  0.231109 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1055  acriflavin resistance protein  44.05 
 
 
686 aa  538  1e-151  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.393626 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1659  acriflavin resistance protein  32.66 
 
 
1031 aa  536  1e-151  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.178159  normal  0.998047 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>