185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4347 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_4347  ferredoxin  100 
 
 
111 aa  228  2e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3757  ferredoxin  72.83 
 
 
119 aa  144  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3638  ferredoxin  62.96 
 
 
119 aa  139  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1822  putative ferredoxin  68.48 
 
 
92 aa  134  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0528259  normal  0.302741 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3076  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  41.1 
 
 
352 aa  58.2  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.163455 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2253  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  34.57 
 
 
356 aa  57.4  0.00000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2263  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  34.57 
 
 
356 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.379907  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1577  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  34.57 
 
 
356 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1479  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  34.57 
 
 
356 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09330  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  35.71 
 
 
371 aa  57  0.00000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6688  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  30 
 
 
341 aa  53.9  0.0000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.211332  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1903  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  31.46 
 
 
368 aa  53.1  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2960  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  32.26 
 
 
413 aa  51.6  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2795  ferredoxin  34.78 
 
 
638 aa  51.6  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3155  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  29.17 
 
 
353 aa  51.2  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20190  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  28.07 
 
 
389 aa  50.8  0.000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.864548  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5350  oxidoreductase FAD-binding subunit  35.37 
 
 
340 aa  50.8  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.213773 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3214  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  29.41 
 
 
408 aa  50.4  0.000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0428  ferredoxin  31.03 
 
 
605 aa  50.4  0.000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15350  ferredoxin  33.75 
 
 
598 aa  49.7  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0628  chlorosome envelope protein J  37.88 
 
 
226 aa  50.1  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0916  ferredoxin (2Fe-2S)  29.07 
 
 
98 aa  49.7  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4896  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  40.54 
 
 
342 aa  50.1  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.699955 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4349  ferredoxin  35.9 
 
 
111 aa  49.7  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0760  ferredoxin, 2Fe-2S  31.87 
 
 
95 aa  48.9  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1748  ferredoxin  30 
 
 
351 aa  48.9  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.764981 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08610  Benzoate 1,2-Dioxygenase Reductase  33.33 
 
 
336 aa  48.5  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0269  ferredoxin  30.23 
 
 
94 aa  48.5  0.00003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3779  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  27.68 
 
 
362 aa  48.5  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0589683  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3190  hypothetical protein  32.97 
 
 
95 aa  48.5  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.840017 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05340  phenylacetate-CoA oxygenase, PaaK subunit  30.26 
 
 
357 aa  48.5  0.00003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.000116603  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2577  phenylacetic acid degradation NADH oxidoreductase PaaE  27.68 
 
 
362 aa  48.1  0.00004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.616553  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0011  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  27.68 
 
 
362 aa  48.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2487  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  29.41 
 
 
369 aa  48.1  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000141396  normal  0.0209402 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0913  benzoate 1,2-dioxygenase electron transfer subunit BenC  33.33 
 
 
339 aa  48.1  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.449969 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4285  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  30.21 
 
 
362 aa  48.1  0.00004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.481656  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1304  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  30.86 
 
 
340 aa  48.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0217  ferredoxin  31.94 
 
 
357 aa  48.1  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0184042 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6526  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  30.86 
 
 
340 aa  48.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2477  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  26.61 
 
 
367 aa  48.1  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0008  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  27.68 
 
 
362 aa  48.1  0.00004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0203524  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3115  phenylacetic acid degradation NADH oxidoreductase PaaE  27.68 
 
 
362 aa  48.1  0.00004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0136188  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1980  phenylacetic acid degradation NADH oxidoreductase PaaE  27.68 
 
 
362 aa  48.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.144649  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3840  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  27.68 
 
 
362 aa  48.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3533  phenylacetic acid degradation NADH oxidoreductase PaaE  27.68 
 
 
362 aa  48.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2391  ferredoxin  29.46 
 
 
109 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.162374  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6133  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  30.86 
 
 
340 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2112  ferredoxin  50.98 
 
 
612 aa  47.8  0.00005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0654  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  31.58 
 
 
351 aa  47.8  0.00005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0377  ferredoxin  27.08 
 
 
350 aa  47.4  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.88135 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1450  ferredoxin  32.61 
 
 
95 aa  47.4  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1840  ferredoxin  32.35 
 
 
302 aa  47  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1828  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  30.21 
 
 
362 aa  47  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.488384  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1374  ferredoxin  37.1 
 
 
355 aa  47  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000222813  normal  0.259595 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3759  ferredoxin  29.79 
 
 
118 aa  46.6  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3240  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  29.63 
 
 
342 aa  46.2  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.171038 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3636  ferredoxin  29.79 
 
 
100 aa  47  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0999  ferredoxin  34.72 
 
 
650 aa  46.2  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1179  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  29.41 
 
 
342 aa  46.6  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.173064  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2552  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  29.63 
 
 
336 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4257  ferredoxin  29.29 
 
 
111 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.118014  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1580  ferredoxin  38.18 
 
 
360 aa  46.6  0.0001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26490  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  29.87 
 
 
360 aa  46.6  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.365765  normal  0.166146 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3163  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  29.63 
 
 
336 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.141012  normal  0.450185 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3190  2Fe-2S ferredoxin  32.97 
 
 
95 aa  46.2  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.279692  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1879  chlorosome envelope protein X  33.33 
 
 
162 aa  45.8  0.0002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7195  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  32.32 
 
 
358 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.601931  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2708  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  29.63 
 
 
337 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.102061 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4185  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  35.53 
 
 
752 aa  45.4  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.452741 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3929  ferredoxin  32.97 
 
 
95 aa  46.2  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.23952  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2686  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  29.63 
 
 
336 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.831402  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4468  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  26.85 
 
 
369 aa  46.2  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.488012  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1593  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  28.75 
 
 
340 aa  45.4  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.324243  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7048  benzoate 1,2-dioxygenase ferredoxin reductase subunit  29.63 
 
 
340 aa  45.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.268276 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4160  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  35.38 
 
 
962 aa  45.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.312376  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3637  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  29.17 
 
 
365 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.206041 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1824  putative ferredoxin  40 
 
 
123 aa  45.4  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.213573  normal  0.191618 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4069  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  28.74 
 
 
369 aa  45.4  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.194384 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4405  benzoate 1,2-dioxygenase ferredoxin reductase subunit  32.1 
 
 
339 aa  45.1  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0651  ferredoxin  31.78 
 
 
353 aa  44.7  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13604  hemoglobine-related protein hmp  27.66 
 
 
358 aa  44.7  0.0004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.714491  normal  0.806459 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1977  CDP-6-deoxy-delta-3,4-glucoseen reductase  35.56 
 
 
357 aa  44.7  0.0004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.102774  normal  0.0121969 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1766  CDP-6-deoxy-delta-3,4-glucoseen reductase  38.98 
 
 
350 aa  44.7  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.316393  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0185  benzoate 1,2-dioxygenase ferredoxin reductase subunit  30.49 
 
 
339 aa  44.3  0.0005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.420006  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0756  ferredoxin (2Fe-2S)  28.92 
 
 
99 aa  44.7  0.0005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1001  benzoate 1,2-dioxygenase ferredoxin reductase subunit  30.49 
 
 
339 aa  44.3  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001340  ferredoxin-NADPH reductase  34.69 
 
 
605 aa  44.7  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2721  toluate 1,2-dioxygenase electron transfer subunit  29.63 
 
 
337 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4884  benzoate 1,2-dioxygenase electron transfer component  31.71 
 
 
339 aa  44.7  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.217527  normal  0.198787 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1042  ferredoxin  37.63 
 
 
612 aa  44.7  0.0005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.745403  normal  0.711049 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1358  benzoate 1,2 dioxygenase, electron transfer component  30.49 
 
 
339 aa  44.3  0.0005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.710358  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6297  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  29.63 
 
 
341 aa  44.7  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00170872 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1554  benzoate 1,2 dioxygenase, electron transfer component  30.49 
 
 
339 aa  44.3  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590662  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2727  benzoate 1,2 dioxygenase, electron transfer component  30.49 
 
 
339 aa  44.3  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2583  benzoate 1,2 dioxygenase, electron transfer component  30.49 
 
 
339 aa  44.3  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0213  benzoate 1,2 dioxygenase, electron transfer component  30.49 
 
 
339 aa  44.3  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.821344  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0757  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  30.11 
 
 
358 aa  44.3  0.0005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.123298  normal  0.178298 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4622  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  28.7 
 
 
363 aa  44.3  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0170998 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6582  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  29.63 
 
 
341 aa  44.3  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.10458  normal  0.992183 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2869  putative phenylacetic acid degradation NADH oxidoreductase paaE  29.41 
 
 
337 aa  44.3  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.423535  normal  0.236927 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>