More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4340 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2032  C4-dicarboxylate transporter DctA  80.19 
 
 		 447 aa  679    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2994  C4-dicarboxylate transporter DctA  75.11 
 
 		 449 aa  640    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.134288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2034  C4-dicarboxylate transporter DctA  75.98 
 
 		 442 aa  660    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.636554  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1440  C4-dicarboxylate transporter DctA  79.87 
 
 		 448 aa  681    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.022063  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4299  C4-dicarboxylate transporter DctA  85.25 
 
 		 452 aa  701    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709019 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5339  C4-dicarboxylate transporter DctA  82.47 
 
 		 465 aa  735    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4340  C4-dicarboxylate transporter DctA  100 
 
 		 447 aa  889    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3501  C4-dicarboxylate transporter DctA  78.38 
 
 		 451 aa  704    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0982  C4-dicarboxylate transporter DctA  79.41 
 
 		 452 aa  715    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.206436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3748  C4-dicarboxylate transporter DctA  78.3 
 
 		 448 aa  716    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1840  C4-dicarboxylate transporter DctA  75.29 
 
 		 439 aa  659    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.731313  normal  0.395958 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4196  C4-dicarboxylate transporter DctA  72.13 
 
 		 436 aa  616  1e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49130  C4-dicarboxylate transporter DctA  71.9 
 
 		 436 aa  614  1e-175  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000308919 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0381  sodium:dicarboxylate symporter  69.7 
 
 		 437 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000240059  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0185  sodium:dicarboxylate symporter  69.05 
 
 		 428 aa  591  1e-168  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3836  C4-dicarboxylate transporter DctA  69.05 
 
 		 428 aa  591  1e-168  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.275466 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3731  C4-dicarboxylate transporter DctA  69.05 
 
 		 428 aa  591  1e-168  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3934  C4-dicarboxylate transporter DctA  69.05 
 
 		 428 aa  591  1e-168  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0189  C4-dicarboxylate transporter DctA  69.05 
 
 		 428 aa  591  1e-168  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4892  C4-dicarboxylate transporter DctA  69.05 
 
 		 428 aa  592  1e-168  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.321398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4016  C4-dicarboxylate transporter DctA  69.05 
 
 		 428 aa  591  1e-168  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03376  C4-dicarboxylate transport protein  68.81 
 
 		 428 aa  590  1e-167  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1682  C4-dicarboxylate transport protein  71.29 
 
 		 460 aa  588  1e-167  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.662063  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03329  hypothetical protein  68.81 
 
 		 428 aa  590  1e-167  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33260  C4-dicarboxylate transporter DctA  71.06 
 
 		 442 aa  590  1e-167  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.36472  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1188  C4-dicarboxylate transporter DctA  71.12 
 
 		 440 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.32454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3225  sodium:dicarboxylate symporter  68.56 
 
 		 439 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.891613  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3707  C4-dicarboxylate transporter DctA  71.05 
 
 		 450 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151684 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4228  C4-dicarboxylate transporter DctA  71.05 
 
 		 440 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1039  sodium:dicarboxylate symporter  68.56 
 
 		 439 aa  579  1e-164  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.681651 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1200  C4-dicarboxylate transporter DctA  70.32 
 
 		 440 aa  579  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0153  C4-dicarboxylate transporter DctA  68.96 
 
 		 429 aa  581  1e-164  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.401467 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1218  C4-dicarboxylate transporter DctA  71.05 
 
 		 440 aa  581  1e-164  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.623958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4236  C4-dicarboxylate transporter DctA  70.05 
 
 		 444 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3925  C4-dicarboxylate transporter DctA  69.9 
 
 		 428 aa  572  1.0000000000000001e-162  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0098  C4-dicarboxylate transporter DctA  69.42 
 
 		 429 aa  572  1.0000000000000001e-162  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3890  C4-dicarboxylate transporter DctA  69.64 
 
 		 430 aa  572  1.0000000000000001e-162  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4067  C4-dicarboxylate transporter DctA  69.42 
 
 		 429 aa  572  1.0000000000000001e-162  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.409819 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0080  C4-dicarboxylate transporter DctA  68.09 
 
 		 430 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0083  C4-dicarboxylate transporter DctA  68.09 
 
 		 430 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4064  C4-dicarboxylate transporter DctA  69.42 
 
 		 429 aa  572  1.0000000000000001e-162  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4078  C4-dicarboxylate transporter DctA  68.17 
 
 		 428 aa  569  1e-161  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3547  sodium:dicarboxylate symporter  64.49 
 
 		 454 aa  569  1e-161  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0280524 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3809  C4-dicarboxylate transporter DctA  68.81 
 
 		 428 aa  562  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.708508 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3886  C4-dicarboxylate transporter DctA  68.81 
 
 		 428 aa  562  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3930  C4-dicarboxylate transporter DctA  68.81 
 
 		 428 aa  562  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.080438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3990  C4-dicarboxylate transporter DctA  68.81 
 
 		 428 aa  562  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.142242 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3822  C4-dicarboxylate transporter DctA  68.81 
 
 		 428 aa  562  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0228  C4-dicarboxylate transporter DctA  65.16 
 
 		 429 aa  550  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0277  C4-dicarboxylate transporter DctA  65.8 
 
 		 431 aa  535  1e-151  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2928  C4-dicarboxylate transporter DctA  64.24 
 
 		 429 aa  535  1e-151  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2790  C4-dicarboxylate transporter DctA  64.24 
 
 		 429 aa  535  1e-151  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.712352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0430  C4-dicarboxylate transporter DctA  64.24 
 
 		 429 aa  536  1e-151  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2884  C4-dicarboxylate transporter DctA  64.15 
 
 		 430 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0997591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6215  C4-dicarboxylate transporter DctA  64 
 
 		 429 aa  533  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2259  C4-dicarboxylate transporter DctA  64.15 
 
 		 430 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3258  sodium:dicarboxylate symporter  61.07 
 
 		 446 aa  533  1e-150  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.823996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2873  C4-dicarboxylate transporter DctA  64.15 
 
 		 430 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.259802  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3480  C4-dicarboxylate transporter DctA  59.91 
 
 		 444 aa  528  1e-149  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.327392  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0356  sodium:dicarboxylate symporter  63.1 
 
 		 442 aa  531  1e-149  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.212213  normal  0.69556 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0367  sodium:dicarboxylate symporter  61.14 
 
 		 447 aa  528  1e-149  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4772  sodium:dicarboxylate symporter  59.5 
 
 		 449 aa  525  1e-148  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.234615  normal  0.37681 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0476  C4-dicarboxylate transporter DctA  64.08 
 
 		 428 aa  523  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.145716  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0456  C4-dicarboxylate transporter DctA  64.08 
 
 		 428 aa  523  1e-147  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0640  C4-dicarboxylate transporter DctA  64.08 
 
 		 444 aa  522  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.367999  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0399  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.82 
 
 		 444 aa  522  1e-147  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1856  sodium:dicarboxylate symporter  61.7 
 
 		 440 aa  522  1e-147  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4744  sodium:dicarboxylate symporter  59.55 
 
 		 453 aa  523  1e-147  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.747826 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1777  sodium:dicarboxylate symporter  61.7 
 
 		 440 aa  522  1e-147  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6225  C4-dicarboxylate transport protein  59.64 
 
 		 444 aa  522  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2815  C4-dicarboxylate transporter DctA  63.83 
 
 		 428 aa  520  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0186  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.97 
 
 		 429 aa  519  1e-146  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.436113  normal  0.912792 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3228  C4-dicarboxylate transporter DctA  63.83 
 
 		 428 aa  520  1e-146  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0192  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.68 
 
 		 429 aa  519  1e-146  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0620705 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2100  Sodium/dicarboxylate symporter  61.47 
 
 		 440 aa  521  1e-146  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3283  sodium:dicarboxylate symporter  60.75 
 
 		 447 aa  520  1e-146  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0204  C4-dicarboxylate transporter DctA  63.83 
 
 		 428 aa  520  1e-146  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1389  C4-dicarboxylate transporter DctA  63.83 
 
 		 428 aa  520  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0330  C4-dicarboxylate transporter DctA  63.88 
 
 		 428 aa  517  1.0000000000000001e-145  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4178  C4-dicarboxylate transporter DctA  59.62 
 
 		 454 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.174427 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3059  sodium:dicarboxylate symporter  60.37 
 
 		 447 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0225  C4-dicarboxylate transporter DctA  64.49 
 
 		 426 aa  513  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0518  C4-dicarboxylate transporter DctA  63.06 
 
 		 426 aa  510  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.51947  normal  0.633866 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0132  sodium:dicarboxylate symporter  59.53 
 
 		 449 aa  509  1e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0735159  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2717  C4-dicarboxylate transporter DctA  58.39 
 
 		 443 aa  501  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1437  C4-dicarboxylate transporter DctA  57.53 
 
 		 447 aa  504  1e-141  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0432682  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31210  C4-dicarboxylate transport protein  61.7 
 
 		 441 aa  500  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4197  C4-dicarboxylate transporter DctA  63.06 
 
 		 426 aa  494  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.481188 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0027  sodium:dicarboxylate symporter  58.06 
 
 		 450 aa  491  9.999999999999999e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0009  sodium:dicarboxylate symporter  58.06 
 
 		 450 aa  491  1e-137  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.767498  normal  0.693161 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2978  C4-dicarboxylate transporter DctA  58.77 
 
 		 444 aa  488  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231883  normal  0.172231 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1507  sodium:dicarboxylate symporter  57.87 
 
 		 445 aa  486  1e-136  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1774  sodium:dicarboxylate symporter  57.94 
 
 		 448 aa  486  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.458594  normal  0.0497 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1872  C4-dicarboxylate transporter  59.62 
 
 		 430 aa  483  1e-135  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0995  C4-dicarboxylate transport transmembrane protein  56.94 
 
 		 447 aa  482  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.37068  normal  0.0301599 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8666  sodium:dicarboxylate symporter  55.8 
 
 		 466 aa  478  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2841  sodium:dicarboxylate symporter  60.14 
 
 		 443 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.385858 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3346  C4-dicarboxylate transporter DctA  56.59 
 
 		 438 aa  472  1e-132  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00211585  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3294  C4-dicarboxylate transporter DctA  56.59 
 
 		 420 aa  472  1e-132  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0209332  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3597  C4-dicarboxylate transporter DctA  56.59 
 
 		 420 aa  472  1e-132  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000021811 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>