More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4038 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4080  ABC transporter related  70.86 
 
 
814 aa  1018    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.256448  normal  0.875845 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4038  ABC transporter-related protein  100 
 
 
726 aa  1464    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000838789 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3262  ABC transporter, transmembrane region:ABC transporter related  69.44 
 
 
764 aa  1006    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2584  ABC transporter, transmembrane region:ABC transporter related  74.05 
 
 
768 aa  1058    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4037  ABC transporter related protein  53.72 
 
 
764 aa  717    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.238544  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2254  ABC transporter related  67.17 
 
 
782 aa  966    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3967  ABC transporter related  70.86 
 
 
768 aa  1019    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1316  ABC transporter related  71.43 
 
 
784 aa  983    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.512065  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1417  ABC transporter related  77.88 
 
 
782 aa  1109    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0705  ABC transporter-related protein  73.87 
 
 
784 aa  1018    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0637  ABC transporter related  75 
 
 
770 aa  1033    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.57887  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1060  ABC transporter related  74.97 
 
 
760 aa  1031    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.120719  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3979  ABC transporter-related protein  72.64 
 
 
773 aa  1025    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1007  ABC transporter related  78.25 
 
 
784 aa  1083    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.29536 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0658  ABC transporter related  74.86 
 
 
750 aa  1033    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4991  ABC transporter related  71.9 
 
 
808 aa  1030    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1021  putative ABC transporter  79.34 
 
 
778 aa  1102    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.338231  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5708  ABC transporter related  73.02 
 
 
764 aa  1016    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.920431  normal  0.127768 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0672  ABC transporter related  69.03 
 
 
777 aa  934    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.264122  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1001  ABC transporter related protein  41.94 
 
 
598 aa  406  1.0000000000000001e-112  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.710389  normal  0.620497 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1385  ABC transporter related  41.91 
 
 
600 aa  402  9.999999999999999e-111  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0831464  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1526  ABC transporter related  35.39 
 
 
597 aa  395  1e-108  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00462588  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2998  ABC transporter related protein  37.46 
 
 
575 aa  395  1e-108  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000215819  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0466  ABC transporter related  35.85 
 
 
588 aa  383  1e-105  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0569  ABC transporter related  36 
 
 
597 aa  385  1e-105  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0583  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  36.59 
 
 
586 aa  379  1e-104  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0439  ABC transporter ATP-binding and permease; multidrug resistance protein  36.41 
 
 
586 aa  380  1e-104  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.214785  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0435  ABC transporter ATP-binding and permease; multidrug resistance protein  36.43 
 
 
586 aa  380  1e-104  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.290198  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0825  ABC transporter related  36.93 
 
 
575 aa  381  1e-104  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0511  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  36.41 
 
 
586 aa  380  1e-104  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0584  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  36.44 
 
 
586 aa  378  1e-103  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0496  ABC transporter ATP-binding/permease  36.24 
 
 
586 aa  378  1e-103  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.384636  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0528  ABC transporter permease/ATP-binding protein  36.24 
 
 
586 aa  378  1e-103  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.249641  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1525  ABC transporter related  35.15 
 
 
581 aa  377  1e-103  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.628149  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0544  ABC transporter related  35.88 
 
 
587 aa  376  1e-103  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0684  ABC transporter related  38.07 
 
 
598 aa  377  1e-103  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000210902  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0532  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  35.71 
 
 
586 aa  377  1e-103  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.117534  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1080  ABC transporter related  41.51 
 
 
601 aa  376  1e-103  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00169898 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0247  ABC transporter related  37.54 
 
 
586 aa  377  1e-103  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.306695  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2350  ABC transporter related protein  36.77 
 
 
620 aa  377  1e-103  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2616  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.72 
 
 
577 aa  378  1e-103  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0639798  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1259  ATP-binding transport protein; multicopy suppressor of HtrB  36.14 
 
 
579 aa  374  1e-102  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0047  ABC transporter related  34.15 
 
 
580 aa  375  1e-102  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00438981  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4793  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  36.16 
 
 
586 aa  373  1e-102  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.646278  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1091  ABC transporter related  36.72 
 
 
870 aa  373  1e-102  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1201  ABC transporter related protein  35.53 
 
 
594 aa  375  1e-102  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2497  ABC transporter related  38.94 
 
 
614 aa  375  1e-102  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0444  ABC transporter related  35.89 
 
 
586 aa  372  1e-101  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0649  ABC transporter transmembrane region  35.1 
 
 
597 aa  372  1e-101  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.564007  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18960  ABC transporter related  36.95 
 
 
556 aa  371  1e-101  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0624  ABC transporter, transmembrane region  34.93 
 
 
597 aa  372  1e-101  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2181  ABC transporter related  32.77 
 
 
600 aa  367  1e-100  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2282  ABC transporter related  37.95 
 
 
609 aa  366  1e-100  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2618  ABC transporter related  34.38 
 
 
617 aa  366  1e-100  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000100526  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2371  ABC transporter, ATPase subunit  34.87 
 
 
622 aa  369  1e-100  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.684572 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0648  ABC transporter related  36.67 
 
 
623 aa  367  1e-100  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.986523 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0048  ABC transporter related  33.17 
 
 
598 aa  369  1e-100  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000163685  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1342  ABC transporter related  36.94 
 
 
671 aa  366  1e-99  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0441  ABC transporter related protein  35.24 
 
 
650 aa  365  2e-99  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0450  ABC transporter-related protein  36.16 
 
 
586 aa  364  4e-99  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0642  ABC transporter related  34.76 
 
 
620 aa  363  4e-99  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.014004  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1540  multidrug ABC transporter ATPase/permease  34.25 
 
 
602 aa  363  5.0000000000000005e-99  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.652681  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1920  ABC transporter related  35.92 
 
 
578 aa  363  7.0000000000000005e-99  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1954  ABC transporter related  35.92 
 
 
578 aa  363  7.0000000000000005e-99  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2932  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  34.03 
 
 
598 aa  363  9e-99  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00230756 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2475  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  34.38 
 
 
598 aa  362  1e-98  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00961334  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3627  ABC transporter related  36.27 
 
 
617 aa  362  1e-98  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2733  ABC transporter related  33.97 
 
 
631 aa  362  1e-98  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.021846  normal  0.190322 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2717  ABC transporter related  38.42 
 
 
608 aa  362  1e-98  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3781  ABC transporter related  32.88 
 
 
588 aa  362  2e-98  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000284212  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2539  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  35.19 
 
 
598 aa  361  3e-98  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.835968  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1942  ABC transporter, transmembrane region  36.74 
 
 
594 aa  360  7e-98  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2401  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  34.03 
 
 
598 aa  359  8e-98  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6290  ABC transporter related protein  36.89 
 
 
598 aa  359  9e-98  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0418  ABC transporter related protein  36.94 
 
 
600 aa  359  9.999999999999999e-98  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0100  ABC transporter related  34.94 
 
 
584 aa  358  1.9999999999999998e-97  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.995912  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0133  ABC transporter, transmembrane region  34.94 
 
 
613 aa  358  1.9999999999999998e-97  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.260657  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1455  ABC transporter related  36.91 
 
 
625 aa  357  2.9999999999999997e-97  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0148  ABC transporter related  34.55 
 
 
628 aa  357  5.999999999999999e-97  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2627  ABC transporter related  37.95 
 
 
592 aa  356  5.999999999999999e-97  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4432  ABC transporter related  35.11 
 
 
601 aa  356  6.999999999999999e-97  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2260  ABC transporter ATP-binding protein  36.11 
 
 
571 aa  356  7.999999999999999e-97  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1262  ABC transporter related  35.68 
 
 
644 aa  355  1e-96  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2236  multidrug resistance ABC transporter, ATP-binding and permease  35.48 
 
 
598 aa  355  2e-96  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0563945  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3174  ABC transporter related  35.17 
 
 
601 aa  355  2e-96  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_964  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  34.26 
 
 
637 aa  354  2.9999999999999997e-96  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.600764  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0838  ABC transporter related  36.22 
 
 
640 aa  354  2.9999999999999997e-96  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0841  ABC transporter related  36.05 
 
 
607 aa  354  2.9999999999999997e-96  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1245  ABC transporter related  33.84 
 
 
594 aa  354  2.9999999999999997e-96  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00497584  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2276  ABC transporter ATP-binding/permease  35.29 
 
 
598 aa  353  7e-96  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.406907  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2460  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  35.29 
 
 
598 aa  353  7e-96  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2444  ABC transporter permease/ATP-binding protein  35.29 
 
 
598 aa  353  7e-96  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.290529  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0985  ABC transporter, transmembrane region  34.31 
 
 
636 aa  353  7e-96  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1180  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  34.31 
 
 
637 aa  352  1e-95  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2944  ABC transporter related  34.83 
 
 
601 aa  352  1e-95  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.631806 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2719  ABC transporter related  37.74 
 
 
606 aa  352  1e-95  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2936  ABC transporter related  34.55 
 
 
638 aa  352  1e-95  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2836  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.2 
 
 
585 aa  351  2e-95  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.333651  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2250  ABC transporter related  34.42 
 
 
598 aa  351  3e-95  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0582239  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2193  multidrug resistance ABC transporter, ATP-binding and permease  35.11 
 
 
598 aa  351  3e-95  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0325354  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>