More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3408 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0176  1A family penicillin-binding protein  53.94 
 
 		 776 aa  772    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1972  1A family penicillin-binding protein  52.29 
 
 		 839 aa  826    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.125323  normal  0.0456782 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0671  1A family penicillin-binding protein  62.47 
 
 		 805 aa  1034    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.152404 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2976  penicillin-binding 1 transmembrane protein  58.51 
 
 		 801 aa  927    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.893289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0088  penicillin-binding protein, 1A family  54.97 
 
 		 778 aa  851    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.129531  normal  0.0128257 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1268  1A family penicillin-binding protein  54.34 
 
 		 786 aa  846    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00608444  normal  0.905221 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1497  1A family penicillin-binding protein  53.49 
 
 		 846 aa  842    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.178558  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2752  1A family penicillin-binding protein  56.98 
 
 		 797 aa  896    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2411  1A family penicillin-binding protein  53.62 
 
 		 840 aa  832    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3705  1A family penicillin-binding protein  56.98 
 
 		 797 aa  896    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0209  penicillin-binding protein 1A  54.18 
 
 		 771 aa  828    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1016  penicillin-binding protein 1A  52.63 
 
 		 778 aa  774    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1948  1A family penicillin-binding protein  52.1 
 
 		 839 aa  822    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135129  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3136  penicillin-binding protein 1A  59.14 
 
 		 791 aa  947    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1268  1A family penicillin-binding protein  53.49 
 
 		 840 aa  842    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0366  1A family penicillin-binding protein  57.57 
 
 		 797 aa  907    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.941804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0201  peptidoglycan glycosyltransferase  52.95 
 
 		 793 aa  727    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.558494 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0024  penicillin-binding protein, 1A family  59.68 
 
 		 802 aa  949    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2518  1A family penicillin-binding protein  53.62 
 
 		 840 aa  832    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.316382  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3734  1A family penicillin-binding protein  56.85 
 
 		 797 aa  892    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1321  1A family penicillin-binding protein  53.51 
 
 		 837 aa  830    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000393559 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3763  1A family penicillin-binding protein  56.85 
 
 		 797 aa  892    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.763292  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2907  penicillin-binding protein, 1A family  57.96 
 
 		 777 aa  911    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0114663 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3603  penicillin-binding protein, 1A family  56.89 
 
 		 799 aa  906    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00689676  hitchhiker  0.000000108854 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3486  penicillin-binding protein 1A  58.16 
 
 		 796 aa  914    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5259  penicillin-binding protein 1A  52.48 
 
 		 838 aa  829    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000072806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1752  1A family penicillin-binding protein  57.03 
 
 		 770 aa  889    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3201  1A family penicillin-binding protein  56.98 
 
 		 797 aa  896    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1996  1A family penicillin-binding protein  53.49 
 
 		 840 aa  842    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704723  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3114  peptidoglycan glycosyltransferase  72.15 
 
 		 793 aa  1105    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.183749 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2802  1A family penicillin-binding protein  56.98 
 
 		 797 aa  895    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.437708  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2799  1A family penicillin-binding protein  58.4 
 
 		 796 aa  925    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2296  penicillin-binding protein, 1A family  54.82 
 
 		 833 aa  861    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2078  penicillin-binding protein 1A  52.67 
 
 		 777 aa  769    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.162741  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0290  1A family penicillin-binding protein  58.18 
 
 		 797 aa  908    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.308967  normal  0.891054 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3314  1A family penicillin-binding protein  53.49 
 
 		 840 aa  842    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.019725  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2082  1A family penicillin-binding protein  53.88 
 
 		 840 aa  846    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.264276  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3029  1A family penicillin-binding protein  57.73 
 
 		 797 aa  899    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5582  1A family penicillin-binding protein  65.54 
 
 		 824 aa  1048    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0917  penicillin-binding protein 1A  50.14 
 
 		 752 aa  746    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2918  penicillin-binding protein 1A  65.37 
 
 		 797 aa  1061    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.850822  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2462  penicillin-binding protein 1A  54.23 
 
 		 791 aa  766    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0780  penicillin-binding protein 1A  64.79 
 
 		 804 aa  1068    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0354  putative penicillin-binding 1 (peptoglycansynthetase) transmembrane protein, MrcA  57.27 
 
 		 799 aa  910    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0136569 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1961  putative penicillin-binding (peptidoglycan synthetase) transmembrane protein, mrcA  55.19 
 
 		 836 aa  869    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.935067  normal  0.0226413 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0833  penicillin-binding protein, 1A family  54.53 
 
 		 807 aa  753    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0315  1A family penicillin-binding protein  57.81 
 
 		 795 aa  904    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.640379 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1862  1A family penicillin-binding protein  52.23 
 
 		 839 aa  826    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.000000145704  hitchhiker  0.0000925337 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0387  1A family penicillin-binding protein  57.7 
 
 		 797 aa  909    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495893  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3274  penicillin-binding protein 1A  59.66 
 
 		 792 aa  953    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2369  1A family penicillin-binding protein  53.62 
 
 		 852 aa  843    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1139  penicillin-binding protein, 1A family  60.98 
 
 		 774 aa  989    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0388878  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0092  1A family penicillin-binding protein  55.65 
 
 		 778 aa  858    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000436892  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2720  penicillin-binding protein 1A  57.7 
 
 		 797 aa  909    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0995  1A family penicillin-binding protein  66.54 
 
 		 797 aa  1025    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6131  penicillin-binding protein 1A  52.1 
 
 		 839 aa  822    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.353845  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3254  penicillin-binding protein, 1A family  57.96 
 
 		 777 aa  910    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0272171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3408  1A family penicillin-binding protein  100 
 
 		 766 aa  1566    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000649652 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0698  penicillin-binding protein, 1A family  64.49 
 
 		 779 aa  1026    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0306  1A family penicillin-binding protein  57.81 
 
 		 797 aa  900    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1935  1A family penicillin-binding protein  52.23 
 
 		 839 aa  827    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000247834  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0729  1A family penicillin-binding protein  64.23 
 
 		 794 aa  1026    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.239456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0023  1A family penicillin-binding protein  65.67 
 
 		 799 aa  1017    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.432475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2152  penicillin-binding protein 1A  44.57 
 
 		 773 aa  616  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.431826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0246  penicillin-binding protein 1A  42.05 
 
 		 814 aa  601  1e-170  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0987  hypothetical protein  42.09 
 
 		 794 aa  581  1e-164  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0956  hypothetical protein  41.82 
 
 		 794 aa  580  1e-164  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0324  penicillin-binding protein 1A  43.33 
 
 		 830 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3022  Peptidoglycan glycosyltransferase  40.23 
 
 		 817 aa  573  1.0000000000000001e-162  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.369948  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1936  penicillin-binding protein, 1A family  42.49 
 
 		 790 aa  570  1e-161  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0118  multimodular transpeptidase-transglycosylase PBP 1A  41.87 
 
 		 793 aa  562  1.0000000000000001e-159  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2091  penicillin-binding protein 1A  42.01 
 
 		 793 aa  564  1.0000000000000001e-159  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66670  penicillin-binding protein 1A  39.69 
 
 		 823 aa  558  1e-157  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5782  penicillin-binding protein 1A  39.69 
 
 		 823 aa  558  1e-157  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2056  penicillin-binding protein 1A  40.85 
 
 		 804 aa  552  1e-156  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000993377  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45310  Penicillin binding protein 1A  39.53 
 
 		 819 aa  546  1e-154  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2754  1A family penicillin-binding protein  42.2 
 
 		 800 aa  536  1e-151  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0381  1A family penicillin-binding protein  39.23 
 
 		 817 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0541  1A family penicillin-binding protein  40.78 
 
 		 803 aa  533  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2253  1A family penicillin-binding protein  42.6 
 
 		 803 aa  535  1e-150  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.816825  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5133  penicillin-binding protein  38.97 
 
 		 814 aa  531  1e-149  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0554788  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0402  peptidoglycan glycosyltransferase  38.97 
 
 		 814 aa  529  1e-149  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.527889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5134  1A family penicillin-binding protein  38.57 
 
 		 817 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0274  penicillin-binding protein, 1A family  39 
 
 		 790 aa  531  1e-149  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.565405  normal  0.249222 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4121  1A family penicillin-binding protein  37.96 
 
 		 814 aa  528  1e-148  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.739203  hitchhiker  0.00000203551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5084  penicillin-binding protein, 1A family  38.52 
 
 		 817 aa  525  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.846696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0404  penicillin-binding protein 1A  38.87 
 
 		 815 aa  523  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0818527  normal  0.504343 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4957  1A family penicillin-binding protein  38.52 
 
 		 817 aa  525  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3704  1A family penicillin-binding protein  39.13 
 
 		 839 aa  523  1e-147  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.2288  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0280  penicillin-binding protein 1A  39.03 
 
 		 839 aa  519  1e-146  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3900  1A family penicillin-binding protein  39.13 
 
 		 839 aa  521  1e-146  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.247667  normal  0.227457 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0241  1A family penicillin-binding protein  39.13 
 
 		 839 aa  521  1e-146  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4119  1A family penicillin-binding protein  38.78 
 
 		 844 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.922666  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4009  penicillin-binding protein, 1A family  38.78 
 
 		 844 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1790  1A family penicillin-binding protein  39.19 
 
 		 809 aa  516  1.0000000000000001e-145  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4090  1A family penicillin-binding protein  38.78 
 
 		 844 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1861  peptidoglycan glycosyltransferase  39.06 
 
 		 854 aa  517  1.0000000000000001e-145  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.894237  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4208  1A family penicillin-binding protein  38.93 
 
 		 822 aa  513  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2692  penicillin-binding protein  37.52 
 
 		 846 aa  515  1e-144  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000762848  hitchhiker  0.0050562 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0255  penicillin-binding protein 1A  38.39 
 
 		 865 aa  513  1e-144  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>