84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4136 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4136  cytochrome c class I  100 
 
 		 286 aa  586  1e-166  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4137  cytochrome c class I  34.87 
 
 		 320 aa  80.5  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6394  hypothetical protein  30.42 
 
 		 687 aa  68.2  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0205  cytochrome c class I  38.04 
 
 		 647 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844315 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0180  cytochrome c family protein  34.78 
 
 		 636 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.558942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0202  cytochrome c, class I  34.78 
 
 		 647 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0120  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  26.37 
 
 		 339 aa  63.2  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0049  cytochrome c, class I:Iron permease FTR1  32.47 
 
 		 632 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0435  hypothetical protein  36.36 
 
 		 314 aa  60.8  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0471891 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5470  cytochrome c, class I  29.63 
 
 		 631 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.343465  normal  0.0783661 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2954  iron permease FTR1  34.41 
 
 		 652 aa  58.9  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0101  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  26.01 
 
 		 329 aa  58.2  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000967148 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2959  cytochrome c class I  26.62 
 
 		 571 aa  57  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2561  iron permease FTR1  43.08 
 
 		 647 aa  57.4  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0557  cytochrome c, class I  35.35 
 
 		 683 aa  57.4  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0292  iron permease FTR1  33.63 
 
 		 629 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0164  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  35.9 
 
 		 653 aa  54.7  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00534559  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0141  lead uptake protein, putative  34.48 
 
 		 632 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0824  cytochrome c class I  25.99 
 
 		 296 aa  54.7  0.000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000780419  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69300  hypothetical protein  36.25 
 
 		 633 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2151  iron permease FTR1  30.67 
 
 		 643 aa  53.9  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.301053  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6106  putative cytochrome protein CopT  32.62 
 
 		 254 aa  53.1  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.0345591 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1240  iron permease FTR1  35.04 
 
 		 644 aa  52.8  0.000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1415  cytochrome c class I  30.21 
 
 		 123 aa  52.8  0.000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.958192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5993  hypothetical protein  35 
 
 		 652 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0148  cytochrome c, class I  24.89 
 
 		 248 aa  51.2  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2335  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.12 
 
 		 426 aa  50.8  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000130755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4251  cytochrome c class I  30.29 
 
 		 286 aa  50.8  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0839506  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6817  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.84 
 
 		 474 aa  50.4  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.166846  normal  0.164997 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0161  cytochrome c class I  22.54 
 
 		 254 aa  50.1  0.00004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000207523  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2545  putative cytochrome c  26.59 
 
 		 350 aa  49.7  0.00005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2859  hypothetical protein  32.04 
 
 		 307 aa  49.3  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0235479 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0482  iron permease FTR1  45.16 
 
 		 649 aa  49.3  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3637  iron permease FTR1  35.29 
 
 		 664 aa  48.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.489611 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2717  cytochrome c oxidase, subunit II  27.35 
 
 		 523 aa  48.9  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.977219  normal  0.293993 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2302  iron permease FTR1  40.91 
 
 		 652 aa  47.4  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0723  cytochrome c, class I  40 
 
 		 657 aa  48.1  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.694021  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2353  permease  42.37 
 
 		 653 aa  47.4  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1641  iron permease FTR1  31.43 
 
 		 642 aa  47  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1817  iron permease FTR1  33.33 
 
 		 640 aa  47.4  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.214502 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3782  cytochrome c oxidase, subunit II  25.11 
 
 		 512 aa  47.4  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2376  hypothetical protein  21.18 
 
 		 224 aa  47.4  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0256417  normal  0.420009 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1883  iron permease FTR1  36.76 
 
 		 645 aa  47.4  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.895356  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5282  iron permease FTR1  31.43 
 
 		 642 aa  47  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1058  iron permease FTR1  33.75 
 
 		 683 aa  47  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0352795  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4606  cytochrome c oxidase, subunit II  25.54 
 
 		 513 aa  47  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3282  cytochrome c, class IC  29.76 
 
 		 118 aa  47  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243795  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2649  cytochrome c, class IC  30.12 
 
 		 118 aa  46.2  0.0006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6691  hypothetical protein  36.62 
 
 		 171 aa  46.2  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4355  cytochrome c6  33.71 
 
 		 110 aa  46.2  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2513  cytochrome c family protein  38.1 
 
 		 146 aa  44.3  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3576  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.38 
 
 		 326 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  31.65 
 
 		 542 aa  44.7  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1360  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.6 
 
 		 308 aa  44.3  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.240618 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0573  cytochrome c, class I  29.9 
 
 		 196 aa  44.3  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0439994  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0690  cytochrome c class I  32.41 
 
 		 303 aa  44.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5945  Pb(II)-uptake protein PbrT  31.88 
 
 		 642 aa  44.3  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.925731 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4095  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.54 
 
 		 425 aa  44.3  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.290618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0466  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.69 
 
 		 287 aa  43.9  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00151581  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0537  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.94 
 
 		 292 aa  43.9  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.931468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0720  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.94 
 
 		 427 aa  43.9  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.690125 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  28.74 
 
 		 504 aa  43.9  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0772  putative oxidoreductase dehydrogenase (cytochrome C subunit) signal peptide protein  35.63 
 
 		 429 aa  43.5  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.456552  hitchhiker  0.00960965 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5350  iron permease FTR1  31.07 
 
 		 640 aa  43.1  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.620494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1674  cytochrome c oxidase, subunit II  34.41 
 
 		 380 aa  43.1  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3572  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.48 
 
 		 313 aa  43.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3999  cytochrome c oxidase subunit II  23.65 
 
 		 524 aa  43.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4253  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.69 
 
 		 313 aa  43.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1953  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  28.57 
 
 		 637 aa  42.7  0.006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.002939  normal  0.431592 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1781  cytochrome c, class I  34.15 
 
 		 451 aa  43.1  0.006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0339245 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3819  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.43 
 
 		 313 aa  42.7  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.718495 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2001  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.33 
 
 		 325 aa  42.7  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659912  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.18 
 
 		 427 aa  42.7  0.007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.310202  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2038  cytochrome c class I  30.43 
 
 		 111 aa  42.7  0.007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00267664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2542  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  23.58 
 
 		 294 aa  42.7  0.007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2013  cytochrome c class I  30.43 
 
 		 111 aa  42.7  0.007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0456  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.71 
 
 		 312 aa  42.7  0.007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.844005  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1615  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.69 
 
 		 313 aa  42.7  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0748863  normal  0.0271548 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6548  cytochrome c, class I  34.48 
 
 		 425 aa  42.4  0.008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3392  glucose sorbosone dehydrogenase  25.71 
 
 		 476 aa  42.4  0.008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.428431  normal  0.278741 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0079  cytochrome c oxidase, subunit II  34.62 
 
 		 375 aa  42.7  0.008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1151  cytochrome c alcohol dehydrogenase subunit  32.93 
 
 		 451 aa  42.4  0.009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1130  putative cytochrome c alcohol dehydrogenase subunit  31.76 
 
 		 484 aa  42.4  0.01  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0154  cytochrome c oxidase, subunit II  26.27 
 
 		 518 aa  42.4  0.01  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>