More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3489 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_1301  DNA repair protein RecN  61.09 
 
 
547 aa  636    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.549514 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3335  putative DNA repair protein  65.8 
 
 
573 aa  635    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3489  DNA repair protein RecN  100 
 
 
567 aa  1094    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000536624 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0907  DNA repair protein RecN  59.45 
 
 
549 aa  617  1e-175  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.933799  normal  0.849345 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0903  DNA repair protein RecN  60.22 
 
 
554 aa  598  1e-170  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1652  DNA repair protein RecN  60.61 
 
 
558 aa  600  1e-170  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3602  DNA repair protein RecN  57.38 
 
 
557 aa  597  1e-169  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00779581 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0832  DNA repair protein RecN  59.86 
 
 
554 aa  592  1e-168  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.013795  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4337  DNA repair protein RecN  59.46 
 
 
559 aa  588  1e-166  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0513473  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5421  DNA repair protein RecN  56.26 
 
 
591 aa  574  1.0000000000000001e-162  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1052  DNA repair protein RecN  57.22 
 
 
565 aa  548  1e-155  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1774  DNA repair protein RecN  50.09 
 
 
556 aa  501  1e-140  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0998  DNA repair protein RecN  49.83 
 
 
589 aa  495  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.553113 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1034  DNA repair protein RecN  51.34 
 
 
576 aa  485  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0932  DNA repair protein RecN  51.54 
 
 
557 aa  485  1e-135  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.613915 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0259  DNA repair protein RecN  51.71 
 
 
549 aa  482  1e-135  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255628  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0743  DNA repair protein RecN  51.71 
 
 
549 aa  482  1e-135  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.259434  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1107  DNA repair protein RecN  51.35 
 
 
549 aa  481  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0249547  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2641  DNA repair protein RecN  51.71 
 
 
549 aa  479  1e-134  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.227143  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2651  DNA repair protein  51.71 
 
 
569 aa  481  1e-134  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.829393  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2333  DNA repair protein RecN  51.35 
 
 
549 aa  481  1e-134  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3329  DNA repair protein RecN  51.17 
 
 
549 aa  479  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3286  DNA repair protein RecN  51.35 
 
 
549 aa  481  1e-134  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0539815  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2214  DNA repair protein RecN  51.35 
 
 
549 aa  481  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.725261  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0713  DNA repair protein RecN  51.53 
 
 
549 aa  480  1e-134  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.685992  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0492  DNA repair protein RecN  51.35 
 
 
549 aa  481  1e-134  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3319  DNA repair protein RecN  51.35 
 
 
549 aa  481  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303665  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1300  DNA repair protein RecN  51.17 
 
 
549 aa  476  1e-133  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00383913  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2482  DNA repair protein RecN  50.09 
 
 
568 aa  476  1e-133  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2888  DNA repair protein RecN  50.09 
 
 
568 aa  475  1e-132  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3831  DNA repair protein RecN  50.27 
 
 
549 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0637  DNA repair protein RecN  50.99 
 
 
549 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0661  DNA repair protein RecN  50.81 
 
 
549 aa  464  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0775  DNA repair protein RecN  49.01 
 
 
552 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000179189 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2505  DNA repair protein RecN  49.46 
 
 
555 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3968  DNA repair protein RecN  50.36 
 
 
556 aa  444  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.039947 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2421  DNA repair protein RecN  46.69 
 
 
563 aa  441  9.999999999999999e-123  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.955613  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0730  DNA repair protein RecN  50.53 
 
 
556 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.937093 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1726  DNA repair protein RecN  49.64 
 
 
551 aa  414  1e-114  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.995264  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0866  DNA repair protein RecN  41.45 
 
 
555 aa  382  1e-105  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0968  DNA repair protein RecN  44.7 
 
 
567 aa  383  1e-105  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.858596  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0456  DNA repair protein RecN  44.05 
 
 
553 aa  384  1e-105  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1480  DNA repair protein RecN  41.86 
 
 
556 aa  377  1e-103  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.269893  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3218  recombination and repair protein  39.57 
 
 
553 aa  374  1e-102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3298  recombination and repair protein  40.29 
 
 
553 aa  372  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.121559  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3364  DNA repair protein RecN  40.85 
 
 
559 aa  374  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.276138  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42990  DNA repair protein RecN  44.17 
 
 
557 aa  373  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5483  DNA repair protein RecN  42.3 
 
 
558 aa  365  1e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.582199  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4507  DNA repair protein RecN  41.98 
 
 
557 aa  363  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1191  DNA repair protein RecN  40.96 
 
 
559 aa  361  2e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2889  recombination and repair protein  39.15 
 
 
553 aa  359  9e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000988342  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3626  DNA repair protein RecN  43.23 
 
 
558 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4197  DNA repair protein RecN  41.12 
 
 
557 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.312426  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3686  recombination and repair protein  40.21 
 
 
553 aa  357  3.9999999999999996e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00128842  normal  0.127979 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63010  DNA repair protein RecN  42.4 
 
 
558 aa  357  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1376  recombination and repair protein  38.97 
 
 
553 aa  357  5e-97  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000100313  normal  0.0248594 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0728  recombination and repair protein  39.75 
 
 
553 aa  356  5e-97  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.118324  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2976  recombination and repair protein  38.97 
 
 
553 aa  357  5e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0819489  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3096  DNA repair protein RecN  42.58 
 
 
557 aa  357  5e-97  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2735  alkylhydroperoxidase AhpD core  39.39 
 
 
557 aa  356  5.999999999999999e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0271976  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2030  DNA repair protein RecN  45.23 
 
 
551 aa  355  8.999999999999999e-97  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1904  DNA repair protein RecN  42.18 
 
 
564 aa  353  2.9999999999999997e-96  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3011  recombination and repair protein  39.57 
 
 
553 aa  353  5e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2829  recombination and repair protein  39.57 
 
 
553 aa  352  7e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00407233  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2899  recombination and repair protein  39.57 
 
 
553 aa  352  1e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2897  recombination and repair protein  39.57 
 
 
553 aa  352  1e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2879  recombination and repair protein  39.57 
 
 
553 aa  352  1e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.158329 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1860  DNA repair protein RecN  42.63 
 
 
558 aa  351  2e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.457848  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0963  recombination and repair protein  39.54 
 
 
553 aa  351  2e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0199907  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1059  DNA repair protein RecN  39.01 
 
 
553 aa  350  5e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0987529  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1068  recombination and repair protein  39.01 
 
 
553 aa  350  5e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0569436  normal  0.137036 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2774  recombination and repair protein  39.01 
 
 
553 aa  350  5e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000103072  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02504  recombination and repair protein  39.01 
 
 
553 aa  349  6e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0788874  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02468  hypothetical protein  39.01 
 
 
553 aa  349  6e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.116899  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3966  DNA repair protein RecN  38.46 
 
 
556 aa  349  7e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.284551 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0761  DNA repair protein RecN  41.7 
 
 
557 aa  349  7e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345087  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2900  recombination and repair protein  38.83 
 
 
553 aa  348  1e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.004413  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2768  recombination and repair protein  38.83 
 
 
553 aa  348  1e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00054696  normal  0.107417 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3856  recombination and repair protein  38.65 
 
 
553 aa  348  2e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00344363  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3005  recombination and repair protein  38.97 
 
 
553 aa  347  4e-94  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000658292  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1026  recombination and repair protein  38.13 
 
 
554 aa  347  4e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1169  recombination and repair protein  37.08 
 
 
553 aa  344  2.9999999999999997e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3096  recombination and repair protein  37.41 
 
 
553 aa  342  1e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.316238  normal  0.467754 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1763  DNA repair protein RecN  39.01 
 
 
560 aa  342  1e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.137867  normal  0.0495571 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3296  recombination and repair protein  36.54 
 
 
552 aa  341  2e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182341  decreased coverage  0.000158665 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4730  DNA repair protein RecN  41.74 
 
 
557 aa  341  2e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46357  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3151  recombination and repair protein  36.54 
 
 
552 aa  341  2e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0961248  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3153  recombination and repair protein  36.54 
 
 
552 aa  341  2e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000145597  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2771  recombination and repair protein  36.31 
 
 
552 aa  341  2e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.170925  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1218  recombination and repair protein  36.54 
 
 
552 aa  341  2e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187963  normal  0.0934404 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1043  recombination and repair protein  35.66 
 
 
552 aa  341  2e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0703  DNA repair protein RecN  42.81 
 
 
557 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.926549  hitchhiker  0.000359109 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1281  recombination and repair protein  35.43 
 
 
553 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000117137 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4729  DNA repair protein RecN  41.71 
 
 
557 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00366375 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01130  recombination and repair protein  36.83 
 
 
554 aa  337  3.9999999999999995e-91  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004296  DNA repair protein RecN  37.01 
 
 
554 aa  337  5e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.782069  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3462  recombination and repair protein  36.07 
 
 
552 aa  337  5e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1151  recombination and repair protein  37.46 
 
 
554 aa  336  7.999999999999999e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.901201  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4595  DNA repair protein RecN  41.71 
 
 
557 aa  336  7.999999999999999e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.202375 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1104  recombination and repair protein  36.14 
 
 
552 aa  335  2e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239344  normal  0.154382 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>