105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4054 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_4054  hypothetical protein  100 
 
 
197 aa  382  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000378046 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0552  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  42.2 
 
 
171 aa  119  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00960  putative lipoprotein  41.18 
 
 
154 aa  115  5e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0194597  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0151  putative lipoprotein  40.52 
 
 
154 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0107069  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2090  putative outer membrane lipoprotein  39.05 
 
 
166 aa  111  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3843  putative lipoprotein  41.83 
 
 
199 aa  109  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00099713  normal  0.38953 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0983  hypothetical protein  38.98 
 
 
167 aa  107  9.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0937  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  42.03 
 
 
170 aa  106  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.731961  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1470  putative lipoprotein  45.05 
 
 
187 aa  103  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.513143  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6111  hypothetical protein  36.81 
 
 
168 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.24398 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1116  putative type VI secretion protein VasD  32.72 
 
 
162 aa  103  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0312  type VI secretion lipoprotein, family  36.75 
 
 
163 aa  101  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.544183 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0301  SciN protein  36.75 
 
 
163 aa  101  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.589759 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1912  hypothetical protein  44.12 
 
 
167 aa  101  9e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0925  hypothetical protein  44.12 
 
 
167 aa  101  9e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1212  hypothetical protein  44.12 
 
 
167 aa  101  9e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.822471  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2187  SciN protein  44.12 
 
 
167 aa  101  9e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3477  hypothetical protein  41.38 
 
 
168 aa  100  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.95967 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2319  hypothetical protein  41.67 
 
 
155 aa  100  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00471412  hitchhiker  0.00131937 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3910  hypothetical protein  36.99 
 
 
167 aa  100  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.374434  normal  0.782471 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0306  type VI secretion lipoprotein  39.84 
 
 
163 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.157499  normal  0.0453584 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0318  type VI secretion lipoprotein, family  39.84 
 
 
163 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0341521  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3606  putative lipoprotein  38.84 
 
 
168 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42940  putative lipoprotein  38.84 
 
 
168 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.177757 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0101  hypothetical protein  37.58 
 
 
160 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1676  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  35.09 
 
 
172 aa  95.9  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.973088  hitchhiker  0.0062275 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5421  lipoprotein, putative  35.57 
 
 
166 aa  94  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1692  putative lipoprotein  44.12 
 
 
167 aa  94.4  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.794584  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5580  putative lipoprotein  35.66 
 
 
166 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0330  SciN protein  44.12 
 
 
167 aa  94.4  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0239  SciN protein  44.12 
 
 
167 aa  94.4  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0210  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  31.74 
 
 
156 aa  93.6  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.154927  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2376  hypothetical protein  33.33 
 
 
156 aa  92.8  3e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000013  type VI secretion lipoprotein/VasD  29.17 
 
 
151 aa  83.6  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0396  putative lipoprotein  32.21 
 
 
179 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0891925  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1590  putative lipoprotein  32.21 
 
 
172 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1775  putative lipoprotein  32.21 
 
 
172 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0409935  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2968  putative lipoprotein  32.21 
 
 
172 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2843  putative lipoprotein  32.21 
 
 
172 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0445  putative lipoprotein  32.21 
 
 
172 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1208  putative lipoprotein  32.21 
 
 
191 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.477479  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2551  hypothetical protein  35.78 
 
 
163 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0273704  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1525  hypothetical protein  32.79 
 
 
164 aa  79  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6676  putative lipoprotein  39.13 
 
 
179 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.915611  normal  0.974139 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2091  hypothetical protein  30.36 
 
 
156 aa  76.6  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0160  SciN protein  38.3 
 
 
210 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0251  putative lipoprotein  33.64 
 
 
172 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0137  SciN protein  34.86 
 
 
180 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3025  putative lipoprotein  37.36 
 
 
180 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1595  hypothetical protein  32.67 
 
 
171 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.204412  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26740  hypothetical protein  35.79 
 
 
192 aa  73.6  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251057  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0124  putative lipoprotein  37.4 
 
 
180 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0051  hypothetical protein  29.5 
 
 
190 aa  70.9  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000431  type VI secretion lipoprotein/VasD  26.42 
 
 
166 aa  68.9  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05853  hypothetical protein  29.84 
 
 
149 aa  67  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2997  putative lipoprotein  28.86 
 
 
176 aa  67.4  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0025  putative lipoprotein  25.78 
 
 
158 aa  66.6  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.567085  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1180  putative type VI secretion protein VasD-1  28.14 
 
 
154 aa  67  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0234801  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02043  lipoprotein, putative  29.27 
 
 
202 aa  62  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1202  hypothetical protein  27.91 
 
 
163 aa  60.8  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2450  hypothetical protein  30.72 
 
 
157 aa  58.9  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00189886  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3727  hypothetical protein  27.86 
 
 
177 aa  58.9  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.161314  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1076  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  25.17 
 
 
174 aa  58.5  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.556943  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2523  hypothetical protein  23.73 
 
 
176 aa  58.9  0.00000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.365008  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2801  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  26.45 
 
 
178 aa  58.5  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3249  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  23.08 
 
 
173 aa  57.4  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0166  hypothetical protein  33.67 
 
 
207 aa  55.8  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4911  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  27.49 
 
 
210 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000403231  hitchhiker  0.009082 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1370  putative lipoprotein  29.36 
 
 
179 aa  54.7  0.0000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2874  type VI secretion lipoprotein  29.36 
 
 
179 aa  54.7  0.0000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1482  hypothetical protein  29.36 
 
 
186 aa  54.3  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2808  hypothetical protein  28.71 
 
 
154 aa  53.1  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000258047  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01967  putative transmembrane protein  27.88 
 
 
193 aa  52.8  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.77679  normal  0.402218 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2487  hypothetical protein  26.21 
 
 
193 aa  50.1  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2995  hypothetical protein  26.21 
 
 
193 aa  50.1  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000478166 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2585  hypothetical protein  31.33 
 
 
193 aa  49.7  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.788173  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0319  putative lipoprotein  27.41 
 
 
181 aa  49.7  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0392  putative lipoprotein  27.41 
 
 
181 aa  49.7  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2966  hypothetical protein  24.14 
 
 
292 aa  49.3  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3659  hypothetical protein  35.29 
 
 
172 aa  49.3  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.177991  normal  0.259907 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1105  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  22.7 
 
 
177 aa  48.5  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3647  putative lipoprotein  23.16 
 
 
204 aa  47.4  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0185188  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3638  putative lipoprotein  23.16 
 
 
204 aa  47.4  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00119915  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3663  putative lipoprotein  23.56 
 
 
200 aa  47.4  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.353625  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0802  hypothetical protein  30.12 
 
 
193 aa  47.8  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3230  hypothetical protein  28.75 
 
 
265 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3243  hypothetical protein  27.61 
 
 
178 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.795372  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1224  type VI secretion lipoprotein family protein  22.7 
 
 
177 aa  46.6  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.804985 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5275  hypothetical protein  24.05 
 
 
212 aa  46.2  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.174651  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2265  putative lipoprotein  29.03 
 
 
181 aa  45.1  0.0006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2618  hypothetical protein  28.4 
 
 
265 aa  44.7  0.0009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890059  normal  0.147502 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3557  hypothetical protein  26.92 
 
 
203 aa  44.7  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0566246  normal  0.386059 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0637  hypothetical protein  22.08 
 
 
189 aa  44.3  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.193066 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2121  hypothetical protein  28.4 
 
 
265 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.492075  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0240  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  20.96 
 
 
174 aa  44.7  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0232  type VI secretion lipoprotein  21.56 
 
 
174 aa  43.5  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2932  hypothetical protein  25.96 
 
 
203 aa  43.1  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.147593  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2467  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  28.24 
 
 
164 aa  43.5  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4079  hypothetical protein  25 
 
 
265 aa  43.1  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.185425  hitchhiker  0.000116946 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0379  hypothetical protein  25.96 
 
 
202 aa  43.1  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0510591  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>