124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3540 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3540  hypothetical protein  100 
 
 
308 aa  590  1e-168  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000216262 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0184  hypothetical protein  63.21 
 
 
313 aa  323  2e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.482363  normal  0.823558 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4235  hypothetical protein  57.19 
 
 
318 aa  270  2e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0746  protein of unknown function DUF6 transmembrane  51.01 
 
 
320 aa  270  2.9999999999999997e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3728  hypothetical protein  55.02 
 
 
315 aa  268  7e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0402  hypothetical protein  55.56 
 
 
311 aa  267  2e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.071134 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3117  protein of unknown function DUF6 transmembrane  55.52 
 
 
314 aa  246  3e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.594073  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4436  hypothetical protein  55.24 
 
 
332 aa  245  6e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.785068 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3844  hypothetical protein  55.87 
 
 
314 aa  230  2e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0848  protein of unknown function DUF6 transmembrane  46.69 
 
 
312 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0199053  normal  0.550765 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0917  protein of unknown function DUF6 transmembrane  45.66 
 
 
312 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2347  hypothetical protein  50.84 
 
 
330 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0952  hypothetical protein  46.13 
 
 
302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.292542  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0987  hypothetical protein  47.16 
 
 
313 aa  212  5.999999999999999e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0222802  normal  0.0533863 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2116  hypothetical protein  43.29 
 
 
301 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.363277  normal  0.146674 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1738  hypothetical protein  44.82 
 
 
302 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2350  hypothetical protein  44.82 
 
 
302 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448474  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1315  integral membrane protein, DUF6  45.45 
 
 
302 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.349562  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1951  hypothetical protein  45.45 
 
 
302 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.121613  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1002  hypothetical protein  45.45 
 
 
302 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0862  hypothetical protein  45.45 
 
 
302 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1155  integral membrane protein  45.45 
 
 
302 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1164  integral membrane protein  45.45 
 
 
302 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.766304  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0286  hypothetical protein  45.45 
 
 
302 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2371  hypothetical protein  44.48 
 
 
302 aa  208  9e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0929  hypothetical protein  44.82 
 
 
302 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.50488  normal  0.616383 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5689  hypothetical protein  44.15 
 
 
302 aa  205  9e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2386  hypothetical protein  44.15 
 
 
302 aa  203  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2268  hypothetical protein  44.15 
 
 
302 aa  203  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2511  hypothetical protein  46.64 
 
 
327 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1302  hypothetical protein  41.3 
 
 
304 aa  195  7e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.730648  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4095  hypothetical protein  43.43 
 
 
286 aa  194  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4264  hypothetical protein  44.91 
 
 
295 aa  189  7e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0105351 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4790  hypothetical protein  44.91 
 
 
295 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.430049  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3554  hypothetical protein  42.5 
 
 
297 aa  186  4e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7209  protein of unknown function DUF6 transmembrane  47.73 
 
 
298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.266487  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3724  hypothetical protein  44.59 
 
 
295 aa  182  6e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.212991 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6291  hypothetical protein  46.48 
 
 
305 aa  182  7e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0524409  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1638  hypothetical protein  39.46 
 
 
298 aa  181  2e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.2611  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3086  hypothetical protein  42.32 
 
 
300 aa  179  4e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.187437 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0969  hypothetical protein  44.69 
 
 
290 aa  179  7e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5402  hypothetical protein  45.28 
 
 
295 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1845  protein of unknown function DUF6 transmembrane  43.73 
 
 
287 aa  178  9e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.278563 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3482  hypothetical protein  45.11 
 
 
295 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4884  hypothetical protein  45.11 
 
 
295 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.951172  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4886  protein of unknown function DUF6 transmembrane  45.35 
 
 
295 aa  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.240403  normal  0.615803 
 
 
-
 
NC_004310  BR1893  hypothetical protein  43.08 
 
 
285 aa  175  8e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2732  hypothetical protein  42.8 
 
 
289 aa  175  9e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2978  conserved hypothetical protein membrane protein  40.62 
 
 
287 aa  174  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.424584  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2662  protein of unknown function DUF6 transmembrane  44.16 
 
 
287 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.301286  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3061  hypothetical protein  41.25 
 
 
289 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.608952  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3085  hypothetical protein  40.93 
 
 
289 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253623  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0259  hypothetical protein  41.49 
 
 
286 aa  169  8e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2949  hypothetical protein  41.63 
 
 
288 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.394486 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0264  hypothetical protein  43.27 
 
 
295 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0829  hypothetical protein  46.15 
 
 
295 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0472723 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0254  hypothetical protein  43.42 
 
 
290 aa  166  5.9999999999999996e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.663739  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0914  protein of unknown function DUF6 transmembrane  43.1 
 
 
287 aa  165  8e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.583051  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4837  hypothetical protein  41.81 
 
 
284 aa  164  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2052  hypothetical protein  41.18 
 
 
288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0282096  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1783  drug/metabolite family efflux pump  45.15 
 
 
295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000148908 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2456  hypothetical protein  45.13 
 
 
312 aa  161  1e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.347165  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2334  protein of unknown function DUF6 transmembrane  42.91 
 
 
287 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0523768  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4589  protein of unknown function DUF6 transmembrane  46.74 
 
 
295 aa  159  6e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.447167  normal  0.153414 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4219  hypothetical protein  46.36 
 
 
295 aa  159  7e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1140  protein of unknown function DUF6 transmembrane  46.57 
 
 
301 aa  155  9e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00113288 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2148  transporter of the DMT superfamily  41.53 
 
 
316 aa  154  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.470061 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7474  putative inner membrane transport protein of unknown function  43.73 
 
 
286 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.450113 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4736  protein of unknown function DUF6 transmembrane  46.56 
 
 
296 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0137287 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48150  hypothetical protein  42.5 
 
 
287 aa  154  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2213  hypothetical protein  38.18 
 
 
308 aa  152  8e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.139395  normal  0.292035 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0637  hypothetical protein  38.25 
 
 
300 aa  150  2e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0343  protein of unknown function DUF6 transmembrane  39.8 
 
 
299 aa  146  3e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00112924  normal  0.142553 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1891  hypothetical protein  42.16 
 
 
287 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.829047  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3989  protein of unknown function DUF6 transmembrane  41.61 
 
 
306 aa  136  6.0000000000000005e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0052  hypothetical protein  36.33 
 
 
301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2011  protein of unknown function DUF6 transmembrane  40.79 
 
 
284 aa  126  5e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.87899  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1075  hypothetical protein  42.86 
 
 
317 aa  104  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00290318 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6477  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.84 
 
 
301 aa  62.4  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.531293  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5985  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.29 
 
 
301 aa  60.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2849  hypothetical protein  32.71 
 
 
286 aa  56.6  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0439  hypothetical protein  30.5 
 
 
325 aa  56.2  0.0000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3205  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.09 
 
 
306 aa  53.9  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2900  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.71 
 
 
300 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.554893  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3369  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.72 
 
 
310 aa  53.5  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4364  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.22 
 
 
299 aa  52  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00133348  normal  0.499303 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3600  protein of unknown function DUF6 transmembrane  47.62 
 
 
282 aa  50.8  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.593978  normal  0.156858 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4318  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.21 
 
 
305 aa  50.8  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.342879 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4208  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.21 
 
 
305 aa  50.8  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0577458  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00560  permease  31.13 
 
 
302 aa  50.1  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001929  permease  30.16 
 
 
302 aa  50.4  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0384  hypothetical protein  26.06 
 
 
302 aa  50.1  0.00005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.128804  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2994  integral membrane protein  29.52 
 
 
303 aa  49.7  0.00006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5105  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.06 
 
 
349 aa  49.3  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.910123  normal  0.400388 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3033  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.33 
 
 
286 aa  48.9  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0835297  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4453  hypothetical protein  28.09 
 
 
296 aa  48.1  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.309026 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3057  transporter, EamA family  24.39 
 
 
303 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3092  EamA family protein  24.64 
 
 
303 aa  47  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00288744  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2939  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.95 
 
 
286 aa  46.6  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.734592  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2416  hypothetical protein  28.62 
 
 
299 aa  46.6  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0994864  normal  0.0254261 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>