More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3869 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3869  50S ribosomal protein L10  100 
 
 
182 aa  352  1e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3453  50S ribosomal protein L10  80 
 
 
174 aa  260  1e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0925685  normal  0.446601 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0586  50S ribosomal protein L10  73.91 
 
 
177 aa  231  3e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3594  50S ribosomal protein L10  72.05 
 
 
178 aa  227  6e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.196569  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3191  50S ribosomal protein L10  67.7 
 
 
173 aa  221  6e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579756  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0508  50S ribosomal protein L10  71.43 
 
 
175 aa  220  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.270625  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3437  50S ribosomal protein L10  67.27 
 
 
165 aa  218  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.153429  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4533  50S ribosomal protein L10  71.88 
 
 
168 aa  219  3e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3248  50S ribosomal protein L10  71.25 
 
 
168 aa  217  6e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3899  50S ribosomal protein L10  71.25 
 
 
168 aa  217  6e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2262  50S ribosomal protein L10  72.5 
 
 
174 aa  216  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.168271  normal  0.476107 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4444  50S ribosomal protein L10  70.19 
 
 
176 aa  216  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.651473  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0317  50S ribosomal protein L10  66.67 
 
 
165 aa  215  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00438278  normal  0.203557 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2769  50S ribosomal protein L10  66.67 
 
 
165 aa  215  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0338  50S ribosomal protein L10  66.67 
 
 
165 aa  215  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.550948  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2850  50S ribosomal protein L10  66.25 
 
 
165 aa  213  9e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.675463 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3036  50S ribosomal protein L10  66.88 
 
 
168 aa  212  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0878547 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3642  50S ribosomal protein L10  70 
 
 
183 aa  212  2.9999999999999995e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.279713 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3336  50S ribosomal protein L10  66.67 
 
 
173 aa  207  5e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2969  50S ribosomal protein L10  64.38 
 
 
168 aa  205  3e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.45658 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3316  50S ribosomal protein L10  64.38 
 
 
168 aa  205  3e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354504  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0310  50S ribosomal protein L10  63.12 
 
 
165 aa  197  5e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0746923  normal  0.0249908 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3347  50S ribosomal protein L10  64.63 
 
 
167 aa  192  2e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.862427  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0266  50S ribosomal protein L10  67.27 
 
 
165 aa  191  4e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.646007  normal  0.635943 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0044  50S ribosomal protein L10  62.75 
 
 
215 aa  191  4e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000127438  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2643  50S ribosomal protein L10  67.27 
 
 
165 aa  191  5e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0040  50S ribosomal protein L10  62.75 
 
 
179 aa  191  5e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0245031  hitchhiker  0.0000000000023806 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3788  50S ribosomal protein L10  67.27 
 
 
165 aa  191  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.166109  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1912  50S ribosomal protein L10  67.27 
 
 
165 aa  191  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000184172  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3078  50S ribosomal protein L10  67.27 
 
 
165 aa  191  6e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.892062  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0239  50S ribosomal protein L10  66.67 
 
 
165 aa  189  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0229066 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3467  50S ribosomal protein L10  66.67 
 
 
184 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0108818  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3818  50S ribosomal protein L10  66.67 
 
 
184 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.881367  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3756  50S ribosomal protein L10  66.67 
 
 
184 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0407684  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3654  50S ribosomal protein L10  66.88 
 
 
167 aa  188  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0512272  hitchhiker  0.000000643388 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0304  50S ribosomal protein L10  66.88 
 
 
167 aa  188  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.125975  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0257  50S ribosomal protein L10  66.67 
 
 
188 aa  187  8e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0591157  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3180  50S ribosomal protein L10  66.19 
 
 
140 aa  179  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000385503  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0270  50S ribosomal protein L10  55.28 
 
 
174 aa  178  4e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.247547  hitchhiker  0.00145059 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0757  50S ribosomal protein L10  52.94 
 
 
174 aa  164  6.9999999999999995e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0286  ribosomal protein L10  44.58 
 
 
166 aa  136  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0147275  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0838  50S ribosomal protein L10P  47.4 
 
 
172 aa  135  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0707377  normal  0.0995834 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0396  50S ribosomal protein L10  50 
 
 
173 aa  132  3.9999999999999996e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.252363  hitchhiker  0.00709296 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0317  50S ribosomal protein L10  41.86 
 
 
173 aa  131  6e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.146286  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0488  50S ribosomal protein L10  41.86 
 
 
173 aa  131  6e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.169718  hitchhiker  0.00000169108 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0867  50S ribosomal protein L10  45.7 
 
 
175 aa  129  3e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0408  50S ribosomal protein L10  46.67 
 
 
174 aa  127  6e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.79305e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2333  50S ribosomal protein L10  47.43 
 
 
175 aa  127  8.000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00442702  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1064  50S ribosomal protein L10  51.61 
 
 
175 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0220515  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0362  50S ribosomal protein L10  44.03 
 
 
175 aa  125  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.656463 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4497  50S ribosomal protein L10  43.4 
 
 
172 aa  124  5e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3841  50S ribosomal protein L10  44.03 
 
 
172 aa  123  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0158219  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1898  50S ribosomal protein L10  43.4 
 
 
175 aa  123  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4015  50S ribosomal protein L10  44.03 
 
 
172 aa  123  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.866731  normal  0.631329 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4384  50S ribosomal protein L10  44.03 
 
 
172 aa  123  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.313613 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3691  ribosomal protein L10  44.44 
 
 
164 aa  121  5e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000101089  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0922  50S ribosomal protein L10  41.25 
 
 
176 aa  121  5e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00116615  hitchhiker  0.00000161737 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2958  50S ribosomal protein L10  45.1 
 
 
172 aa  121  6e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0648852 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2178  ribosomal protein L10  41.56 
 
 
175 aa  120  8e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.905696 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0747  50S ribosomal protein L10  42.86 
 
 
178 aa  120  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0329012  normal  0.965103 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2697  50S ribosomal protein L10P  40 
 
 
172 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.561782  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2722  ribosomal protein L10  41.18 
 
 
170 aa  120  9.999999999999999e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0525449  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0314  ribosomal protein L10  42.86 
 
 
175 aa  120  9.999999999999999e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000329441  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3362  50S ribosomal protein L10  40.88 
 
 
172 aa  119  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.256068  normal  0.223881 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2724  50S ribosomal protein L10  42.24 
 
 
166 aa  119  3e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000159716  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2410  50S ribosomal protein L10  42.24 
 
 
166 aa  119  3e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.000000000332682  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5088  50S ribosomal protein L10  41.67 
 
 
166 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000128873  normal  0.821712 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04532  50S ribosomal protein L10  42.24 
 
 
177 aa  118  3.9999999999999996e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.165522  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4285  ribosomal protein L10  40.96 
 
 
166 aa  117  6e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000716484  hitchhiker  0.000000472968 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06150  50S ribosomal protein L10  40.99 
 
 
166 aa  117  7e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1954  50S ribosomal protein L10  43.23 
 
 
174 aa  116  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.262202  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0700  ribosomal protein L10  42.14 
 
 
174 aa  116  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.299689  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0096  50S ribosomal protein L10  42.86 
 
 
166 aa  115  3e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0171  50S ribosomal protein L10  41.61 
 
 
163 aa  115  3.9999999999999997e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0111095  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0175  50S ribosomal protein L10  40.74 
 
 
165 aa  115  5e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220587  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0449  50S ribosomal protein L10  40.23 
 
 
175 aa  114  5e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0596  50S ribosomal protein L10  39.53 
 
 
172 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0140503  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0149  50S ribosomal protein L10  40.12 
 
 
165 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000191294  normal  0.034689 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3918  50S ribosomal protein L10  39.76 
 
 
166 aa  114  8.999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0976  50S ribosomal protein L10  41.25 
 
 
195 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0194348 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4771  50S ribosomal protein L10  37.72 
 
 
164 aa  112  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.709091  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0569  50S ribosomal protein L10  41.29 
 
 
172 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000818206  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0093  50S ribosomal protein L10  40.26 
 
 
166 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000759135  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1701  50S ribosomal protein L10  40.25 
 
 
171 aa  112  3e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.302531  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3935  50S ribosomal protein L10  41.48 
 
 
181 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.193843  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1345  50S ribosomal protein L10  37.74 
 
 
172 aa  112  4.0000000000000004e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0320244  normal  0.100348 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0100  50S ribosomal protein L10  40.91 
 
 
166 aa  111  5e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000689021  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0385  50S ribosomal protein L10  38.71 
 
 
177 aa  111  5e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0360  50S ribosomal protein L10  38.71 
 
 
177 aa  111  5e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5206  50S ribosomal protein L10  40.26 
 
 
166 aa  111  5e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000252117  unclonable  5.898740000000001e-26 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0828  50S ribosomal protein L10  38.55 
 
 
166 aa  111  6e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0279492  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08740  50S ribosomal protein L10  38.55 
 
 
166 aa  111  6e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00037754 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl602  50S ribosomal protein L10  39.02 
 
 
166 aa  111  7.000000000000001e-24  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4557  50S ribosomal protein L10  39.16 
 
 
166 aa  111  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.669843  decreased coverage  0.0090203 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0139  50S ribosomal protein L10  41.36 
 
 
166 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000054937  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0094  50S ribosomal protein L10  39.61 
 
 
166 aa  110  9e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000000793252  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0445  50S ribosomal protein L10  39.88 
 
 
166 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.470652  unclonable  0.000000241771 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0617  ribosomal protein L10  38.55 
 
 
166 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.532211  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0475  50S ribosomal protein L10  39.88 
 
 
166 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.372242  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3477  50S ribosomal protein L10  40.65 
 
 
171 aa  109  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.232416  hitchhiker  0.0000717521 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>