More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3838 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_3708  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  68.44 
 
 
443 aa  637    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0811  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  75.33 
 
 
438 aa  679    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.706239  normal  0.908147 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3680  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  75.33 
 
 
446 aa  682    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2990  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  75.11 
 
 
446 aa  680    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3838  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  100 
 
 
451 aa  899    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.672147 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3435  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  72.57 
 
 
440 aa  649    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.341548  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4560  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  72.89 
 
 
441 aa  669    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0909  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  74.06 
 
 
442 aa  671    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1460  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  74.67 
 
 
445 aa  674    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3385  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  68.89 
 
 
443 aa  639    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3390  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  74.89 
 
 
448 aa  675    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0502353 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0168  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  67.56 
 
 
443 aa  632  1e-180  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0042  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  68 
 
 
443 aa  627  1e-179  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0132  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  66.82 
 
 
439 aa  624  1e-177  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0500755 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0342  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  67.04 
 
 
448 aa  615  1e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0164  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  66.96 
 
 
447 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.121323  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0204  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  67.33 
 
 
446 aa  609  1e-173  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.337304  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4381  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  66.15 
 
 
448 aa  609  1e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0069  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  67.56 
 
 
447 aa  608  1e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234013  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6442  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  67.63 
 
 
447 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.377581  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3001  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  67.63 
 
 
447 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.259081 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2546  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  66.82 
 
 
443 aa  602  1.0000000000000001e-171  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3109  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  68.29 
 
 
447 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.104887 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3087  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  67.85 
 
 
447 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0225725 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2478  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  68.29 
 
 
447 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0166011  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3092  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  68.29 
 
 
447 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.486059  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2915  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  66.96 
 
 
447 aa  595  1e-169  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.389847  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0200  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  66.96 
 
 
447 aa  595  1e-169  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.947608  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0789  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  65.78 
 
 
445 aa  597  1e-169  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.312061  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3253  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  66.96 
 
 
447 aa  595  1e-169  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.198365  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0385  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  66.74 
 
 
447 aa  594  1e-169  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.333539  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3433  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  66.96 
 
 
447 aa  595  1e-169  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0190  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  66.96 
 
 
447 aa  595  1e-169  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2174  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  66.96 
 
 
447 aa  595  1e-169  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.715778  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3139  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  66.52 
 
 
447 aa  595  1e-169  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5001  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  65.05 
 
 
447 aa  591  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4875  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  65.05 
 
 
447 aa  591  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.129232  normal  0.155967 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2542  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  67.04 
 
 
438 aa  588  1e-167  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5051  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  64.84 
 
 
447 aa  589  1e-167  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45390  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  64.4 
 
 
446 aa  586  1e-166  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0463  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  64.4 
 
 
447 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0394  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  64.62 
 
 
445 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.934917  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0057  heat shock protein HslVU, ATPase subunit HslU  66.44 
 
 
444 aa  582  1.0000000000000001e-165  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.408482  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5141  heat shock protein HslVU, ATPase subunit HslU  64.62 
 
 
445 aa  581  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0396  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  65.93 
 
 
445 aa  578  1e-164  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.213827 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0112  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  63.47 
 
 
443 aa  577  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0112  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  63.47 
 
 
443 aa  577  1.0000000000000001e-163  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4104  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  63.47 
 
 
443 aa  577  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0817  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  63.33 
 
 
443 aa  575  1.0000000000000001e-163  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.544231  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0113  heat shock protein HslVU, ATPase subunit HslU  63.7 
 
 
443 aa  575  1.0000000000000001e-163  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0165  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  62.81 
 
 
443 aa  569  1e-161  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4373  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  62.36 
 
 
443 aa  568  1e-161  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.611238 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3798  heat shock protein HslVU, ATPase subunit HslU  63.7 
 
 
443 aa  570  1e-161  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0532  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  65.05 
 
 
446 aa  568  1e-161  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03816  ATP-dependent protease ATP-binding subunit  62.14 
 
 
443 aa  566  1e-160  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4054  heat shock protein HslVU, ATPase subunit HslU  62.14 
 
 
443 aa  566  1e-160  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4467  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  62.36 
 
 
443 aa  567  1e-160  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4413  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  62.14 
 
 
443 aa  567  1e-160  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.137212  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4042  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  62.81 
 
 
443 aa  567  1e-160  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5388  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  62.14 
 
 
443 aa  567  1e-160  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5791  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  64.18 
 
 
447 aa  565  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.364939  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2698  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  64.44 
 
 
438 aa  565  1e-160  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.408772  decreased coverage  0.000313907 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03765  hypothetical protein  62.14 
 
 
443 aa  566  1e-160  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4087  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  62.14 
 
 
443 aa  566  1e-160  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4163  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  62.14 
 
 
443 aa  566  1e-160  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66790  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  64.62 
 
 
447 aa  567  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0179  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  62.81 
 
 
443 aa  567  1e-160  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.763175  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4421  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  62.36 
 
 
443 aa  564  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.732607  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4423  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  62.36 
 
 
443 aa  564  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4491  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  62.36 
 
 
443 aa  564  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4337  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  62.36 
 
 
443 aa  564  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.321775  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4307  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  62.36 
 
 
443 aa  564  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.114857  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0374  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  61.92 
 
 
441 aa  560  1e-158  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.191094  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4129  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  63.86 
 
 
440 aa  560  1e-158  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000086324 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4793  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  62.22 
 
 
444 aa  561  1e-158  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000260414 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2015  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  63.03 
 
 
440 aa  557  1e-157  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.788051  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0695  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  62.47 
 
 
441 aa  555  1e-157  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0678  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  62.47 
 
 
441 aa  555  1e-157  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1542  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  60.8 
 
 
443 aa  555  1e-157  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0440  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  61.69 
 
 
441 aa  555  1e-157  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0446  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  61.25 
 
 
442 aa  551  1e-156  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3782  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  61.33 
 
 
441 aa  554  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.268349  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3522  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  61.25 
 
 
442 aa  552  1e-156  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0433  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  61.69 
 
 
442 aa  554  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.715653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3700  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  61.25 
 
 
442 aa  552  1e-156  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62855  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4430  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  61.25 
 
 
441 aa  548  1e-155  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.193952  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3471  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  64.46 
 
 
457 aa  551  1e-155  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.425755 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0472  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  60.58 
 
 
442 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2368  heat shock protein HslVU, ATPase subunit HslU  63.41 
 
 
440 aa  550  1e-155  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.421768  hitchhiker  0.00000674723 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0462  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  60.58 
 
 
442 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0404  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  60.22 
 
 
440 aa  548  1e-155  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0953822  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3868  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  60.58 
 
 
442 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0599  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  62.44 
 
 
441 aa  549  1e-155  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2748  heat shock protein HslVU, ATPase subunit HslU  63.41 
 
 
440 aa  550  1e-155  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0530  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  60.36 
 
 
441 aa  549  1e-155  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.10008  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4163  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  60.44 
 
 
440 aa  546  1e-154  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04279  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  62.91 
 
 
485 aa  545  1e-154  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3765  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  60.58 
 
 
441 aa  547  1e-154  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000246667  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0528  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  60.36 
 
 
442 aa  544  1e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0072  ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU  61.01 
 
 
447 aa  544  1e-153  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>