166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3920 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3920  phosphatidylglycerophosphatase A  100 
 
 
185 aa  360  5.0000000000000005e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4475  phosphatidylglycerophosphatase  68.35 
 
 
181 aa  208  3e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.18639 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0582  phosphatidylglycerophosphatase A  65.87 
 
 
175 aa  204  4e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0709  phosphatidylglycerophosphatase A  62.66 
 
 
166 aa  196  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0355  phosphatidylglycerophosphatase  70.13 
 
 
176 aa  195  3e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0344  phosphatidylglycerophosphatase A  70.13 
 
 
176 aa  195  3e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.182849  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0484  phosphatidylglycerophosphatase A  60.84 
 
 
175 aa  194  5.000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0430  phosphatidylglycerophosphatase  64.05 
 
 
180 aa  192  2e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.777688 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0211  phosphatidylglycerophosphatase  61.05 
 
 
184 aa  192  3e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.627507 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0077  phosphatidylglycerophosphatase A  55.93 
 
 
193 aa  187  5.999999999999999e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3666  phosphatidylglycerophosphatase A  57.95 
 
 
185 aa  184  6e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2849  phosphatidylglycerophosphatase  47.93 
 
 
188 aa  158  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0244  phosphatidylglycerophosphatase A  50 
 
 
185 aa  155  5.0000000000000005e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2605  phosphatidylglycerophosphatase A  46.15 
 
 
191 aa  154  9e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.280731  normal  0.63205 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3015  phosphatidylglycerophosphatase A  46.15 
 
 
192 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.702802 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0398  phosphatidylglycerophosphatase A  45.56 
 
 
205 aa  151  7e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.132793  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1258  putative phosphatidylglycerophosphatase A  45.56 
 
 
205 aa  151  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3441  phosphatidylglycerophosphatase A  45.56 
 
 
205 aa  151  7e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.251594  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3478  phosphatidylglycerophosphatase A  45.56 
 
 
205 aa  151  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.196863  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3307  phosphatidylglycerophosphatase A  45.56 
 
 
205 aa  151  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1187  phosphatidylglycerophosphatase A  45.25 
 
 
178 aa  150  8e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2769  phosphatidyl-glycerophosphatase hydrolase transmembrane protein  47.93 
 
 
174 aa  150  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.135706  normal  0.433586 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3048  phosphatidylglycerophosphatase  43.39 
 
 
190 aa  148  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0555  phosphatidylglycerophosphatase  49.36 
 
 
193 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.443288 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3401  phosphatidylglycerophosphatase A  49.36 
 
 
193 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.394477  normal  0.0499313 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0597  phosphatidylglycerophosphatase A  47.83 
 
 
181 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.499318  normal  0.310706 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2606  phosphatidylglycerophosphatase A  48.54 
 
 
213 aa  145  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.044586 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3711  phosphatidylglycerophosphatase  46.75 
 
 
183 aa  143  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.741553  normal  0.132054 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0146  phosphatidylglycerophosphatase A  47.2 
 
 
178 aa  143  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0530  phosphatidylglycerophosphatase A  46.01 
 
 
181 aa  143  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0629  phosphatidylglycerophosphatase A  47.2 
 
 
178 aa  143  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3476  phosphatidylglycerophosphatase A  46.84 
 
 
157 aa  142  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.851848  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0554  phosphatidylglycerophosphatase A  45.4 
 
 
181 aa  140  7e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2756  phosphatidylglycerophosphatase A  44.63 
 
 
182 aa  138  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.617672  normal  0.633747 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0222  phosphatidylglycerophosphatase A  45.35 
 
 
190 aa  137  7.999999999999999e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2479  phosphatidylglycerophosphatase A, putative  46.45 
 
 
154 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.118305  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3741  phosphatidylglycerophosphatase  49.38 
 
 
161 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.120862 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0713  phosphatidylglycerophosphatase A  50 
 
 
160 aa  128  6e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0014  phosphatidylglycerophosphatase A  44.64 
 
 
210 aa  111  6e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4046  phosphatidylglycerophosphatase A  38.41 
 
 
160 aa  106  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1534  phosphatidylglycerophosphatase A  41.61 
 
 
157 aa  105  4e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0603725  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0555  phosphatidylglycerophosphatase A  40.61 
 
 
167 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0566  phosphatidylglycerophosphatase A  40.61 
 
 
167 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0520  phosphatidylglycerophosphatase A  40.61 
 
 
167 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1388  phosphatidylglycerophosphatase A  40.96 
 
 
164 aa  100  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.156442  hitchhiker  0.000000306941 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0573  phosphatidylglycerophosphatase A  38.79 
 
 
167 aa  99.8  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3851  phosphatidylglycerophosphatase  38.27 
 
 
177 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.990071  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3297  phosphatidylglycerophosphatase A  42.48 
 
 
164 aa  98.6  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0162113  decreased coverage  0.000104727 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3152  phosphatidylglycerophosphatase A  42.48 
 
 
164 aa  98.6  4e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00112475  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3463  phosphatidylglycerophosphatase A  43.04 
 
 
164 aa  98.6  5e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3154  phosphatidylglycerophosphatase A  42.48 
 
 
166 aa  98.6  5e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000760341  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1279  phosphatidylglycerophosphatase  41.94 
 
 
164 aa  98.2  6e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0214485  unclonable  0.000000000064326 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5013  phosphatidylglycerophosphatase  38.41 
 
 
167 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1217  phosphatidylglycerophosphatase A  41.94 
 
 
164 aa  96.3  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00160129  normal  0.251899 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2580  phosphatidylglycerophosphatase  41.61 
 
 
157 aa  96.3  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2194  phosphatidylglycerophosphatase  46.58 
 
 
159 aa  95.9  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000299567  hitchhiker  0.00000439184 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0833  phosphatidylglycerophosphatase  34.94 
 
 
161 aa  95.9  3e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000936686  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06780  Phosphatidylglycerophosphatase A  38.99 
 
 
159 aa  95.1  5e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.47557  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1041  phosphatidylglycerophosphatase  43.15 
 
 
163 aa  95.1  5e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00761456  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1193  phosphatidylglycerophosphatase  41.72 
 
 
164 aa  95.1  5e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11470  phosphatidylglycerophosphatase A  35.63 
 
 
171 aa  94.4  9e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.200521  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1317  phosphatidylglycerophosphatase  37.11 
 
 
162 aa  93.6  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1051  phosphatidylglycerophosphatase A  35.63 
 
 
171 aa  94  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1168  phosphatidylglycerophosphatase A  38.18 
 
 
164 aa  92.4  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0307718  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1168  phosphatidylglycerophosphatase  40.76 
 
 
164 aa  91.7  6e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.092913  normal  0.125694 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004259  phosphatidylglycerophosphatase A  39.04 
 
 
168 aa  91.7  6e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.348305  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0572  phosphatidylglycerophosphatase  43.83 
 
 
163 aa  91.3  7e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.235405 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2772  phosphatidylglycerophosphatase  42.5 
 
 
166 aa  90.9  9e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0288335  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01172  phosphatidylglycerophosphatase A  38.36 
 
 
167 aa  90.5  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0915  phosphatidylglycerophosphatase A  36.67 
 
 
167 aa  89.4  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000968803  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0390  phosphatidylglycerophosphatase  41.67 
 
 
159 aa  89.4  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1029  phosphatidylglycerophosphatase A  37.87 
 
 
178 aa  89.4  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1855  phosphatidylglycerophosphatase A  35.93 
 
 
169 aa  89.4  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.020025  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0848  phosphatidylglycerophosphatase  38.24 
 
 
174 aa  88.2  6e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.723724  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1102  phosphatidylglycerophosphatase  38.85 
 
 
164 aa  87.8  7e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0459736  normal  0.578587 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1102  phosphatidylglycerophosphatase  38.1 
 
 
164 aa  87.8  8e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0161628  normal  0.229912 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1652  phosphatidylglycerophosphatase A  43.21 
 
 
167 aa  87  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1150  phosphatidylglycerophosphatase  40 
 
 
164 aa  87.4  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.313843  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1565  phosphatidylglycerophosphatase A  40 
 
 
164 aa  86.3  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0928  phosphatidylglycerophosphatase A  36.81 
 
 
167 aa  86.7  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1076  phosphatidylglycerophosphatase A  37.84 
 
 
164 aa  85.9  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000343432 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0467  phosphatidylglycerophosphatase A  34.94 
 
 
168 aa  85.9  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0805  phosphatidylglycerophosphatase A  42.24 
 
 
163 aa  85.1  5e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3086  phosphatidylglycerophosphatase A  40.23 
 
 
170 aa  85.1  5e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0459  phosphatidylglycerophosphatase A  34.78 
 
 
168 aa  84.7  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.827661  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0454  phosphatidylglycerophosphatase A  35.67 
 
 
169 aa  84.7  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0522  phosphatidylglycerophosphatase A  34.78 
 
 
168 aa  84.7  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0500  phosphatidylglycerophosphatase A  35.67 
 
 
168 aa  84.7  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00366  phosphatidylglycerophosphatase A  35.67 
 
 
172 aa  84.7  7e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.828756  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3191  phosphatidylglycerophosphatase A  35.67 
 
 
172 aa  84.7  7e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01424  phosphatidylglycerophosphatase A  37.91 
 
 
166 aa  84.7  7e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.449557  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3215  phosphatidylglycerophosphatase A  35.67 
 
 
172 aa  84.7  7e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000141914 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00370  hypothetical protein  35.67 
 
 
172 aa  84.7  7e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.63417  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0339  phosphatidylglycerophosphatase A  35.67 
 
 
172 aa  84.7  7e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.775727  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0489  phosphatidylglycerophosphatase A  35.67 
 
 
172 aa  84.7  7e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0449  phosphatidylglycerophosphatase A  35.67 
 
 
172 aa  84.7  7e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0480  phosphatidylglycerophosphatase A  34.78 
 
 
168 aa  84.3  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0461  phosphatidylglycerophosphatase A  34.16 
 
 
168 aa  83.6  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2895  phosphatidylglycerophosphatase A  38.65 
 
 
168 aa  83.6  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3167  phosphatidylglycerophosphatase A  36.13 
 
 
161 aa  83.2  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>